TkA06G202420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G202420

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 52578938-52582208 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2331 bp · TkA06G202420|TK1151|cDNA

AAACACCCTAATGCTGATACTTATCATATACTATTTTTTTAACAAAACGCCTCCATAGAAAGATGTTGAATTTCAATTTCCCTGGATTCCGATAAACCAAAATGGTCCGGCGCAGATTAGACAGGAACCAGAGATCGCTATCCTATAAGTTATAGCCCATTTTCTCTCTTCTTTTTCTTCCTCTTCGTTCTAATCTCTCTCCCCAATTGCCATCGCTTTCAAATTCGTACCAGTGATCCAAGATTTATCCTCTATTGCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1536 bp · TkA06G202420|TK1151|CDS

ATGATCAACAAGATCTTTAATCGGTCTTCTTCTAGAAAGCCAAAATCAAACGATAAAGATCAAGGAAACCCTAATTCATCTTCAAACACATCCACAAGTTCAAGACCTAACAACAACAATGATCAAAACCCTAATCGATTCGCGAATTCAAACCCCCCACCCCCAAATCAACCCTCAAAAAAACCAAACGGAACTTCATACGAACCCCTCCCATCTTTCAAAGACGTCACAAACTCGGAAAAACAAAACCTTTTCATCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

511 aa · TkA06G202420|TK1151|PROTEIN

MINKIFNRSSSRKPKSNDKDQGNPNSSSNTSTSSRPNNNNDQNPNRFANSNPPPPNQPSKKPNGTSYEPLPSFKDVTNSEKQNLFIRKLKLCSIVFDFTDPTKNTKEKEIKRQTLVELVDYISSASGKFPETVMQEIVNMVSVNIFRRLTPQPRDNKILETFDGDEEEPSMDPSWPHLQLIYEFILRFVASPETDPKLAKRYIDHAFVLKWLDLFDSEDPREREYLKFVLHRMYGKFMVHRPFIRKSINNIFFRFVFETE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G202420`
TK1151 ID	TkA06G202420
OH-1004 ID	LXL04_023874
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G202420

位置 Chr06:52578938-52582208 (-)

描述 Similar to B'ETA: Serine/threonine protein phosphatase 2A 59 kDa regulatory subunit B' eta isoform

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g26020`	B 调节亚基可能调节底物选择性和催化活性，也可能将催化酶定位到特定的细胞亚区（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g13460`	B 调节亚基可能调节底物选择性和催化活性，也可能将催化酶定位到特定的细胞亚区（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At4g15415`	B 调节亚基可能调节底物选择性和催化活性，也可能将催化酶定位到特定的细胞亚区（通过相似性推测）。	Regulatory subunit B'gamma of protein phosphatase 2A prevents unnecessary defense reactions under low light in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.178442
`At3g21650`	B 调节亚基可能调节底物选择性和催化活性，也可能将催化酶定位到特定的细胞亚区（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At3g09880`	B 调节亚基可能调节底物选择性和催化活性，也可能将催化酶定位到特定的细胞亚区（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023874 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006555 methionine metabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009554 megasporogenesis 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009759 indole glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

GO:0032000 positive regulation of fatty acid beta-oxidation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13460

ath:AT3G09880

ath:AT3G21650

ath:AT3G26020

ath:AT4G15415

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.621

排名 1 · TkA06G202420 · TK1151

细胞核0.315

排名 2 · TkA06G202420 · TK1151

细胞膜0.135

排名 3 · TkA06G202420 · TK1151

溶酶体／液泡0.092

排名 4 · TkA06G202420 · TK1151

高尔基体0.085

排名 5 · TkA06G202420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01603B5670-481 aa

PF27202Flk_N112-144 aa

PF12783Sec7-like_HUS245-308 aa

PF12783Sec7-like_HUS365-430 aa

PF27202Flk_N379-391 aa

PF27202Flk_N415-429 aa

PF04961FTCD_C441-481 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G202420	`PF01603`	B56	70	481	3.7e-189	629.7
TkA06G202420	`PF27202`	Flk_N	112	144	0.18	12.8
TkA06G202420	`PF12783`	Sec7-like_HUS	245	308	0.54	10.8
TkA06G202420	`PF12783`	Sec7-like_HUS	365	430	0.54	10.8
TkA06G202420	`PF27202`	Flk_N	379	391	0.18	12.8
TkA06G202420	`PF27202`	Flk_N	415	429	0.18	12.8
TkA06G202420	`PF04961`	FTCD_C	441	481	0.099	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LU89`	拟南芥	sp\|Q9LU89\|2A5N_ARATH Serine/threonine protein phosphatase 2A 59 kDa regulatory subunit B' eta isoform	79.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LF36`	拟南芥	sp\|Q8LF36\|2A5T_ARATH Serine/threonine protein phosphatase 2A 57 kDa regulatory subunit B' theta isoform	78.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q8RW96`	拟南芥	sp\|Q8RW96\|2A5G_ARATH Serine/threonine protein phosphatase 2A 59 kDa regulatory subunit B' gamma isoform	73.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LVE2`	拟南芥	sp\|Q9LVE2\|2A5Z_ARATH Serine/threonine protein phosphatase 2A 59 kDa regulatory subunit B' zeta isoform	72.700%	Swiss-Prot	高置信
`O04376`	拟南芥	sp\|O04376\|2A5B_ARATH Serine/threonine protein phosphatase 2A 57 kDa regulatory subunit B' beta isoform	66.100%	Swiss-Prot	高置信

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