TkA06G077610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G077610

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 20816184-20821521 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2292 bp · TkA06G077610|TK1151|cDNA

ATGCGCTTTTGGGCCGAAGGATGTTGGGTAACCATCAGAGGTGACTCGAGTTTGTCACGATCTAGAGCATCATGCAAGACCCTTTGCAAGCTGTTGCAACAGGAGGTGGAAGGCACCGTGGTGCACCTTGGGATCAACGAAAGGAGCCCCGATGTATCTCACCCGGTACCGGCAACAATACAGACCATCCTCGAGACATTCAAGGACGTGTTCGAGATGCCCTCCGGGTTGTTTCCCCAAAGGTGCCACGAGCACTCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2292 bp · TkA06G077610|TK1151|CDS

ATGCGCTTTTGGGCCGAAGGATGTTGGGTAACCATCAGAGGTGACTCGAGTTTGTCACGATCTAGAGCATCATGCAAGACCCTTTGCAAGCTGTTGCAACAGGAGGTGGAAGGCACCGTGGTGCACCTTGGGATCAACGAAAGGAGCCCCGATGTATCTCACCCGGTACCGGCAACAATACAGACCATCCTCGAGACATTCAAGGACGTGTTCGAGATGCCCTCCGGGTTGTTTCCCCAAAGGTGCCACGAGCACTCTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

763 aa · TkA06G077610|TK1151|PROTEIN

MRFWAEGCWVTIRGDSSLSRSRASCKTLCKLLQQEVEGTVVHLGINERSPDVSHPVPATIQTILETFKDVFEMPSGLFPQRCHEHSIILKEGTVPVTVRPYRYMHTQKDEIERLVIHEDRLMIDRSKMATIQDKFPIRLEGLVREYVDRFESLAGQLLDLSEKVLESTFVKGLKPYTRAAIRVTEPESLAQAMRMAITIDENKPVGNERGDEEEEETNHAHLNAVVVSLMSISRLTSPTIMKVRGDVRGTTVVVLIDCRA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G077610`
TK1151 ID	TkA06G077610
OH-1004 ID	LXL04_022427
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	37.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 78.768 / OH-1004 30.837 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G077610

位置 Chr06:20816184-20821521 (-)

描述 Similar to THO2: THO complex subunit 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`AtMg00860`	未表征的线粒体蛋白 AtMg00860。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022427 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0035196 miRNA processing 生物过程

GO:1990428 miRNA transport 生物过程

GO:0000347 THO complex 细胞组分

GO:0000445 THO complex part of transcription export complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24706

cjc:100399788

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.701

排名 1 · TkA06G077610 · TK1151

细胞核0.254

排名 2 · TkA06G077610 · TK1151

线粒体0.099

排名 3 · TkA06G077610 · TK1151

过氧化物酶体0.067

排名 4 · TkA06G077610 · TK1151

内质网0.055

排名 5 · TkA06G077610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30931DUF876457-69 aa

PF04398DUF53871-113 aa

PF30901PEG10-RTL1_C-capsid142-201 aa

PF19259Ty3_capsid143-220 aa

PF30931DUF8764149-196 aa

PF08284RVP_2231-277 aa

PF13650Asp_protease_2243-318 aa

PF13975gag-asp_proteas244-318 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G077610	`PF30931`	DUF8764	57	69	0.26	12.3
TkA06G077610	`PF04398`	DUF538	71	113	0.29	12.3
TkA06G077610	`PF30901`	PEG10-RTL1_C-capsid	142	201	0.00035	21.2
TkA06G077610	`PF19259`	Ty3_capsid	143	220	5.2e-06	26.7
TkA06G077610	`PF30931`	DUF8764	149	196	0.26	12.3
TkA06G077610	`PF08284`	RVP_2	231	277	0.015	15.8
TkA06G077610	`PF13650`	Asp_protease_2	243	318	1.4e-05	26.4
TkA06G077610	`PF13975`	gag-asp_proteas	244	318	1.9e-05	25.9
TkA06G077610	`PF30931`	DUF8764	333	345	0.26	12.3
TkA06G077610	`PF04398`	DUF538	347	382	0.29	12.3
TkA06G077610	`PF00078`	RVT_1	414	463	2.9e-11	44.3
TkA06G077610	`PF00078`	RVT_1	465	504	2.9e-11	44.3
TkA06G077610	`PF17921`	Integrase_H2C2	630	680	8.9e-15	55.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P92523`	拟南芥	sp\|P92523\|M860_ARATH Uncharacterized mitochondrial protein AtMg00860	56.800%	Swiss-Prot	低置信

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