TkA06G328690 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G328690

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 82046098-82049569 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1491 bp · TkA06G328690|TK1151|cDNA

ATGAATCCACTGATTTCTGCCGCTTCCGTTATTGCTGCTGGATTGGCTGTAGGGCTTGCTTCTATTGGACCTGGAGTTGGTCAAGGTACTGCTGCGGGTCAAGCTGTAGAAGGTATCGCGAGACAGCCCGAGGCGGAGGGAAAAATACGAGGTGATGGCATTGCTCGTATTCATGGTCTTGATGAAGTAATGGCGGGTGAATTAGTAGAATTTGAAGAAGGGAGTTCTGTAAAAGCAACAGGAAGAATTGCTCAGATACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1491 bp · TkA06G328690|TK1151|CDS

ATGAATCCACTGATTTCTGCCGCTTCCGTTATTGCTGCTGGATTGGCTGTAGGGCTTGCTTCTATTGGACCTGGAGTTGGTCAAGGTACTGCTGCGGGTCAAGCTGTAGAAGGTATCGCGAGACAGCCCGAGGCGGAGGGAAAAATACGAGGTGATGGCATTGCTCGTATTCATGGTCTTGATGAAGTAATGGCGGGTGAATTAGTAGAATTTGAAGAAGGGAGTTCTGTAAAAGCAACAGGAAGAATTGCTCAGATACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

496 aa · TkA06G328690|TK1151|PROTEIN

MNPLISAASVIAAGLAVGLASIGPGVGQGTAAGQAVEGIARQPEAEGKIRGDGIARIHGLDEVMAGELVEFEEGSSVKATGRIAQIPVSEAYLGRVINALAKPIDGRGEISSSEYRLIESPAPGIISRRSVYEPLQTGLIAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILNQQGKNVICVYVAIGQKASSVAQVVTNFQERGAMEYTIVVAETADSPATLQYLAPYTGAALAEFFMYRERHTSIIYDDLSKQAQAYR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G328690`
TK1151 ID	TkA06G328690
OH-1004 ID	LXL04_007647
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	30.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 61.492 / OH-1004 67.485 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G328690`
位置	Chr06:82046098-82049569 (+)
描述	Similar to V-type proton ATPase subunit B 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_007647` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007035 vacuolar acidification 生物过程 GO:0030835 negative regulation of actin filament depolymerization 生物过程 GO:0046034 ATP metabolic process 生物过程 GO:0051017 actin filament bundle assembly 生物过程 GO:0051693 actin filament capping 生物过程 GO:1902600 proton transmembrane transport 生物过程 GO:0000221 vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain 细胞组分 GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005773 vacuole 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G20260 ath:AT4G38510 ghi:107890851 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.413

排名 1 · TkA06G328690 · TK1151

线粒体0.257

排名 2 · TkA06G328690 · TK1151

细胞质0.179

排名 3 · TkA06G328690 · TK1151

过氧化物酶体0.074

排名 4 · TkA06G328690 · TK1151

细胞核0.073

排名 5 · TkA06G328690 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04829PT-VENN4-35 aa

PF00137ATP-synt_C11-47 aa

PF09378HAS-barrel50-86 aa

PF00006ATP-synt_ab83-104 aa

PF06745ATPase137-201 aa

PF00006ATP-synt_ab138-353 aa

PF13191AAA_16149-195 aa

PF09310PD-C2-AF1158-231 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G328690	`PF04829`	PT-VENN	4	35	8.2	7.4
TkA06G328690	`PF00137`	ATP-synt_C	11	47	9.2e-09	36.1
TkA06G328690	`PF09378`	HAS-barrel	50	86	0.013	16.3
TkA06G328690	`PF00006`	ATP-synt_ab	83	104	3.1e-82	276.1
TkA06G328690	`PF06745`	ATPase	137	201	0.0066	16.6
TkA06G328690	`PF00006`	ATP-synt_ab	138	353	3.1e-82	276.1
TkA06G328690	`PF13191`	AAA_16	149	195	0.23	12.7
TkA06G328690	`PF09310`	PD-C2-AF1	158	231	0.19	11.7
TkA06G328690	`PF00137`	ATP-synt_C	345	359	9.2e-09	36.1
TkA06G328690	`PF09599`	IpaC_SipC	349	489	0.025	15.0
TkA06G328690	`PF23268`	RIN1	357	386	0.28	12.3
TkA06G328690	`PF00306`	ATP-synt_ab_C	360	484	2.1e-44	151.6
TkA06G328690	`PF13191`	AAA_16	398	412	0.23	12.7
TkA06G328690	`PF23268`	RIN1	440	482	0.28	12.3
TkA06G328690	`PF06745`	ATPase	441	471	0.0066	16.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情