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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G052180
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 14165873-14167361 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

672 bp · TkA06G052180|TK1151|cDNA

ATGGTAAAGACACCAAGTTTTAACAAAAATGGAGTGATCAAGAAAGGTGCATGGAGTGAAGATGAAGACAATAAGCTAAGAGCATACATCCAAAGATACGGCCATTGGAACTGGCGTTTACTTCCAGAGTTTGCTGGTTTATCTAGAAGTGGGAAGAGTTACAGGCTTAGATGGATGAATTATCTCCGCCCTAACATAAAACATGGAAACTTTACAACAGAAGAAGAAGATATCATCGTCCAGCTACATAACAAGCTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

672 bp · TkA06G052180|TK1151|CDS

ATGGTAAAGACACCAAGTTTTAACAAAAATGGAGTGATCAAGAAAGGTGCATGGAGTGAAGATGAAGACAATAAGCTAAGAGCATACATCCAAAGATACGGCCATTGGAACTGGCGTTTACTTCCAGAGTTTGCTGGTTTATCTAGAAGTGGGAAGAGTTACAGGCTTAGATGGATGAATTATCTCCGCCCTAACATAAAACATGGAAACTTTACAACAGAAGAAGAAGATATCATCGTCCAGCTACATAACAAGCTTGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

223 aa · TkA06G052180|TK1151|PROTEIN

MVKTPSFNKNGVIKKGAWSEDEDNKLRAYIQRYGHWNWRLLPEFAGLSRSGKSYRLRWMNYLRPNIKHGNFTTEEEDIIVQLHNKLGNKWSEMAAYLPGRSDNEIKNRWHTHLKKRAQVGQRVLEKEPDNANNKENSNLLSYFFNRSNSEGSVEVRPQPVEHTHNFWTEPFLWENDSIISSSDNLFLPTDLDYPAFSKDMIMVDEFLWSSLDSFLQYGDPFIN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G052180
TK1151 IDTkA06G052180
OH-1004 IDLXL04_025550
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)89.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G052180
位置Chr06:14165873-14167361 (+)
描述Similar to MYB4: Transcription factor MYB4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g16490 转录激活因子，结合 DNA 上的 AC 顺式元件 5'-ACCTACC-3'、5'-ACCAACC-3' 和 5'-ACCTAAC-3' 的启动子，并在 SND1 介导的次级细胞壁形成过程中特异性激活木质素生物合成基因。
MYB58 and MYB63 are transcriptional activators of the lignin biosynthetic pathway during secondary cell wall formation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063321
At2g31180 转录激活剂，通过影响 CBF 基因的表达来调节耐冻性。
AtMYB14 Regulates Cold Tolerance in Arabidopsis. 2013 · DOI: 10.1007/s11105-012-0481-z
At1g79180 转录激活因子，结合 DNA 上的 AC 顺式元件 5'-ACCTACC-3'、5'-ACCAACC-3' 和 5'-ACCTAAC-3' 的启动子，并在 SND1 介导的次级细胞壁形成过程中特异性激活木质素生物合成基因。
MYB58 and MYB63 are transcriptional activators of the lignin biosynthetic pathway during secondary cell wall formation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063321

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0517100 参与低温胁迫反应的转录激活因子。
Overexpression of the rice Osmyb4 gene increases chilling and freezing tolerance of Arabidopsis thaliana plants.2004 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01938.x
Supra-optimal expression of the cold-regulated OsMyb4 transcription factor in transgenic rice changes the complexity of transcriptional network with major effects on stress tolerance and panicle development.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2010.02221.x
The rice Osmyb4 gene enhances tolerance to frost and improves germination under unfavourable conditions in transgenic barley plants.2012 · DOI: 10.1007/s13353-011-0081-x
Os02g0624300 作为耐冷性的负调控因子。
The OsMYB30 Transcription Factor Suppresses Cold Tolerance by Interacting with a JAZ Protein and Suppressing β-Amylase Expression.2017 · DOI: 10.1104/pp.16.01725
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025550 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000162 L-tryptophan biosynthetic process 生物过程
GO:0002213 defense response to insect 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009759 indole glucosinolate biosynthetic process 生物过程
GO:0009909 regulation of flower development 生物过程
GO:0010438 cellular response to sulfur starvation 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G06180
ath:AT3G23250
ath:AT5G60890
dosa:Os02g0624300
dosa:Os04g0517100
osa:4330027
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.901
排名 1 · TkA06G052180 · TK1151
细胞质0.228
排名 2 · TkA06G052180 · TK1151
线粒体0.024
排名 3 · TkA06G052180 · TK1151
细胞膜0.020
排名 4 · TkA06G052180 · TK1151
内质网0.010
排名 5 · TkA06G052180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15963Myb_DNA-bind_714-34 aa
PF00249Myb_DNA-binding15-62 aa
PF13921Myb_DNA-bind_618-76 aa
PF08914Myb_Rap119-35 aa
PF25974GVIN143-126 aa
PF08914Myb_Rap152-68 aa
PF00249Myb_DNA-binding69-113 aa
PF13921Myb_DNA-bind_671-116 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G052180PF15963Myb_DNA-bind_714340.001718.8
TkA06G052180PF00249Myb_DNA-binding15622e-30105.3
TkA06G052180PF13921Myb_DNA-bind_618763.2e-2072.8
TkA06G052180PF08914Myb_Rap119353.58.8
TkA06G052180PF25974GVIN1431260.511.1
TkA06G052180PF08914Myb_Rap152683.58.8
TkA06G052180PF00249Myb_DNA-binding691132e-30105.3
TkA06G052180PF13921Myb_DNA-bind_6711163.2e-2072.8
TkA06G052180PF08914Myb_Rap1711183.58.8
TkA06G052180PF15963Myb_DNA-bind_7731290.001718.8
TkA06G052180PF25974GVIN11011530.511.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SA47拟南芥sp|Q9SA47|MYB58_ARATH Transcription factor MYB5840.300%Swiss-Prot中等置信
Q9SJX8拟南芥sp|Q9SJX8|MYB14_ARATH Transcription factor MYB1446.900%Swiss-Prot中等置信
Q6R0A6拟南芥sp|Q6R0A6|MYB63_ARATH Transcription factor MYB6364.400%Swiss-Prot低置信
Q7XBH4水稻sp|Q7XBH4|MYB4_ORYSJ Transcription factor MYB464.700%Swiss-Prot中等置信
Q6K1S6水稻sp|Q6K1S6|MYB30_ORYSJ Transcription factor MYB3063.800%Swiss-Prot中等置信

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