TkA06G156760 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G156760

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 41381517-41382170 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

624 bp · TkA06G156760|TK1151|cDNA

ATGCCGTCTGATTCCAGCGACCAACGTCGGACAGCCACCGCGAGGAACCACCATCACGGGCTTGGTGCGCCGCCGCCGGAGTCTGAACACATTCCTTGCCCACGATGTGAATCCACCAATACCAAGTTCTGTTACTATAACAACTATAACTTTTCTCAGCCGCGTCACTTTTGCAAATCCTGTCGCCGGTACTGGACTCACGGCGGCACTCTCCGTGACATTCCTGTTGGTGGTGGTACTCGGAAGAATGCGAAACGGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

624 bp · TkA06G156760|TK1151|CDS

ATGCCGTCTGATTCCAGCGACCAACGTCGGACAGCCACCGCGAGGAACCACCATCACGGGCTTGGTGCGCCGCCGCCGGAGTCTGAACACATTCCTTGCCCACGATGTGAATCCACCAATACCAAGTTCTGTTACTATAACAACTATAACTTTTCTCAGCCGCGTCACTTTTGCAAATCCTGTCGCCGGTACTGGACTCACGGCGGCACTCTCCGTGACATTCCTGTTGGTGGTGGTACTCGGAAGAATGCGAAACGGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

207 aa · TkA06G156760|TK1151|PROTEIN

MPSDSSDQRRTATARNHHHGLGAPPPESEHIPCPRCESTNTKFCYYNNYNFSQPRHFCKSCRRYWTHGGTLRDIPVGGGTRKNAKRARVSSATSRDCSAVSSGLEYHHISASNTTTAAAIPVLMSFAGDHGGSGQCGSFTSLLSNTPSSGIFGFDQDLSFGLGRTIWPFSSIGEGGGNTWQLESTDGGGDCFVFPDLAISTPGNAMK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G156760`
TK1151 ID	TkA06G156760
OH-1004 ID	LXL04_006360
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	56.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.068 / OH-1004 99.160 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G156760

位置 Chr06:41381517-41382170 (-)

描述 Similar to DOF3.4: Dof zinc finger protein DOF3.4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g50410`	能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g66940`	能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At1g51700`	能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At3g21270`	能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0726300`	可能在发育中的种子中转录激活种子储存蛋白基因的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006360 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003002 regionalization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009625 response to insect 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0010439 regulation of glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0042545 cell wall modification 生物过程

GO:0045787 positive regulation of cell cycle 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07640

ath:AT1G51700

ath:AT3G50410

ath:AT5G66940

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.968

排名 1 · TkA06G156760 · TK1151

细胞质0.100

排名 2 · TkA06G156760 · TK1151

细胞膜0.029

排名 3 · TkA06G156760 · TK1151

内质网0.022

排名 4 · TkA06G156760 · TK1151

质体0.012

排名 5 · TkA06G156760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23451Zn_ribbon_PaaD27-62 aa

PF02701Zn_ribbon_Dof30-85 aa

PF27208TP_021433-63 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G156760	`PF23451`	Zn_ribbon_PaaD	27	62	0.022	15.1
TkA06G156760	`PF02701`	Zn_ribbon_Dof	30	85	1.2e-33	115.7
TkA06G156760	`PF27208`	TP_0214	33	63	0.016	15.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39088`	拟南芥	sp\|Q39088\|DOF34_ARATH Dof zinc finger protein DOF3.4	45.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FGD6`	拟南芥	sp\|Q9FGD6\|DOF58_ARATH Dof zinc finger protein DOF5.8	44.100%	Swiss-Prot	中等置信
`O82155`	拟南芥	sp\|O82155\|DOF17_ARATH Dof zinc finger protein DOF1.7	62.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q94AR6`	拟南芥	sp\|Q94AR6\|DOF31_ARATH Dof zinc finger protein DOF3.1	76.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q6Z345`	水稻	sp\|Q6Z345\|DOF4_ORYSJ Dof zinc finger protein 4	75.000%	Swiss-Prot	低置信

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