TkA06G056490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G056490

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 15247124-15250444 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2988 bp · TkA06G056490|TK1151|cDNA

TTTCAAAGTTACACCCATGTACCAAATCTAACTATCTCTTAATAGATATAGAAACTGATTTTTTGTTTGAAATCTTGAAATAAATCCATATCTATTAGAAGAACAAGAGTGTGGGCTATTGTATCATAACCCCCTGCCTAATATGGAACGCTGAAAGAAGCCATGGATCCGCCGGAGTTACCTGAGTGTCCAGTCTGCCTCCAGCCCTTCGACGGCGAATCCACAACCCCACGCGTCCTCGCCTGCGGTCACTCTACCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

2460 bp · TkA06G056490|TK1151|CDS

ATGGATCCGCCGGAGTTACCTGAGTGTCCAGTCTGCCTCCAGCCCTTCGACGGCGAATCCACAACCCCACGCGTCCTCGCCTGCGGTCACTCTACCTGCGAAACATGCATGATCGACCTTCCAAAACCACCTTTCCCTCGTACTATACGCTGCCCGGCTTGTACCCAGCTTGTCCCCTACCCACCACAAGGTCCCTCCGCCCTCCCCAAAAACATCGACCTACTCCGCATCTCCTCCTCTCTTCTTCAATCAAACCCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

819 aa · TkA06G056490|TK1151|PROTEIN

MDPPELPECPVCLQPFDGESTTPRVLACGHSTCETCMIDLPKPPFPRTIRCPACTQLVPYPPQGPSALPKNIDLLRISSSLLQSNPNRLNSKPKTSIVSSPDFIPNLWSREFYCNWKPWIVPRDTVSVDMSVALDEAFLLGTVVNPDASSGEVSSRCSMEIHQKVSLFKIGSFTHSNENRFSYSCLAKAISILFKMSDGALAELTLILTSSSMEYRICTSYGLWYNEVNEHLYIVCGKKQSSLLNAIVSDIHLQDDISTF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G056490`
TK1151 ID	TkA06G056490
OH-1004 ID	LXL04_025490
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G056490

位置 Chr06:15247124-15250444 (-)

描述 Similar to lin-23: F-box/WD repeat-containing protein lin-23

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16750`	在胚胎发生过程中调节细胞分裂平面的重要蛋白，定义细胞模式，特别是前胚的纵向分裂平面，可能通过调节胚胎模式基因的表达模式实现。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025490 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0010826 negative regulation of centrosome duplication 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

GO:0061136 regulation of proteasomal protein catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ana:alr3466

cel:CELE_K10B2.1

dre:334373

dre:406825

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.558

排名 1 · TkA06G056490 · TK1151

细胞质0.371

排名 2 · TkA06G056490 · TK1151

细胞膜0.090

排名 3 · TkA06G056490 · TK1151

内质网0.052

排名 4 · TkA06G056490 · TK1151

溶酶体／液泡0.048

排名 5 · TkA06G056490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22910EDR4-like_1st4-12 aa

PF14634zf-RING_58-55 aa

PF13639zf-RING_28-54 aa

PF13923zf-C3HC4_28-54 aa

PF17123zf-RING_118-30 aa

PF13445zf-RING_UBOX9-52 aa

PF00097zf-C3HC49-54 aa

PF15227zf-C3HC4_49-54 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G056490	`PF22910`	EDR4-like_1st	4	12	8.2	6.8
TkA06G056490	`PF14634`	zf-RING_5	8	55	5.6e-06	26.9
TkA06G056490	`PF13639`	zf-RING_2	8	54	5.7e-05	24.0
TkA06G056490	`PF13923`	zf-C3HC4_2	8	54	0.012	16.1
TkA06G056490	`PF17123`	zf-RING_11	8	30	0.024	15.1
TkA06G056490	`PF13445`	zf-RING_UBOX	9	52	1.2e-06	29.1
TkA06G056490	`PF00097`	zf-C3HC4	9	54	0.0011	19.5
TkA06G056490	`PF15227`	zf-C3HC4_4	9	54	0.044	14.6
TkA06G056490	`PF21362`	Sina_RING	9	42	1.8	9.5
TkA06G056490	`PF14570`	zf-RING_4	9	55	7.0	7.2
TkA06G056490	`PF21363`	TRAF3_RING	23	46	0.28	11.7
TkA06G056490	`PF22910`	EDR4-like_1st	47	62	8.2	6.8
TkA06G056490	`PF21362`	Sina_RING	51	58	1.8	9.5
TkA06G056490	`PF21363`	TRAF3_RING	180	190	0.28	11.7
TkA06G056490	`PF00069`	Pkinase	199	279	7.4e-07	29.5
TkA06G056490	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	312	338	4.8e-10	40.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFE2`	拟南芥	sp\|Q9LFE2\|TOZ_ARATH Protein TORMOZ EMBRYO DEFECTIVE	26.400%	Swiss-Prot	低置信

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