TkA06G028960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G028960

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 7808009-7811991 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3224 bp · TkA06G028960|TK1151|cDNA

GCACCACGCGTTCTTATGATGACTCGTGATCTTCATCTTCTTCCTTATTCTCCGATGTTAACCATAATTCGTTTTTTTCCTCATCAAAATTTTCCCAATTTCCAGAAACCCTCCTCTAAATTCACTTCACGAAATCGATACCCTAAACCCCATAATCGATAACATTCTTTTGTCATTGTAAAGCTGGAGCAGTTGAAGACGATCGGCAGGGAGCTCGCAATGGGCTCCCAGGGTGGCTTCGGTCAGTCCAAGGAGTTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2685 bp · TkA06G028960|TK1151|CDS

ATGGGCTCCCAGGGTGGCTTCGGTCAGTCCAAGGAGTTTCTAGACCTCGTTAAATCAATCGGAGAATCCCGATCGAAAGCTGAAGAAGACCGCATTGTCCTTCACGAGATCGAAACCCTAAAACGTCGAATCACCGAGCCCGATATCCCCAAACGGAAGATGAAAGAGTACATAATTCGTCTTGTATACATTGAGATGCTCGGGCACGACGCCTCTTTTGGGTACATTCATGCCGTTAAGATGACCCATGACGAGTCCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

894 aa · TkA06G028960|TK1151|PROTEIN

MGSQGGFGQSKEFLDLVKSIGESRSKAEEDRIVLHEIETLKRRITEPDIPKRKMKEYIIRLVYIEMLGHDASFGYIHAVKMTHDESLLLKRTGYLAVTLFLNEDHDLIILIVNTIQKDLKSDNYLVVCAALNAVCKLINEETIPAVLQQVVELLGHPKESVRKKAIMALHRFYQRSPSSVNHLVSNFRKKLCDNDPGVMGATLCPLFDLILIDINSHKDLVASFVSILKQVAERRLPKSYDYHQTPAPFIQIKLLKILAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G028960`
TK1151 ID	TkA06G028960
OH-1004 ID	LXL04_029265
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	72.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.888 / OH-1004 93.054 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G028960

位置 Chr06:7808009-7811991 (+)

描述 Similar to At1g31730: AP-4 complex subunit epsilon

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g31730`	新型网格蛋白或非网格蛋白衣壳的亚基，参与将蛋白质从反式高尔基体网络（TGN）定向到内体-溶酶体系统。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029265 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006605 protein targeting 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006895 Golgi to endosome transport 生物过程

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0008104 intracellular protein localization 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005905 clathrin-coated pit 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31730

ddi:DDB_G0280427

ddi:DDB_G0281957

hsa:23431

mmu:108011

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.572

排名 1 · TkA06G028960 · TK1151

高尔基体0.330

排名 2 · TkA06G028960 · TK1151

细胞膜0.182

排名 3 · TkA06G028960 · TK1151

细胞核0.160

排名 4 · TkA06G028960 · TK1151

溶酶体／液泡0.143

排名 5 · TkA06G028960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01602Adaptin_N42-583 aa

PF26715HEAT_GCN1_295-152 aa

PF11698V-ATPase_H_C100-172 aa

PF23271HEAT_GCN1107-188 aa

PF25786HEAT_GCN1_C109-188 aa

PF22956PIK3R4-like_middle110-174 aa

PF02985HEAT111-138 aa

PF12717Cnd1111-176 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G028960	`PF01602`	Adaptin_N	42	583	2.2e-83	281.4
TkA06G028960	`PF26715`	HEAT_GCN1_2	95	152	0.028	15.1
TkA06G028960	`PF11698`	V-ATPase_H_C	100	172	0.12	13.3
TkA06G028960	`PF23271`	HEAT_GCN1	107	188	0.00055	20.8
TkA06G028960	`PF25786`	HEAT_GCN1_C	109	188	0.0006	20.6
TkA06G028960	`PF22956`	PIK3R4-like_middle	110	174	0.00013	21.6
TkA06G028960	`PF02985`	HEAT	111	138	5.8e-09	36.1
TkA06G028960	`PF12717`	Cnd1	111	176	4.5e-07	30.8
TkA06G028960	`PF12719`	Cnd3	111	166	0.013	15.4
TkA06G028960	`PF22928`	INTS1_R4	115	210	5.7e-09	36.6
TkA06G028960	`PF12755`	Vac14_Fab1_bd	117	165	0.067	14.5
TkA06G028960	`PF13646`	HEAT_2	119	188	1.5e-08	35.5
TkA06G028960	`PF08713`	DNA_alkylation	119	181	0.01	16.2
TkA06G028960	`PF24714`	TOR1L1_N	121	209	0.012	15.7
TkA06G028960	`PF20168`	PDS5	127	179	0.00066	18.3
TkA06G028960	`PF12717`	Cnd1	128	274	4.5e-07	30.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7A9`	拟南芥	sp\|Q8L7A9\|AP4E_ARATH AP-4 complex subunit epsilon	67.800%	Swiss-Prot	高置信

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