TkA06G298110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G298110

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 75205591-75213700 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3949 bp · TkA06G298110|TK1151|cDNA

AAAAAAAAATAGTTAGACCTCTTGGGCCTTATTAATGCGTGATGTCAAAAACAAAATCTGGAAAAAGTCAAGCAGTCAATCCACAAATGCGCTTGCTGCTGCCACATCAGCAAGAGACTCTCCTGCCATGACCGTGACCTACAGACTTGAGGGGTTGGATCGGGAAGCTACTGAACCCATGATTAAAGAATTGGATGAGGACCGAGAAGAGTCCCAAGATCCTGAGGTGGAGTTTGCGATAGCAGGGGGGCCGCCTCCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

855 bp · TkA06G298110|TK1151|CDS

ATGCGTGATGTCAAAAACAAAATCTGGAAAAAGTCAAGCAGTCAATCCACAAATGCGCTTGCTGCTGCCACATCAGCAAGAGACTCTCCTGCCATGACCGTGACCTACAGACTTGAGGGGTTGGATCGGGAAGCTACTGAACCCATGATTAAAGAATTGGATGAGGACCGAGAAGAGTCCCAAGATCCTGAGGTGGAGTTTGCGATAGCAGGGGGGCCGCCTCCTCGCGTCTCAGTCGACGCAATCGAGCCAGCCGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

284 aa · TkA06G298110|TK1151|PROTEIN

MRDVKNKIWKKSSSQSTNALAAATSARDSPAMTVTYRLEGLDREATEPMIKELDEDREESQDPEVEFAIAGGPPPRVSVDAIEPAEGILLIVESLRMEANESDNINITQNALTVSNQQRNTEMVARILPYLTYRELAAMEALGVGVDEHELMWRETKRRYFRNRVAVRHLKESFVFTTESGFRFDSFDRSRWDTWRLKSVSVLPLLHALEGVAGEKRCFGEGFEQQWLSITFSKAIFLGNGLVAIVAGLFGNLLVGSLAM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G298110`
TK1151 ID	TkA06G298110
OH-1004 ID	LXL04_020508
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	69.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.606 / OH-1004 34.656 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G298110

位置 Chr06:75205591-75213700 (-)

描述 Similar to BIG: Auxin transport protein BIG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02260`	生长素外排和极性生长素转运（PAT）所必需，影响细胞伸长、顶端优势、侧根形成、花序结构及整体生长发育等生长素介导的发育应答。	BIG: a calossin-like protein required for polar auxin transport in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1101/gad.905201 Mutations in the huge Arabidopsis gene BIG affect a range of hormone and light responses.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01779.x The auxin transport inhibitor response 3 (tir3) allele of BIG and auxin transport inhibitors affect the gibberellin status of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02287.x CRM1/BIG-mediated auxin action regulates Arabidopsis inflorescence development.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm094 Arabidopsis mutants define downstream branches in the phototransduction pathway.1994 · DOI: 10.1101/gad.8.3.339 Reduced naphthylphthalamic acid binding in the tir3 mutant of Arabidopsis is associated with a reduction in polar auxin transport and diverse morphological defects.1997 · DOI: 10.1105/tpc.9.5.745

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0247700`	对生长素外排和极性生长素运输（PAT）必需，影响生长素介导的发育反应（如细胞伸长、顶端优势、侧根产生、花序结构、总体生长和发育）（基于相似性）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020508 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0048281 inflorescence morphogenesis 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0071596 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway 生物过程

GO:0140455 cytoplasm protein quality control 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02260

ddi:DDB_G0283893

dosa:Os09g0247700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.279

排名 1 · TkA06G298110 · TK1151

细胞质0.249

排名 2 · TkA06G298110 · TK1151

细胞膜0.188

排名 3 · TkA06G298110 · TK1151

线粒体0.164

排名 4 · TkA06G298110 · TK1151

质体0.142

排名 5 · TkA06G298110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30837UBR4_Ub2-51 aa

PF30838UBR4_TPR82-114 aa

PF30838UBR4_TPR114-142 aa

PF30838UBR4_TPR200-216 aa

PF05631MFS_5221-270 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G298110	`PF30837`	UBR4_Ub	2	51	6e-06	26.8
TkA06G298110	`PF30838`	UBR4_TPR	82	114	2.1e-09	37.7
TkA06G298110	`PF30838`	UBR4_TPR	114	142	2.1e-09	37.7
TkA06G298110	`PF30838`	UBR4_TPR	200	216	2.1e-09	37.7
TkA06G298110	`PF05631`	MFS_5	221	270	8.1e-16	58.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRU2`	拟南芥	sp\|Q9SRU2\|BIG_ARATH Auxin transport protein BIG	43.300%	Swiss-Prot	中等置信
`B9G2A8`	水稻	sp\|B9G2A8\|BIG_ORYSJ Auxin transport protein BIG	39.400%	Swiss-Prot	中等置信

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