LXL04_020508 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020508

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 84485609-84494744 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2574 bp · LXL04_020508|LXL04_020508|OH1004|cDNA

ATGAAAATTGAGGCAGGAGCTCTTCAATCTCAGGGACGCCGGCTTGTAGGAGACGGAGAAGCTGTGGCGCTTCAAGCTCGGTTGTCGCATGTCGGTGCTTCTAGCTCGGTCATCGCCTATCGGCGCCTCACAGTTTTCTTGCACATATGGTCCTTGGAAAGACAAAGATTACAAAAAGCTTATCAGTTCTTGGGAATGGAATATACAGTCGCCTTGCTCGTTCTTGGCATCGCCATGGGATCAATAGAATATGGAACAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2574 bp · LXL04_020508|LXL04_020508|OH1004|CDS

ATGAAAATTGAGGCAGGAGCTCTTCAATCTCAGGGACGCCGGCTTGTAGGAGACGGAGAAGCTGTGGCGCTTCAAGCTCGGTTGTCGCATGTCGGTGCTTCTAGCTCGGTCATCGCCTATCGGCGCCTCACAGTTTTCTTGCACATATGGTCCTTGGAAAGACAAAGATTACAAAAAGCTTATCAGTTCTTGGGAATGGAATATACAGTCGCCTTGCTCGTTCTTGGCATCGCCATGGGATCAATAGAATATGGAACAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

857 aa · LXL04_020508|LXL04_020508|OH1004|PROTEIN

MKIEAGALQSQGRRLVGDGEAVALQARLSHVGASSSVIAYRRLTVFLHIWSLERQRLQKAYQFLGMEYTVALLVLGIAMGSIEYGTSYRLGKVADGIRNCKLILAALNMNLVHVQGANIDPDLLLATSWALLMRDVKNKIWKKSSSQSTNVLAAATSARDSPPMTVTYRHKGLDREATERMIKELDEDREESQDPEVEFAIAGAVREWKFCWKLFSTELVPVFYKILGMVPVLYKIADMRLRDDLKSNQDAIEPAEGILL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020508`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020508

位置 Chr04:84485609-84494744 (+)

描述 Similar to BIG: Auxin transport protein BIG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02260`	生长素外排和极性生长素转运（PAT）所必需，影响细胞伸长、顶端优势、侧根形成、花序结构及整体生长发育等生长素介导的发育应答。	BIG: a calossin-like protein required for polar auxin transport in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1101/gad.905201 Mutations in the huge Arabidopsis gene BIG affect a range of hormone and light responses.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01779.x The auxin transport inhibitor response 3 (tir3) allele of BIG and auxin transport inhibitors affect the gibberellin status of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02287.x CRM1/BIG-mediated auxin action regulates Arabidopsis inflorescence development.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm094 Arabidopsis mutants define downstream branches in the phototransduction pathway.1994 · DOI: 10.1101/gad.8.3.339 Reduced naphthylphthalamic acid binding in the tir3 mutant of Arabidopsis is associated with a reduction in polar auxin transport and diverse morphological defects.1997 · DOI: 10.1105/tpc.9.5.745

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0247700`	对生长素外排和极性生长素运输（PAT）必需，影响生长素介导的发育反应（如细胞伸长、顶端优势、侧根产生、花序结构、总体生长和发育）（基于相似性）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020508 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0048281 inflorescence morphogenesis 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0071596 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway 生物过程

GO:0140455 cytoplasm protein quality control 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02260

ddi:DDB_G0283893

dosa:Os09g0247700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.476

排名 1 · LXL04_020508 · OH-1004

细胞核0.165

排名 2 · LXL04_020508 · OH-1004

溶酶体／液泡0.140

排名 3 · LXL04_020508 · OH-1004

内质网0.130

排名 4 · LXL04_020508 · OH-1004

细胞膜0.110

排名 5 · LXL04_020508 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30837.1UBR4_Ub130-183 aa

PF30838.1UBR4_TPR243-302 aa

PF30837.1UBR4_Ub455-508 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020508	`PF30837.1`	UBR4_Ub	130	183	7.8e-14	52.2
LXL04_020508	`PF30838.1`	UBR4_TPR	243	302	4.1e-21	76.2
LXL04_020508	`PF30837.1`	UBR4_Ub	455	508	7.8e-14	52.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRU2`	拟南芥	Auxin transport protein BIG	35.597%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B9G2A8`	水稻	Auxin transport protein BIG	32.767%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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