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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G039210
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 10555425-10558873 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2442 bp · TkA06G039210|TK1151|cDNA

TTTACATCATTACATGACAAGTATAAGAGTGTGTTGTAACTTGTAATTAAGAAAGTTGAGAAATATATTAGAGAAAGGGGAAGGAATTGGCATAAAAAAATATCTGGTGATGCAATGCGAACACGTCTTAATGCACGTGTACCAAATCGAAAGGGCATTTTTGTCATATGCTCATACCCTCACACCCTTCCCAAACAACTCTTCCAACCCCCGTTTCACAGACATCTTTTTCCACGATTCTAGAGAGAGAAGTGCGTGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1323 bp · TkA06G039210|TK1151|CDS

ATGGAGATGTCACAGTCCGATCCGGTTACTGAATGGAGCACATCCGGTGGCCAAACAGGGCTCGAAGAGCCTATGTGGCAATTAGGGTTGGGAGGTGGGTTGGATTCATACCCTCAACGGCCGGATGAAGCCGATTGTATCTATTATTTGAGGACAGGGTTTTGTGGGTACGGTTCTCGCTGTCGGTTCAACCATCCTCGTGATCGTAGTTCGGTGGTCGGAGCTATGAGGTCCACCGGAGGAGAATACCCAGAACGGAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

440 aa · TkA06G039210|TK1151|PROTEIN

MEMSQSDPVTEWSTSGGQTGLEEPMWQLGLGGGLDSYPQRPDEADCIYYLRTGFCGYGSRCRFNHPRDRSSVVGAMRSTGGEYPERIGQPVCQYYMRTGMCKFGASCKYHHPRHGIGSSNQVSLNMSGYPLRPGEKECSYYVKTGQCKFGVTCKFHHPQPVGITPPPPPPPPPDQSSMASVMQSPVASSQQYGVYSGNWQLPVARPPPPPLLPGSYLAGTYGPPMILAPGMVPFPGWNPYHESVNQNTNVGAGSIYTMAP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G039210
TK1151 IDTkA06G039210
OH-1004 IDLXL04_025985
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G039210
位置Chr06:10555425-10558873 (-)
描述Similar to At2g47850: Zinc finger CCCH domain-containing protein 32
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g06410 含锌指CCCH结构域蛋白34。 暂无已核实直接文献
At2g47850 含锌指CCCH结构域的蛋白32。 暂无已核实直接文献
At5g18550 含锌指 CCCH 域蛋白 58。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0257400 含锌指CCCH结构域蛋白5。 暂无已核实直接文献
Os01g0258700 含锌指CCCH结构域蛋白6。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025985 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G47850
ath:AT3G06410
ath:AT5G18550
dosa:Os01g0257400
dosa:Os01g0258700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.847
排名 1 · TkA06G039210 · TK1151
细胞质0.209
排名 2 · TkA06G039210 · TK1151
细胞膜0.034
排名 3 · TkA06G039210 · TK1151
内质网0.022
排名 4 · TkA06G039210 · TK1151
高尔基体0.014
排名 5 · TkA06G039210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00642zf-CCCH42-67 aa
PF16131Torus42-65 aa
PF25585zf-CCCH_DUS3L44-65 aa
PF14608zf-CCCH_245-66 aa
PF29102Su_sable_N45-67 aa
PF18345zf_CCCH_446-65 aa
PF18044zf-CCCH_448-66 aa
PF30063Metallothionein55-61 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G039210PF00642zf-CCCH42674.6e-47157.8
TkA06G039210PF16131Torus42651.4e-0629.5
TkA06G039210PF25585zf-CCCH_DUS3L44654.3e-1246.5
TkA06G039210PF14608zf-CCCH_245666.2e-1968.4
TkA06G039210PF29102Su_sable_N45673.48.8
TkA06G039210PF18345zf_CCCH_446654.3e-2071.8
TkA06G039210PF18044zf-CCCH_448662.2e-1763.1
TkA06G039210PF30063Metallothionein55610.4411.6
TkA06G039210PF16131Torus881111.4e-0629.5
TkA06G039210PF00642zf-CCCH891134.6e-47157.8
TkA06G039210PF30063Metallothionein891090.4411.6
TkA06G039210PF18044zf-CCCH_4901122.2e-1763.1
TkA06G039210PF18345zf_CCCH_4921114.3e-2071.8
TkA06G039210PF14608zf-CCCH_2921126.2e-1968.4
TkA06G039210PF29102Su_sable_N921123.48.8
TkA06G039210PF20992CBP66_2nd951110.003817.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SQU4拟南芥sp|Q9SQU4|C3H34_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 3456.400%Swiss-Prot高置信
Q84W91拟南芥sp|Q84W91|C3H32_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 3258.700%Swiss-Prot高置信
Q6NPN3拟南芥sp|Q6NPN3|C3H58_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 5857.700%Swiss-Prot高置信
Q5NAV3水稻sp|Q5NAV3|C3H5_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 557.500%Swiss-Prot高置信
Q5NAW2水稻sp|Q5NAW2|C3H6_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 654.200%Swiss-Prot高置信

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