TkA06G185050 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G185050

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 48239352-48241064 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1547 bp · TkA06G185050|TK1151|cDNA

ACAATCCACCCCTCCAAGCTTTTTGTTGTTTTATAGTTCTCACAGAAAGCGAGGGCTGCGGTCAATACTCAATACCCCAGGAACAACCTCGAATCAAAGCCTTCTTATCCAAGCAACTCATTCTCTCTCATGCTCGTTCCTCGAAGCCACGTTTTCAAGTTCCAGATTCAATCCTCCACGTGCATTTCTCCGTCTTTATATATATATATATATATCTCCCTCCCCCTTAACCTTATAGCTGCTGAAGGAGAACGACAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

852 bp · TkA06G185050|TK1151|CDS

ATGACTTGCGATAACTTGGAATTGCCGCCGGGGTTCAGGTTCCATCCGACGGACGATGAATTGGTTATGCATTACCTATGTCGAAAATGCGCGTCTCAGCCGATTTATGTCCCTATAATCGCCGAGATTGATCTGTATAAGTTCGATCCATGGCAGCTTCCTGATATGGCTTTGTATGGAGAAAAGGAGTGGTATTTCTTCTCGCCTAGAGACAGGAAGTATCCCAATGGATCACGACCGAATAGAGCTGCCGGAACTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

283 aa · TkA06G185050|TK1151|PROTEIN

MTCDNLELPPGFRFHPTDDELVMHYLCRKCASQPIYVPIIAEIDLYKFDPWQLPDMALYGEKEWYFFSPRDRKYPNGSRPNRAAGTGYWKATGADKPIGKPKPVGIKKALVFYAGKAPRGVKTNWIMHEYRLANVDRSAGKRNNNLRLDDWVLCRIYNKKGTLEKHYVNDNQFSDMEVETKPKITPYTPTPPPSQLPSSVPHHVTNDVFHFDTSESVPTLHTDSSPEHEREVESDPKRNNFQFNYIDPFQDGTFTPTQSQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G185050`
TK1151 ID	TkA06G185050
OH-1004 ID	LXL04_024045
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.339 / OH-1004 67.204 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G185050

位置 Chr06:48239352-48241064 (+)

描述 Similar to NAC002: NAC domain-containing protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g01720`	含 NAC 结构域蛋白 2。	暂无已核实直接文献
`At5g08790`	参与抗病反应。	The transcription factor ATAF2 represses the expression of pathogenesis-related genes in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02488.x Interaction of the Tobacco mosaic virus replicase protein with a NAC domain transcription factor is associated with the suppression of systemic host defenses.2009 · DOI: 10.1128/jvi.00941-09 ATAF2, a NAC transcription factor, binds to the promoter and regulates NIT2 gene expression involved in auxin biosynthesis.2012 · DOI: 10.1007/s10059-012-0122-2 ATAF2 integrates Arabidopsis brassinosteroid inactivation and seedling photomorphogenesis.2015 · DOI: 10.1242/dev.124347
`At5g63790`	可能参与淹水条件下种子萌发的调控。	暂无已核实直接文献
`At1g77450`	转录激活因子，正向调控依赖年龄的衰老、光照引起的叶衰老及压力诱导的衰老。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0884300`	与应激反应基因 LEA19 的启动子结合的转录激活剂。	Functional analysis of a NAC-type transcription factor OsNAC6 involved in abiotic and biotic stress-responsive gene expression in rice.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03168.x Characterization of transcription factor gene SNAC2 conferring cold and salt tolerance in rice.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9309-5 The histone deacetylase OsHDAC1 epigenetically regulates the OsNAC6 gene that controls seedling root growth in rice.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03908.x The abiotic stress-responsive NAC-type transcription factor OsNAC5 regulates stress-inducible genes and stress tolerance in rice.2010 · DOI: 10.1007/s00438-010-0557-0 The rice OsNAC6 transcription factor orchestrates multiple molecular mechanisms involving root structural adaptions and nicotianamine biosynthesis for drought tolerance.2017 · DOI: 10.1111/pbi.12673

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024045 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01720

ath:AT1G77450

ath:AT5G08790

ath:AT5G63790

dosa:Os01g0884300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.928

排名 1 · TkA06G185050 · TK1151

细胞质0.140

排名 2 · TkA06G185050 · TK1151

细胞膜0.049

排名 3 · TkA06G185050 · TK1151

内质网0.047

排名 4 · TkA06G185050 · TK1151

质体0.016

排名 5 · TkA06G185050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02365NAM9-132 aa

PF00866Ring_hydroxyl_B121-169 aa

PF02365NAM191-212 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G185050	`PF02365`	NAM	9	132	7.3e-49	166.0
TkA06G185050	`PF00866`	Ring_hydroxyl_B	121	169	0.16	12.7
TkA06G185050	`PF02365`	NAM	191	212	7.3e-49	166.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39013`	拟南芥	sp\|Q39013\|NAC2_ARATH NAC domain-containing protein 2	59.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C598`	拟南芥	sp\|Q9C598\|NAC81_ARATH Protein ATAF2	68.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q8H115`	拟南芥	sp\|Q8H115\|NA102_ARATH NAC domain-containing protein 102	84.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9CAR0`	拟南芥	sp\|Q9CAR0\|NAC32_ARATH NAC transcription factor 32	75.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7F2L3`	水稻	sp\|Q7F2L3\|NAC48_ORYSJ NAC domain-containing protein 48	65.600%	Swiss-Prot	高置信

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