TkA06G183420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G183420

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 47880615-47884303 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1956 bp · TkA06G183420|TK1151|cDNA

AAAAGGGCGCTTTTTGGCTAATATCATATAGTTTAAGGTGTCATTAGTAGTCATCACGAAGTACAAGGGGACTTTACGTCCTCTTTTAAAAGAACATGCTAAAATCCGTCGACGACGGCTGCCGGTGAACGAGCACGACAATACAGGCATACCCCGCGCAGCTTTATCTTAAGAACAGAAAGAAAACACCATGAACAGCACCGTCACTCGGTTCATCATTCACCATCTACTACCTCCTAATGCTCCGAGCTTCACCAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1452 bp · TkA06G183420|TK1151|CDS

ATGAACAGCACCGTCACTCGGTTCATCATTCACCATCTACTACCTCCTAATGCTCCGAGCTTCACCAGAATTCACGTCCACTTCATATCACCTCCTCGTCGTCGGAGATTCGGCACAGTTGCCGTCTCCCATTCTCAAGAGGTTATCGACGAGAGGATGGTGGTGGTTGGTGGCGGTGCTGCTGGCATATATGGAGCAATTAGGGCTAAAACTTTAGCTCCCAATCTTAACGTTATTGTGATTGAAAAAGCAAAGCCCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

483 aa · TkA06G183420|TK1151|PROTEIN

MNSTVTRFIIHHLLPPNAPSFTRIHVHFISPPRRRRFGTVAVSHSQEVIDERMVVVGGGAAGIYGAIRAKTLAPNLNVIVIEKAKPLAKVKISGGGRCNVTNGHCPDIKILADKYPRGSKEFRGSFFNVHSPSDTMSWFSDHGVKLKIEEDGRVFPVSDNSSSIIDCLLNEARQKGVTLQTGKSVTSASISPSEKFILKIEKRTIDYVEFVEADYLLIASGSSQQGYNLANQLGHSIIKPVPSLFTFKIDDIQLTELSGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G183420`
TK1151 ID	TkA06G183420
OH-1004 ID	LXL04_024055
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G183420`
位置	Chr06:47880615-47884303 (-)
描述	Similar to ytfP: Uncharacterized protein YtfP (Bacillus subtilis (strain 168)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_024055` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000154 rRNA modification 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程 GO:0030573 bile acid catabolic process 生物过程 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0000166 nucleotide binding 分子功能 GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能 GO:0106413 RNA dihydrouridine synthase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ag:EDS08212 bsu:BSU30060 ecj:JW3459 eco:b3492 ecoc:C3026_18915 hin:HI_0933 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.850

排名 1 · TkA06G183420 · TK1151

细胞质0.082

排名 2 · TkA06G183420 · TK1151

质体0.074

排名 3 · TkA06G183420 · TK1151

细胞核0.058

排名 4 · TkA06G183420 · TK1151

细胞膜0.015

排名 5 · TkA06G183420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01946Thi446-84 aa

PF03486HI0933_like52-464 aa

PF07992Pyr_redox_252-225 aa

PF00890FAD_binding_253-97 aa

PF01266DAO53-87 aa

PF01134GIDA53-75 aa

PF13454NAD_binding_954-115 aa

PF13738Pyr_redox_354-85 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G183420	`PF01946`	Thi4	46	84	0.044	13.7
TkA06G183420	`PF03486`	HI0933_like	52	464	4.1e-66	223.6
TkA06G183420	`PF07992`	Pyr_redox_2	52	225	5.2e-07	30.1
TkA06G183420	`PF00890`	FAD_binding_2	53	97	0.00017	21.6
TkA06G183420	`PF01266`	DAO	53	87	0.0018	18.6
TkA06G183420	`PF01134`	GIDA	53	75	0.29	10.9
TkA06G183420	`PF13454`	NAD_binding_9	54	115	0.059	14.1
TkA06G183420	`PF13738`	Pyr_redox_3	54	85	0.17	11.8
TkA06G183420	`PF12831`	FAD_oxidored	54	85	0.5	10.3
TkA06G183420	`PF13450`	NAD_binding_8	55	84	0.1	13.6
TkA06G183420	`PF01266`	DAO	165	234	0.0018	18.6
TkA06G183420	`PF13738`	Pyr_redox_3	177	224	0.17	11.8
TkA06G183420	`PF01946`	Thi4	204	229	0.044	13.7
TkA06G183420	`PF22780`	HI0933_like_1st	241	411	4e-35	121.8
TkA06G183420	`PF01134`	GIDA	423	469	0.29	10.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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