TkA06G023230 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G023230

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 6362141-6366983 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

990 bp · TkA06G023230|TK1151|cDNA

CCAAAATTCTCCCCCTTCATCTTTCCAAAATGGCATTTTCGCTTCAAATTCTCTTCATAGTTTCTGCATTGATATTTTCTTTGATAAATCCTGCCACATCAGATAGCCCTTTCATCCATTCTCGAGCAGCATACTATCCAGATTCTGATGAAAAAGGATCCGATAAAGGAAGATGTGGATATGGTTCATTTGGAGCAACAATTAACAATGGATATGTGGCAGATGCATCTGATCTTTACAGAGATGGTGTAGGTTGTGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

762 bp · TkA06G023230|TK1151|CDS

ATGGCATTTTCGCTTCAAATTCTCTTCATAGTTTCTGCATTGATATTTTCTTTGATAAATCCTGCCACATCAGATAGCCCTTTCATCCATTCTCGAGCAGCATACTATCCAGATTCTGATGAAAAAGGATCCGATAAAGGAAGATGTGGATATGGTTCATTTGGAGCAACAATTAACAATGGATATGTGGCAGATGCATCTGATCTTTACAGAGATGGTGTAGGTTGTGGTGCTTGCTACCAGGTGAGGTGCACCAACAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

253 aa · TkA06G023230|TK1151|PROTEIN

MAFSLQILFIVSALIFSLINPATSDSPFIHSRAAYYPDSDEKGSDKGRCGYGSFGATINNGYVADASDLYRDGVGCGACYQVRCTNSKDCSNEGVNIVITDQGSSDRTDFIMSKKAFRKMAQSPYSETSLLSQGIVDIEYRRVSCNYPKNNITIKIDESSDYPYYLAFVIWYQQGQKDITAVQLCETKNFVCKLLDRSYGSVFTTTSPPSGSLSLRMLFSGEDGDEKWVVPVNIIPDNWRKGDIYDTVVQVTE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G023230`
TK1151 ID	TkA06G023230
OH-1004 ID	LXL04_026173
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.605 / OH-1004 53.277 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G023230

位置 Chr06:6362141-6366983 (-)

描述 Similar to EXLB1: Expansin-like B1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g17030`	类扩展蛋白 B1。	暂无已核实直接文献
`At4g38400`	类膨胀素 A2。	暂无已核实直接文献
`At3g45960`	类膨胀蛋白 A3。	暂无已核实直接文献
`At3g45970`	类Expansin A1。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0496250`	类扩展蛋白 B1。	暂无已核实直接文献
`Os03g0132200`	类Expansin A1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026173 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009653 anatomical structure morphogenesis 生物过程

GO:0009828 plant-type cell wall loosening 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G17030

dosa:Os03g0132200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.493

排名 1 · TkA06G023230 · TK1151

溶酶体／液泡0.126

排名 2 · TkA06G023230 · TK1151

细胞质0.109

排名 3 · TkA06G023230 · TK1151

内质网0.105

排名 4 · TkA06G023230 · TK1151

细胞膜0.090

排名 5 · TkA06G023230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29515Expansin_N6-125 aa

PF03330DPBB_168-140 aa

PF01357Expansin_C152-236 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G023230	`PF29515`	Expansin_N	6	125	2.4e-09	38.1
TkA06G023230	`PF03330`	DPBB_1	68	140	1e-12	48.8
TkA06G023230	`PF01357`	Expansin_C	152	236	5.4e-13	49.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23547`	拟南芥	sp\|O23547\|EXLB1_ARATH Expansin-like B1	43.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SVE5`	拟南芥	sp\|Q9SVE5\|EXLA2_ARATH Expansin-like A2	37.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LZT5`	拟南芥	sp\|Q9LZT5\|EXLA3_ARATH Expansin-like A3	38.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LZT4`	拟南芥	sp\|Q9LZT4\|EXLA1_ARATH Expansin-like A1	38.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q850K7`	水稻	sp\|Q850K7\|EXLB1_ORYSJ Expansin-like B1	59.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q10S70`	水稻	sp\|Q10S70\|EXLA1_ORYSJ Expansin-like A1	41.500%	Swiss-Prot	中等置信

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