TkA06G370000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G370000

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 91624389-91627350 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2255 bp · TkA06G370000|TK1151|cDNA

ATCAAGAGCCGTGATGATTAGGGATTCCGATTGTGCGAACAATCGATCAACAACGAATATAAATCGATATCGCCCTCTTCAAACATCAAATCCAAAAGCATCGTTGCAAATTTCCTTCAGGTGATTCACGCCATCAAAACTGAATTTCATCTTTCTGTTAATCATTTCTTTTTTCCCTTTGCTTCAATCGTAAGCAATTTATATTATTCGTGGATCATATTGCCAGATGTATGTCATATTGAATGTGTGGTATATGCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1311 bp · TkA06G370000|TK1151|CDS

ATGGCTGACGCTCACGACACCGACAAAAACATCGAGATATGGAAGATCAAGAAACTCATAAAGGCACTAGAAGCCGCACGTGGCAACGGAACAAGCATGATTTCCCTCATCATGCCACCACGCGACCAAGTATCTCGCGTCACTAAAATGCTCGGAGACGAATTCGGAACCGCTTCCAATATAAAAAGCCGAGTAAACCGTCAGTCAGTTTTAGGCGCAATCACCTCCGCCCAACAACGCCTCAAACTCTACAACAAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

436 aa · TkA06G370000|TK1151|PROTEIN

MADAHDTDKNIEIWKIKKLIKALEAARGNGTSMISLIMPPRDQVSRVTKMLGDEFGTASNIKSRVNRQSVLGAITSAQQRLKLYNKVPPNGLVLYTGTIVTDDGKEKKVTIDFEPFRAINASLYLCDNKFHTEALNELLESDDKFGFIVMDGNGTLFGTLSGNTRELLHKFSVDLPKKHGRGGQSALRFARLRMEKRHNYVRKTAELATQFYINPSTSQPNVSGLILAGSADFKTELSQSDMFDPRLQAKILNVCDVSYG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G370000`
TK1151 ID	TkA06G370000
OH-1004 ID	LXL04_023305
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.477 / OH-1004 87.629 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G370000

位置 Chr06:91624389-91627350 (-)

描述 Similar to ERF1-3: Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1-3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g26618`	指导在遇到终止密码子UAA、UAG和UGA时终止新生肽链的合成（翻译）。	暂无已核实直接文献
`At1g12920`	指导在遇到终止密码子UAA、UAG和UGA时终止新生肽链的合成（翻译）。	暂无已核实直接文献
`At5g47880`	指导在遇到终止密码子UAA、UAG和UGA时终止新生肽链的合成（翻译）。	Translation termination in Arabidopsis thaliana: characterisation of three versions of release factor 1.2004 · DOI: 10.1016/j.gene.2004.06.053 Cosuppression of eukaryotic release factor 1-1 in Arabidopsis affects cell elongation and radial cell division.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.062695

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023305 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002184 cytoplasmic translational termination 生物过程

GO:0006415 translational termination 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0018444 translation release factor complex 细胞组分

GO:0003747 translation release factor activity 分子功能

GO:0016149 translation release factor activity, codon specific 分子功能

GO:1990825 sequence-specific mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12920

ath:AT3G26618

ath:AT5G47880

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.723

排名 1 · TkA06G370000 · TK1151

细胞核0.369

排名 2 · TkA06G370000 · TK1151

内质网0.051

排名 3 · TkA06G370000 · TK1151

线粒体0.032

排名 4 · TkA06G370000 · TK1151

细胞膜0.030

排名 5 · TkA06G370000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03463eRF1_112-140 aa

PF18854baeRF_family10132-253 aa

PF03464eRF1_2144-277 aa

PF18859acVLRF1154-245 aa

PF03465eRF1_3281-418 aa

PF01248Ribosomal_L7Ae296-333 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G370000	`PF03463`	eRF1_1	12	140	1.4e-54	184.3
TkA06G370000	`PF18854`	baeRF_family10	132	253	0.00014	22.8
TkA06G370000	`PF03464`	eRF1_2	144	277	9.2e-42	143.2
TkA06G370000	`PF18859`	acVLRF1	154	245	0.00013	22.9
TkA06G370000	`PF03465`	eRF1_3	281	418	2.1e-32	112.5
TkA06G370000	`PF01248`	Ribosomal_L7Ae	296	333	0.14	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P35614`	拟南芥	sp\|P35614\|ERF1Z_ARATH Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1-3	88.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LPV8`	拟南芥	sp\|Q9LPV8\|ERF1Y_ARATH Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1-2	88.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q39097`	拟南芥	sp\|Q39097\|ERF1X_ARATH Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1-1	87.200%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情