RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G071190
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 19051264-19052868 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1220 bp · TkA06G071190|TK1151|cDNA

AAACAATCACACACTAATTCTAATCCTTCTCTATCCACATCCATACAAGGTTTCATGGCAAACATTCTCCTTTTCTTCCATGTTATCTTTAGCGGTTTACTGTTATCAGTTTCTTCTCGAGGTCCCGTGTATCGGCCACCACCAGTTGAGCAATTAACAAACCGTTTCCCTCATATTCCCATCACCCAAGGGATGTCGACATTGTTTGGATCATCAAATATTCATGTGAAAGGCAATGGATCATATGCCGATATCGTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

951 bp · TkA06G071190|TK1151|CDS

ATGGCAAACATTCTCCTTTTCTTCCATGTTATCTTTAGCGGTTTACTGTTATCAGTTTCTTCTCGAGGTCCCGTGTATCGGCCACCACCAGTTGAGCAATTAACAAACCGTTTCCCTCATATTCCCATCACCCAAGGGATGTCGACATTGTTTGGATCATCAAATATTCATGTGAAAGGCAATGGATCATATGCCGATATCGTTTTGGACAAAATCTCAGGTTCTGGGTTGATTTCAAAGAAAAGATACTACCATGGATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

316 aa · TkA06G071190|TK1151|PROTEIN

MANILLFFHVIFSGLLLSVSSRGPVYRPPPVEQLTNRFPHIPITQGMSTLFGSSNIHVKGNGSYADIVLDKISGSGLISKKRYYHGFFSAAIKLPTGFTSGVVFAFYMSNADLFPHNHDEIDFELLGHEKRRQWVLQTNMYGNGSVKTGREEKVYLWFDPTQQFHQYPILWNNHHIVFLVDNIPVREVIHNQAVSSVYPSKPMSLYATIWDASEWATHGGKYAVNYKYAPFVASMGELEIEGCSMQKTSSPSMATAGCSK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G071190
TK1151 IDTkA06G071190
OH-1004 IDLXL04_025262
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G071190
位置Chr06:19051264-19052868 (+)
描述Similar to XTH33: Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 33
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g10550 催化木葡聚糖内水解 (XEH) 和/或内转糖基化 (XET)。 暂无已核实直接文献
At2g01850 催化木葡聚糖内水解 (XEH) 和/或内转糖基化 (XET)。
AtXTH27 plays an essential role in cell wall modification during the development of tracheary elements.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02395.x
At1g14720 催化木葡聚糖内水解 (XEH) 和/或内转糖基化 (XET)。 暂无已核实直接文献
At1g32170 催化木葡聚糖内水解 (XEH) 和/或内转糖基化 (XET)。 暂无已核实直接文献
At4g18990 催化木葡聚糖内水解 (XEH) 和/或内转糖基化 (XET)。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025262 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009831 plant-type cell wall modification involved in multidimensional cell growth 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010154 fruit development 生物过程
GO:0010411 xyloglucan metabolic process 生物过程
GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
GO:0080086 stamen filament development 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0048046 apoplast 细胞组分
GO:0004553 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds 分子功能
GO:0016762 xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G10550
ath:AT1G14720
ath:AT1G32170
ath:AT2G01850
ath:AT4G18990
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.265
排名 1 · TkA06G071190 · TK1151
高尔基体0.249
排名 2 · TkA06G071190 · TK1151
溶酶体／液泡0.180
排名 3 · TkA06G071190 · TK1151
细胞膜0.135
排名 4 · TkA06G071190 · TK1151
内质网0.101
排名 5 · TkA06G071190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06955XET_C35-42 aa
PF00722Glyco_hydro_1650-227 aa
PF06955XET_C277-313 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G071190PF06955XET_C35421e-1351.6
TkA06G071190PF00722Glyco_hydro_16502274.1e-52176.9
TkA06G071190PF06955XET_C2773131e-1351.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LC45拟南芥sp|Q8LC45|XTH33_ARATH Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 3358.000%Swiss-Prot高置信
Q8LDS2拟南芥sp|Q8LDS2|XTH27_ARATH Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 2747.300%Swiss-Prot中等置信
Q38909拟南芥sp|Q38909|XTH28_ARATH Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 2847.500%Swiss-Prot中等置信
Q38908拟南芥sp|Q38908|XTH30_ARATH Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 3047.200%Swiss-Prot中等置信
Q8L7H3拟南芥sp|Q8L7H3|XTH29_ARATH Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 2945.000%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看