TkA06G021030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G021030

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 5736217-5737960 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1146 bp · TkA06G021030|TK1151|cDNA

CTCCATGTTAAACATTGTAATGACAATATTTCATGTGGTTTTCTTTGGATTCATATCATTATAATTGCGGGCATATGCTACGGGAACACAGAAAACTTAATCCAGCCTAAAAGCTTTGCTCCTTATGGTGTCAAAGGCATTATTGATGGAGCAGCCATTGTTTATTTTAGCTACATCGGTTATGATTCAGTCTCAACAATGGCTGAAGAGATTCAGAACCCATCAAAGAGCCTTCCATTGGGCATAATTGGTTCAGTCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1146 bp · TkA06G021030|TK1151|CDS

CTCCATGTTAAACATTGTAATGACAATATTTCATGTGGTTTTCTTTGGATTCATATCATTATAATTGCGGGCATATGCTACGGGAACACAGAAAACTTAATCCAGCCTAAAAGCTTTGCTCCTTATGGTGTCAAAGGCATTATTGATGGAGCAGCCATTGTTTATTTTAGCTACATCGGTTATGATTCAGTCTCAACAATGGCTGAAGAGATTCAGAACCCATCAAAGAGCCTTCCATTGGGCATAATTGGTTCAGTCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

381 aa · TkA06G021030|TK1151|PROTEIN

LHVKHCNDNISCGFLWIHIIIIAGICYGNTENLIQPKSFAPYGVKGIIDGAAIVYFSYIGYDSVSTMAEEIQNPSKSLPLGIIGSVLIVSVLYCLMALSLCLMVPYNKISSSASFSIAFQNIGWKWASNIVGAGATLGIVASLLVAMLGQARYLCVIGRARLVPSWFAKVHPTTGTPQNATIFLGFCQASIALFTELNIVLEMISIGTLMVFYLVANALIYHRYAINTSNPPIYTLVFLLLLSSASIGFSISWNLNHQPR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G021030`
TK1151 ID	TkA06G021030
OH-1004 ID	LXL04_026216
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.013 / OH-1004 61.046 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G021030

位置 Chr06:5736217-5737960 (-)

描述 Similar to CAT6: Cationic amino acid transporter 6, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g04770`	渗透酶参与阳离子中性或酸性氨基酸的转运。	Molecular and functional characterization of a family of amino acid transporters from Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.045278
`At3g10600`	参与阳离子氨基酸运输的渗透酶。	暂无已核实直接文献
`At4g21120`	高亲和力渗透蛋白，参与阳离子氨基酸（如精氨酸、赖氨酸、组氨酸、瓜氨酸、缬氨酸和谷氨酸）的转运。	暂无已核实直接文献
`At1g17120`	渗透酶参与阳离子中性或酸性氨基酸的转运。	Molecular and functional characterization of a family of amino acid transporters from Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.045278
`At2g34960`	高亲和力通透酶，可转运阳离子氨基酸精氨酸，也能以较低程度转运瓜氨酸和谷氨酸。	Molecular and functional characterization of a family of amino acid transporters from Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.045278

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026216 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006865 amino acid transport 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0015171 amino acid transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17120

ath:AT2G34960

ath:AT3G10600

ath:AT4G21120

ath:AT5G04770

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.425

排名 1 · TkA06G021030 · TK1151

细胞膜0.327

排名 2 · TkA06G021030 · TK1151

细胞质0.152

排名 3 · TkA06G021030 · TK1151

内质网0.131

排名 4 · TkA06G021030 · TK1151

高尔基体0.100

排名 5 · TkA06G021030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13520AA_permease_214-251 aa

PF00324AA_permease14-230 aa

PF13906AA_permease_C16-28 aa

PF13906AA_permease_C53-61 aa

PF09842DUF206984-95 aa

PF05297Herpes_LMP1171-339 aa

PF09842DUF2069186-223 aa

PF13906AA_permease_C210-227 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G021030	`PF13520`	AA_permease_2	14	251	6.5e-30	105.1
TkA06G021030	`PF00324`	AA_permease	14	230	2.4e-20	73.4
TkA06G021030	`PF13906`	AA_permease_C	16	28	1.8e-12	47.9
TkA06G021030	`PF13906`	AA_permease_C	53	61	1.8e-12	47.9
TkA06G021030	`PF09842`	DUF2069	84	95	0.0047	17.7
TkA06G021030	`PF05297`	Herpes_LMP1	171	339	7.9	6.3
TkA06G021030	`PF09842`	DUF2069	186	223	0.0047	17.7
TkA06G021030	`PF13906`	AA_permease_C	210	227	1.8e-12	47.9
TkA06G021030	`PF09842`	DUF2069	245	270	0.0047	17.7
TkA06G021030	`PF00324`	AA_permease	265	313	2.4e-20	73.4
TkA06G021030	`PF13906`	AA_permease_C	266	279	1.8e-12	47.9
TkA06G021030	`PF13906`	AA_permease_C	294	343	1.8e-12	47.9
TkA06G021030	`PF09842`	DUF2069	294	349	0.0047	17.7
TkA06G021030	`PF13520`	AA_permease_2	297	313	6.5e-30	105.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LZ20`	拟南芥	sp\|Q9LZ20\|CAAT6_ARATH Cationic amino acid transporter 6, chloroplastic	49.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SQZ0`	拟南芥	sp\|Q9SQZ0\|CAAT7_ARATH Cationic amino acid transporter 7, chloroplastic	48.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84MA5`	拟南芥	sp\|Q84MA5\|CAAT1_ARATH Cationic amino acid transporter 1	38.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SHH0`	拟南芥	sp\|Q9SHH0\|CAAT8_ARATH Cationic amino acid transporter 8, vacuolar	39.800%	Swiss-Prot	中等置信
`O64759`	拟南芥	sp\|O64759\|CAAT5_ARATH Cationic amino acid transporter 5	39.100%	Swiss-Prot	中等置信

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