TkA06G023260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G023260

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 6375611-6378774 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1852 bp · TkA06G023260|TK1151|cDNA

AGACACAACACATATGCTGCTTAAAATACATCTCCTTTCTCTTGTCAACAAACAAGTTCTCCATCTAGTTGTTGATCAAGAAATCTTGAATGTGAACTGTGAAGCACGAGATGAAGATCGATAGATTTAACAAGAAAGCTCGTGCTTTCATGGAGAAGACGAAAAGATATCCAGGCATTATATGCCGGAAAGTATGGAAAGTCGGCCGAGATGATCCGAGAAGAGCAATCCATGCTCTGAAAGTAGGATTTTCGTTAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1524 bp · TkA06G023260|TK1151|CDS

ATGAAGATCGATAGATTTAACAAGAAAGCTCGTGCTTTCATGGAGAAGACGAAAAGATATCCAGGCATTATATGCCGGAAAGTATGGAAAGTCGGCCGAGATGATCCGAGAAGAGCAATCCATGCTCTGAAAGTAGGATTTTCGTTAACTTTAGTCTCTTTGTTATACCTAATGGAGCCATTGTTCAAAGGGGTCGGTGAAAATGCGATTTGGGCAGTCATGACTGTCGTCGTTGTTCTCGAATTCACTGCTGGGGCGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

507 aa · TkA06G023260|TK1151|PROTEIN

MKIDRFNKKARAFMEKTKRYPGIICRKVWKVGRDDPRRAIHALKVGFSLTLVSLLYLMEPLFKGVGENAIWAVMTVVVVLEFTAGATLCKGINRGFGTLLAASLAFIFEFIAREYGKVFRAVFIGASIFFIGTSTTYLRFFPKIKKNYDYGVMIFLLTFNLITVSSYRVDDILKLAKGRTYMIGIGSGICILMSIFIFPNWSGEDLHNNTVSKIEGLAISIQACVAKYFNEEEPNLEIDDTKEDPIYQNYRAVLDSKSTD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G023260`
TK1151 ID	TkA06G023260
OH-1004 ID	LXL04_026170
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.606 / OH-1004 81.320 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G023260

位置 Chr06:6375611-6378774 (-)

描述 Similar to ALMT12: Aluminum-activated malate transporter 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g46610`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g17970`	苹果酸敏感阴离子转运蛋白，可渗透氯离子、硝酸根、硫酸根和苹果酸。	Closing plant stomata requires a homolog of an aluminum-activated malate transporter.2010 · DOI: 10.1093/pcp/pcq016 AtALMT12 represents an R-type anion channel required for stomatal movement in Arabidopsis guard cells.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04302.x
`At5g46600`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g00910`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g11680`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026170 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0034220 monoatomic ion transmembrane transport 生物过程

GO:1902358 sulfate transmembrane transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0012505 endomembrane system 细胞组分

GO:0008509 monoatomic anion transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08440

ath:AT4G17970

ath:AT5G46600

ath:AT5G46610

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.859

排名 1 · TkA06G023260 · TK1151

内质网0.107

排名 2 · TkA06G023260 · TK1151

细胞质0.058

排名 3 · TkA06G023260 · TK1151

细胞核0.034

排名 4 · TkA06G023260 · TK1151

溶酶体／液泡0.030

排名 5 · TkA06G023260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11744ALMT29-471 aa

PF04756OST3_OST647-86 aa

PF13515FUSC_267-192 aa

PF04632FUSC68-111 aa

PF11833CPP1-like74-134 aa

PF04756OST3_OST6142-193 aa

PF10337ArAE_2_N183-239 aa

PF04632FUSC335-367 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G023260	`PF11744`	ALMT	29	471	7.8e-157	523.7
TkA06G023260	`PF04756`	OST3_OST6	47	86	0.54	10.3
TkA06G023260	`PF13515`	FUSC_2	67	192	4.8e-11	43.6
TkA06G023260	`PF04632`	FUSC	68	111	0.0002	20.9
TkA06G023260	`PF11833`	CPP1-like	74	134	0.12	12.7
TkA06G023260	`PF04756`	OST3_OST6	142	193	0.54	10.3
TkA06G023260	`PF10337`	ArAE_2_N	183	239	0.017	14.9
TkA06G023260	`PF04632`	FUSC	335	367	0.0002	20.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LS22`	拟南芥	sp\|Q9LS22\|ALMTE_ARATH Aluminum-activated malate transporter 14	59.600%	Swiss-Prot	高置信
`O49696`	拟南芥	sp\|O49696\|ALMTC_ARATH Aluminum-activated malate transporter 12	57.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LS23`	拟南芥	sp\|Q9LS23\|ALMTD_ARATH Aluminum-activated malate transporter 13	55.400%	Swiss-Prot	高置信
`O23086`	拟南芥	sp\|O23086\|ALMTA_ARATH Aluminum-activated malate transporter 10	34.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SRM9`	拟南芥	sp\|Q9SRM9\|ALMT8_ARATH Aluminum-activated malate transporter 8	40.000%	Swiss-Prot	中等置信

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