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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G048670
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 13198479-13203355 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3367 bp · TkA06G048670|TK1151|cDNA

ATAAAAGTTAAATGGGAAGAAGGGTGGGGTCGATAATATGCATGATATGCATTCATTTGAGTGGTTTTCCCTCTCATTGCTCAAACTAATAAGGTAGGTAGGTAGTAAAAAAGACATTTCGATTGTAGAAGTAATTTTTTTTTCTTAAAAGAAATTACATCAACTCAAGTTGAAATGTGTTTCCTGAGATCTTGAAAAACTTGAAAGCTTCTTCTCCCTCCCTCTTCCCTCATTCTCCTTTGTTTCTTCACAAATTTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2331 bp · TkA06G048670|TK1151|CDS

ATGGCGACCACAAAGCGTGCTTACAAGCTACAGGAGTTTGTAGCTCATGCTTCGAGTGTGAACTGCCTTAAAATTGGGAGGAAGTCTTCAAGAGTTCTTGTTACTGGAGGAGAAGATCACAAGGTTAATCTATGGGCGATTGGCAAACCAAATGCCATACTGAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGGGATTGATTCTGTCAGCTTTGATTCTTCTGAAGTATTAGTAGCAGCTGGAGCAGCAAGTGGTACAATTAAGTTGTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

776 aa · TkA06G048670|TK1151|PROTEIN

MATTKRAYKLQEFVAHASSVNCLKIGRKSSRVLVTGGEDHKVNLWAIGKPNAILSLSGHSSGIDSVSFDSSEVLVAAGAASGTIKLWDLEEAKIVRTLTGHRSNCISLDFHPFGEFFASGSLDTNLKIWDIRRKGCIHTYKGHTRGVNAIRFTPDGRWVVSGGEDNSVKLWDLTAGKLLHDFKHHDGQVQCIDFHPHEFLLATGSADKTVKFWDLETLELIGSAGPETSGVRCMTFNPDGRTLLCGLHESLKVFSWEPIR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G048670
TK1151 IDTkA06G048670
OH-1004 IDLXL04_025618
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G048670
位置Chr06:13198479-13203355 (+)
描述Similar to At5g23430: Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g23430 可能参与一种以ATP为依赖的方式切割微管的复合物（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At5g08390 可能参与一种以ATP为依赖的方式切割微管的复合物（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At1g61210 可能参与一种以ATP为依赖的方式切割微管的复合物（通过相似性推测）。
DWA3, an Arabidopsis DWD protein, acts as a negative regulator in ABA signal transduction.2011 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2010.10.008
At1g11160 可能参与一种以ATP为依赖的方式切割微管的复合物（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025618 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007019 microtubule depolymerization 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0051013 microtubule severing 生物过程
GO:0051510 regulation of unidimensional cell growth 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005874 microtubule 细胞组分
GO:0008352 katanin complex 细胞组分
GO:0015630 microtubule cytoskeleton 细胞组分
GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分
GO:0008017 microtubule binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11160
ath:AT1G61210
ath:AT5G08390
ath:AT5G23430
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.597
排名 1 · TkA06G048670 · TK1151
细胞核0.222
排名 2 · TkA06G048670 · TK1151
细胞膜0.167
排名 3 · TkA06G048670 · TK1151
高尔基体0.141
排名 4 · TkA06G048670 · TK1151
溶酶体／液泡0.106
排名 5 · TkA06G048670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st3-129 aa
PF23609Beta-prop_EIPR13-45 aa
PF25172Beta-prop_WDR3_2nd6-47 aa
PF25174Beta-prop_THOC38-90 aa
PF23411Beta-prop_Vps418-51 aa
PF24807WD40_CDC20-Fz9-61 aa
PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd9-71 aa
PF24780WD40_MABP1-WDR62_1st9-95 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G048670PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st31298.9e-29101.4
TkA06G048670PF23609Beta-prop_EIPR13459.9e-1245.6
TkA06G048670PF25172Beta-prop_WDR3_2nd6476.3e-30105.1
TkA06G048670PF25174Beta-prop_THOC38901.2e-52179.3
TkA06G048670PF23411Beta-prop_Vps418513.2e-0524.1
TkA06G048670PF24807WD40_CDC20-Fz9611.7e-38133.3
TkA06G048670PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd9715.1e-1865.9
TkA06G048670PF24780WD40_MABP1-WDR62_1st9952e-1351.0
TkA06G048670PF23342WDR90_beta-prop_4th9495.6e-1039.6
TkA06G048670PF23775Beta-prop_RIG_2nd9512.5e-0627.8
TkA06G048670PF00400WD4010454.4e-55182.5
TkA06G048670PF23381Beta-prop_IFT122_1st10911.4e-52179.5
TkA06G048670PF25047Beta-prop_TEP1_2nd101313.3e-2176.3
TkA06G048670PF20426NBCH_WD4010492.8e-1350.2
TkA06G048670PF25173Beta-prop_WDR3_1st111315.4e-53180.2
TkA06G048670PF25391WD40_Gbeta111355.8e-48164.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8H0T9拟南芥sp|Q8H0T9|KTN84_ARATH Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 homolog KTN80.458.500%Swiss-Prot高置信
F4KB17拟南芥sp|F4KB17|KTN83_ARATH Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 homolog KTN80.356.100%Swiss-Prot高置信
F4HTH8拟南芥sp|F4HTH8|KTN82_ARATH Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 homolog KTN80.280.700%Swiss-Prot低置信
A0A1P8AW69拟南芥sp|A0A1P8AW69|KTN81_ARATH Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 homolog KTN80.142.300%Swiss-Prot低置信

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