TkA06G079010 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G079010

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 21196045-21196527 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

483 bp · TkA06G079010|TK1151|cDNA

ATGTTCTACAAAAAAAAGCCTTTACTCATTAAATCCGTCGAAGATCTTCACGAATCGTACAAACATTTGGCTGAAAAGTACGACCAGTTAATAAAAAGACATGAAAATGTACGTGCATTTCCAAACCCTAATCGGTTTCCTCAACTTCAGAGTTCAAATGCTGATCAAAACTATGAGACGTTTAAGAAAAAGAGATGCGAGTTTGATGATGGTTTAGAAAAGCGGTGGACTGAGATGGGGCTGACTGTAATGAAACTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

483 bp · TkA06G079010|TK1151|CDS

ATGTTCTACAAAAAAAAGCCTTTACTCATTAAATCCGTCGAAGATCTTCACGAATCGTACAAACATTTGGCTGAAAAGTACGACCAGTTAATAAAAAGACATGAAAATGTACGTGCATTTCCAAACCCTAATCGGTTTCCTCAACTTCAGAGTTCAAATGCTGATCAAAACTATGAGACGTTTAAGAAAAAGAGATGCGAGTTTGATGATGGTTTAGAAAAGCGGTGGACTGAGATGGGGCTGACTGTAATGAAACTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

160 aa · TkA06G079010|TK1151|PROTEIN

MFYKKKPLLIKSVEDLHESYKHLAEKYDQLIKRHENVRAFPNPNRFPQLQSSNADQNYETFKKKRCEFDDGLEKRWTEMGLTVMKLVEDNLEQQAELVKKNDQKREAINELCVHVRKLVAENNELKTKLARMEADIKRKRSQFSKAKEVILKKILPEPRN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G079010`
TK1151 ID	TkA06G079010
OH-1004 ID	LXL04_025135
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 73.394 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G079010`
位置	Chr06:21196045-21196527 (+)
描述	Similar to NET3A: Protein NETWORKED 3A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025135` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0031965 nuclear membrane 细胞组分 GO:0003779 actin binding 分子功能 GO:0051015 actin filament binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G03080 ath:AT1G03470 ath:AT1G58215 ath:AT2G47920 ath:AT4G14760 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.510

排名 1 · TkA06G079010 · TK1151

细胞核0.374

排名 2 · TkA06G079010 · TK1151

线粒体0.066

排名 3 · TkA06G079010 · TK1151

细胞膜0.051

排名 4 · TkA06G079010 · TK1151

高尔基体0.035

排名 5 · TkA06G079010 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07765KIP11-28 aa

PF14071YlbD_coat2-137 aa

PF18160SLATT_54-36 aa

PF06295ZapG-like8-62 aa

PF28942Fv1_N8-38 aa

PF06156YabA9-48 aa

PF24423OVT19-40 aa

PF17082Spc2911-80 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G079010	`PF07765`	KIP1	1	28	2.2e-06	28.4
TkA06G079010	`PF14071`	YlbD_coat	2	137	0.026	15.5
TkA06G079010	`PF18160`	SLATT_5	4	36	0.19	11.8
TkA06G079010	`PF06295`	ZapG-like	8	62	0.0043	17.8
TkA06G079010	`PF28942`	Fv1_N	8	38	1.1	10.1
TkA06G079010	`PF06156`	YabA	9	48	0.54	11.6
TkA06G079010	`PF24423`	OVT1	9	40	1.4	10.1
TkA06G079010	`PF17082`	Spc29	11	80	0.0067	17.0
TkA06G079010	`PF07200`	Mod_r	11	37	0.015	16.0
TkA06G079010	`PF05121`	GvpK	11	35	0.33	11.8
TkA06G079010	`PF07926`	TPR_MLP1_2	11	34	0.63	10.8
TkA06G079010	`PF28907`	ZapB_rel	12	30	0.016	16.5
TkA06G079010	`PF21019`	Spectrin_3	12	38	0.47	11.5
TkA06G079010	`PF29056`	MYCBP_helical	12	38	0.94	10.3
TkA06G079010	`PF01025`	GrpE	12	38	2.8	8.3
TkA06G079010	`PF06785`	UPF0242	12	103	3.0	8.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情