TkA06G338100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G338100

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 84089477-84091010 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

948 bp · TkA06G338100|TK1151|cDNA

GCCACAGTTAAGGGTTAGCTTTGTAATATAGTCCGGTGTGGCGGTGTTACTCGGCTATAACCTCCCGATCTTATCCCTTGCTTCTCTAGAGTGCAGAAATGAGTACCGCTGTCCCCTTCTCTCTTCTGCCTCTTTCACCCATCAAATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCGCCTCCTCCCCACCACCACCAACACCATCCAACCGCCACTACCGCACCATTAATATAACATGTTCATCTTCTTCCAAATCCAATAACAGCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

675 bp · TkA06G338100|TK1151|CDS

ATGAGTACCGCTGTCCCCTTCTCTCTTCTGCCTCTTTCACCCATCAAATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCGCCTCCTCCCCACCACCACCAACACCATCCAACCGCCACTACCGCACCATTAATATAACATGTTCATCTTCTTCCAAATCCAATAACAGCCACCTGTTAAAACCCAAACAACACCTCAACTTGAGCAGAAGAGAAGCGATTGGATTTGGGCTGTGTCTCAAGTTTCTGGATGCGGTTGTATCACCTCAACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

224 aa · TkA06G338100|TK1151|PROTEIN

MSTAVPFSLLPLSPIKSSSSSSSASSPPPPTPSNRHYRTINITCSSSSKSNNSHLLKPKQHLNLSRREAIGFGLCLKFLDAVVSPQPSSAAADSTTATPCEFTLADSGLAFCDKLVGYGPQPEKGQLIKAHYVGKLESGKVFDSSYNRGKPLTFRVGVGEVIKGWDQGILGGDGVPPMLAGGKRTLKLPPQLGYGMRGAGCKGGSCIIPPDSVLLFDVEFIGKA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G338100`
TK1151 ID	TkA06G338100
OH-1004 ID	LXL04_023429
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G338100

位置 Chr06:84089477-84091010 (-)

描述 Similar to FKBP13: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP13, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g45680`	PPIases 加速蛋白质折叠。	Profound redox sensitivity of peptidyl-prolyl isomerase activity in Arabidopsis thylakoid lumen.2006 · DOI: 10.1016/j.febslet.2006.05.054 Immunophilin AtFKBP13 sustains all peptidyl-prolyl isomerase activity in the thylakoid lumen from Arabidopsis thaliana deficient in AtCYP20-2.2007 · DOI: 10.1021/bi700426q Peptidyl-prolyl isomerase activity in chloroplast thylakoid lumen is a dispensable function of immunophilins in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp122
`At4g39710`	NDH经由FMN和铁硫（Fe-S）中心，将NAD(P)H的电子传递至光合电子传递链中的质体醌，并可能参与叶绿体呼吸链。	Efficient operation of NAD(P)H dehydrogenase requires supercomplex formation with photosystem I via minor LHCI in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.068791

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023429 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009543 chloroplast thylakoid lumen 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0031977 thylakoid lumen 细胞组分

GO:0003755 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G39710

ath:AT5G45680

ddi:DDB_G0282267

kla:KLLA0_C01045g

nma:NMA0273

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.981

排名 1 · TkA06G338100 · TK1151

线粒体0.023

排名 2 · TkA06G338100 · TK1151

细胞核0.013

排名 3 · TkA06G338100 · TK1151

细胞质0.011

排名 4 · TkA06G338100 · TK1151

细胞膜0.009

排名 5 · TkA06G338100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00254FKBP_C120-220 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G338100	`PF00254`	FKBP_C	120	220	5.5e-29	101.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCY2`	拟南芥	sp\|Q9SCY2\|FKB13_ARATH Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP13, chloroplastic	73.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SCY3`	拟南芥	sp\|Q9SCY3\|PNSL4_ARATH Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4, chloroplastic	49.000%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情