TkA06G069940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G069940

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 18706905-18709616 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1936 bp · TkA06G069940|TK1151|cDNA

CTCTTTTAATAATAAGACCAACCAAATTCGCAATTCATCCATATCTTCTCAACATAAATCTACAAATCTTTTGTAGTACTTCGTTTCAATCCTGGTTTGTTTATGTGGAATTGCTGATTCAGTTTCTAGTATTAGGGTTTTTGTTTGATGGGTGTGGAGGGAGAGTCAACTCAAGCAGGCGTCTCCACCGTTGACGGTGGCGATGCAGAAATCACCCTCAACATCCGATGCTCTAACGGCAACAAGTTCTCGGTGCGAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1554 bp · TkA06G069940|TK1151|CDS

ATGGGTGTGGAGGGAGAGTCAACTCAAGCAGGCGTCTCCACCGTTGACGGTGGCGATGCAGAAATCACCCTCAACATCCGATGCTCTAACGGCAACAAGTTCTCGGTGCGAGCAAGCCTCGGATCAACCGTCGTCTCTTTCAAAGATATCTTGGCCCAAAACTGCGATGTTCCTGCCAATCAACAGAGATTGATTTACAAAGGAAGAATCCTGAAGGACGATCAAACCCTAGATAGTTACGGCCTGCAGGCAGATCATAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

517 aa · TkA06G069940|TK1151|PROTEIN

MGVEGESTQAGVSTVDGGDAEITLNIRCSNGNKFSVRASLGSTVVSFKDILAQNCDVPANQQRLIYKGRILKDDQTLDSYGLQADHTIHMVRGSSPAPTTNTPATGNPNPNPPTLNEGIASGAPLFPGLGLGSLGGSAAPYGAGLPDFEQVQQQLTQNPNMMRDMMNMPAIQNILNNPEVMRGMIMSNPQMREIIDRNPELAHILNDPAILRQTLEAARNPELMREMMRNTDRAMSNIESSPEGFNMLRRMYENVQEPFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G069940`
TK1151 ID	TkA06G069940
OH-1004 ID	LXL04_025286
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 92.021 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G069940

位置 Chr06:18706905-18709616 (+)

描述 Similar to DSK2B: Ubiquitin domain-containing protein DSK2b

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17200`	结合泛素缀合物，并可能选择这些缀合物使其被降解。	暂无已核实直接文献
`At2g17190`	结合泛素缀合物，并可能选择这些缀合物使其被降解。	The defective proteasome but not substrate recognition function is responsible for the null phenotypes of the Arabidopsis proteasome subunit RPN10.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.086702

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025286 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016236 macroautophagy 生物过程

GO:0016241 regulation of macroautophagy 生物过程

GO:0031396 regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0034140 negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0035973 aggrephagy 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0097352 autophagosome maturation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17190

ath:AT2G17200

hsa:29979

mmu:56085

rno:114590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.711

排名 1 · TkA06G069940 · TK1151

细胞核0.583

排名 2 · TkA06G069940 · TK1151

内质网0.080

排名 3 · TkA06G069940 · TK1151

线粒体0.050

排名 4 · TkA06G069940 · TK1151

细胞膜0.045

排名 5 · TkA06G069940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11976Rad60-SLD22-91 aa

PF14560Ubiquitin_222-90 aa

PF00240ubiquitin24-92 aa

PF10302Dsc3_N42-81 aa

PF18037Ubiquitin_547-84 aa

PF13881Rad60-SLD_259-90 aa

PF17830STI1-HOP_DP146-176 aa

PF09280XPC-binding146-172 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G069940	`PF11976`	Rad60-SLD	22	91	8e-09	35.9
TkA06G069940	`PF14560`	Ubiquitin_2	22	90	0.005	18.0
TkA06G069940	`PF00240`	ubiquitin	24	92	3.7e-20	72.2
TkA06G069940	`PF10302`	Dsc3_N	42	81	0.06	14.6
TkA06G069940	`PF18037`	Ubiquitin_5	47	84	0.14	13.2
TkA06G069940	`PF13881`	Rad60-SLD_2	59	90	0.044	14.6
TkA06G069940	`PF17830`	STI1-HOP_DP	146	176	7.2e-06	26.5
TkA06G069940	`PF09280`	XPC-binding	146	172	0.0043	17.4
TkA06G069940	`PF29073`	RxLR_C	146	175	0.014	16.4
TkA06G069940	`PF24669`	Ddi2_HDD	149	162	0.3	11.9
TkA06G069940	`PF16550`	RPN13_C	150	208	0.24	12.3
TkA06G069940	`PF23195`	UBQLN1	154	278	2.2e-62	208.9
TkA06G069940	`PF07200`	Mod_r	166	194	0.042	14.5
TkA06G069940	`PF07426`	Dynactin_p22	171	213	0.075	13.6
TkA06G069940	`PF17830`	STI1-HOP_DP	173	196	7.2e-06	26.5
TkA06G069940	`PF18312`	ScsC_N	174	182	0.97	9.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SII8`	拟南芥	sp\|Q9SII8\|DSK2B_ARATH Ubiquitin domain-containing protein DSK2b	51.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SII9`	拟南芥	sp\|Q9SII9\|DSK2A_ARATH Ubiquitin domain-containing protein DSK2a	53.900%	Swiss-Prot	高置信

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