TkA06G015950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G015950

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 4307569-4310010 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1932 bp · TkA06G015950|TK1151|cDNA

TTATTATTACCTTCTGTGGTCCTCTAAGATTTAGATATCCATGATAGCTACATACCTTTTTCCTAATACCTCATTTTCTTTATATTCCATTCTTCTTCCTTCATACGCCATAAATTGTTGACATTTCAGATTACAGGCCCCTATTTTCTTGCTTTTATTCATTTTTAATGCTAATAATATTACATTAATACACCATGTCCGCAGTTTAGTTGATCTAACATCACCAGATTTCATACGCCATAAATTGTTGACATTTCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

876 bp · TkA06G015950|TK1151|CDS

ATGGAGACTATCAATAGATCATTACCAGTAGATGATCTTCATCCACCTTCAAACTATGATGATATCTTCATGAAACGCAGCTTGGTATTCGCTGATAGTCTCAAGGATTTGAGGAATATAAGAAAGCAGTTGTACTCAGCTGCAGAGTTTTTCGAAGATTCATATCACAAATCTGATCACGATCAATTATTGGTAGAAAGCTTGAAAGAGTATGTGTCAAAAGCTATAGTTAGCACAATCGACCATTTAGGCTCTGTGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

291 aa · TkA06G015950|TK1151|PROTEIN

METINRSLPVDDLHPPSNYDDIFMKRSLVFADSLKDLRNIRKQLYSAAEFFEDSYHKSDHDQLLVESLKEYVSKAIVSTIDHLGSVGSKVNMFLDENLNEVSEANLRLLCIQQRLQTCQTYSDHDGHLQQSLMIQIPKYHKQYRLPDGSFSEAVQAEKGKEELSSLRRGDMERASTEFQSGSVPFSFAKSESNKGLEKRSRSMSPSRFRIKRSGSAATRSAIMSSPVVSYGSVVQRSISPNTQQHPLEARRSQPSLYPER...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G015950`
TK1151 ID	TkA06G015950
OH-1004 ID	LXL04_026295
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G015950

位置 Chr06:4307569-4310010 (+)

描述 Similar to ABIL2: Protein ABIL2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g49290`	参与调节肌动蛋白和微管组织。	暂无已核实直接文献
`At5g24310`	参与调节肌动蛋白和微管组织。	暂无已核实直接文献
`At5g42030`	参与调节肌动蛋白和微管组织。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0236400`	参与调节肌动蛋白和微管组织。	暂无已核实直接文献
`Os01g0551800`	参与调节肌动蛋白和微管组织。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026295 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0015630 microtubule cytoskeleton 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G49290

ath:AT5G24310

ath:AT5G42030

dosa:Os01g0236400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.553

排名 1 · TkA06G015950 · TK1151

细胞核0.375

排名 2 · TkA06G015950 · TK1151

细胞膜0.157

排名 3 · TkA06G015950 · TK1151

内质网0.050

排名 4 · TkA06G015950 · TK1151

溶酶体／液泡0.046

排名 5 · TkA06G015950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07957DUF329411-115 aa

PF27594ABI30-96 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G015950	`PF07957`	DUF3294	11	115	0.0095	16.4
TkA06G015950	`PF27594`	ABI	30	96	4.2e-11	43.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M3A3`	拟南芥	sp\|Q9M3A3\|ABIL2_ARATH Protein ABIL2	44.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6NMC6`	拟南芥	sp\|Q6NMC6\|ABIL3_ARATH Protein ABIL3	39.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FHY1`	拟南芥	sp\|Q9FHY1\|ABIL4_ARATH Protein ABIL4	40.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5NB83`	水稻	sp\|Q5NB83\|ABIL3_ORYSJ Probable protein ABIL3	35.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5JKN2`	水稻	sp\|Q5JKN2\|ABIL2_ORYSJ Putative protein ABIL2	34.100%	Swiss-Prot	中等置信

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