TkA06G090410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G090410

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 24070105-24071312 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

799 bp · TkA06G090410|TK1151|cDNA

ATTAGATATCAACCGAATTCACCCTTGGTTCTTCAAGGAATCAATTGCGTGTTTGAAGGAGGACATAAAATTGGAATTGTGGGGAGGACAGGGAGTGGAAAAACAACTTTGATAAGTGCTTTGTTCCGACTAGTTGAACCTACACAAGGAAGGATTGTTATAGATGACTTAGATATCACTTCCATCGGCCTTCATGATCTTCGATCAAGTTTCGGTATCATCCCACAAGAACCAACTTTATTCAGTGGTTCCATACGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

723 bp · TkA06G090410|TK1151|CDS

ATTAGATATCAACCGAATTCACCCTTGGTTCTTCAAGGAATCAATTGCGTGTTTGAAGGAGGACATAAAATTGGAATTGTGGGGAGGACAGGGAGTGGAAAAACAACTTTGATAAGTGCTTTGTTCCGACTAGTTGAACCTACACAAGGAAGGATTGTTATAGATGACTTAGATATCACTTCCATCGGCCTTCATGATCTTCGATCAAGTTTCGGTATCATCCCACAAGAACCAACTTTATTCAGTGGTTCCATACGATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

240 aa · TkA06G090410|TK1151|PROTEIN

IRYQPNSPLVLQGINCVFEGGHKIGIVGRTGSGKTTLISALFRLVEPTQGRIVIDDLDITSIGLHDLRSSFGIIPQEPTLFSGSIRYNLDPLEEQCDHELWKVLEKCQLREAIQDKKEGLHSLVVQDGLNWSLGQRQLFCLGRALLKRRKILILDEATASIDNATDTIIQKTIREEFQDCTVITVAHRIPTVIDSTMVLVIKDGKVIEYDKPKKLINESASLFAQLVNEYWSQNKTSQLD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G090410`
TK1151 ID	TkA06G090410
OH-1004 ID	LXL04_029562
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	88.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.333 / OH-1004 18.539 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G090410

位置 Chr06:24070105-24071312 (+)

描述 Similar to ABCC10: ABC transporter C family member 10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g59140`	谷胱甘肽 S-结合物泵。	暂无已核实直接文献
`At3g21250`	谷胱甘肽 S-结合物泵。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XCD4`	ABC 转运蛋白，可能影响植酸转运和区室化。	暂无已核实直接文献
`Os03g0142800`	ABC 转运蛋白，可能影响植酸转运和区室化。	Mutations of the multi-drug resistance-associated protein ABC transporter gene 5 result in reduction of phytic acid in rice seeds.2009 · DOI: 10.1007/s00122-009-1018-1

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029562 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0030007 intracellular potassium ion homeostasis 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008281 sulfonylurea receptor activity 分子功能

GO:0008559 ABC-type xenobiotic transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04120

ath:AT3G59140

dosa:Os03g0142800

zma:100125659

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.647

排名 1 · TkA06G090410 · TK1151

细胞核0.255

排名 2 · TkA06G090410 · TK1151

过氧化物酶体0.132

排名 3 · TkA06G090410 · TK1151

线粒体0.102

排名 4 · TkA06G090410 · TK1151

溶酶体／液泡0.069

排名 5 · TkA06G090410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005ABC_tran11-159 aa

PF00270DEAD16-38 aa

PF01078Mg_chelatase18-63 aa

PF04851ResIII18-48 aa

PF03308MeaB21-46 aa

PF04665Pox_A3222-44 aa

PF10412TrwB_AAD_bind23-58 aa

PF13555AAA_2923-49 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G090410	`PF00005`	ABC_tran	11	159	2.8e-26	93.5
TkA06G090410	`PF00270`	DEAD	16	38	0.0076	16.7
TkA06G090410	`PF01078`	Mg_chelatase	18	63	0.0023	18.1
TkA06G090410	`PF04851`	ResIII	18	48	0.078	13.6
TkA06G090410	`PF03308`	MeaB	21	46	0.15	11.8
TkA06G090410	`PF04665`	Pox_A32	22	44	0.1	12.7
TkA06G090410	`PF10412`	TrwB_AAD_bind	23	58	0.00016	21.4
TkA06G090410	`PF13555`	AAA_29	23	49	0.00049	20.5
TkA06G090410	`PF01926`	MMR_HSR1	23	43	0.0038	18.0
TkA06G090410	`PF01935`	DUF87	23	54	0.0098	16.7
TkA06G090410	`PF13476`	AAA_23	23	41	0.012	16.9
TkA06G090410	`PF19993`	DO-GTPase2	24	45	0.0013	19.1
TkA06G090410	`PF00931`	NB-ARC	24	44	0.0047	17.2
TkA06G090410	`PF02492`	cobW	24	58	0.019	15.3
TkA06G090410	`PF03205`	MobB	24	48	0.032	14.9
TkA06G090410	`PF13238`	AAA_18	24	97	0.073	14.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LYS2`	拟南芥	sp\|Q9LYS2\|AB10C_ARATH ABC transporter C family member 10	71.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LGU1`	拟南芥	sp\|Q8LGU1\|AB8C_ARATH ABC transporter C family member 8	65.500%	Swiss-Prot	高置信
`A2XCD4`	水稻	sp\|A2XCD4\|AB13C_ORYSI ABC transporter C family member 13	66.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q10RX7`	水稻	sp\|Q10RX7\|AB13C_ORYSJ ABC transporter C family member 13	66.100%	Swiss-Prot	高置信

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