TkA06G014730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G014730

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 3944087-3944957 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

459 bp · TkA06G014730|TK1151|cDNA

ATGGAGAATTTGATAAGTTTAGTGAACAAACTACAAAGAGCATGCACAGCATTAGGCGATCACGGAGACGCCACATCATTGCCCACTCTCTGGGACTCTTTGCCCTCCATTGCCGTTGTTGGTGGTCAGAGTTCAGGGAAATCTTCAGTTTTAGAGAGTATTGTCGGCAAAGACTTTTTGCCACGAGGATCAGGAATCGTTACTAGGCGCCCATTGGTTTTGCAGCTTCATAAAATAGACGAAGGGAAAGAATACGCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

459 bp · TkA06G014730|TK1151|CDS

ATGGAGAATTTGATAAGTTTAGTGAACAAACTACAAAGAGCATGCACAGCATTAGGCGATCACGGAGACGCCACATCATTGCCCACTCTCTGGGACTCTTTGCCCTCCATTGCCGTTGTTGGTGGTCAGAGTTCAGGGAAATCTTCAGTTTTAGAGAGTATTGTCGGCAAAGACTTTTTGCCACGAGGATCAGGAATCGTTACTAGGCGCCCATTGGTTTTGCAGCTTCATAAAATAGACGAAGGGAAAGAATACGCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

152 aa · TkA06G014730|TK1151|PROTEIN

MENLISLVNKLQRACTALGDHGDATSLPTLWDSLPSIAVVGGQSSGKSSVLESIVGKDFLPRGSGIVTRRPLVLQLHKIDEGKEYAEFLHLRSKKFYDFVAVRKEISDETDRETGQTKQISSVPIHLSIYSPNVVNLTLVDLPGLTKVAVGK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G014730`
TK1151 ID	TkA06G014730
OH-1004 ID	LXL04_026321
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.684 / OH-1004 28.090 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G014730

位置 Chr06:3944087-3944957 (+)

描述 Similar to Dynamin-related protein 5A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g42080`	微管相关的产力蛋白，在胞质分裂过程中靶向形成细胞板的前缘。	The arabidopsis cell plate-associated dynamin-like protein, ADL1Ap, is required for multiple stages of plant growth and development.2001 · DOI: 10.1104/pp.126.1.47 Members of the Arabidopsis dynamin-like gene family, ADL1, are essential for plant cytokinesis and polarized cell growth.2003 · DOI: 10.1105/tpc.009670 Phragmoplastin dynamics: multiple forms, microtubule association and their roles in cell plate formation in plants.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000006936.50532.3a DRP1A is responsible for vascular continuity synergistically working with VAN3 in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.061689 Arabidopsis dynamin-like protein DRP1A: a null mutant with widespread defects in endocytosis, cellulose synthesis, cytokinesis, and cell expansion.2008 · DOI: 10.1093/jxb/erm324 Comparison of the dynamics and functional redundancy of the Arabidopsis dynamin-related isoforms DRP1A and DRP1C during plant development.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.116863 Arabidopsis dynamin-related protein DRP2B is co-localized with DRP1A on the leading edge of the forming cell plate.2008 · DOI: 10.1007/s00299-008-0583-0 Arabidopsis dynamin-related protein 1A polymers bind, but do not tubulate, liposomes.2010 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2010.02.070 Arabidopsis dynamin-related proteins DRP2B and DRP1A participate together in clathrin-coated vesicle formation during endocytosis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0913562107 High lipid order of Arabidopsis cell-plate membranes mediated by sterol and DYNAMIN-RELATED PROTEIN1A function.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12674 Arabidopsis D6PK is a lipid domain-dependent mediator of root epidermal planar polarity.2015 · DOI: 10.1038/nplants.2015.162 DRP1-Dependent Endocytosis is Essential for Polar Localization and Boron-Induced Degradation of the Borate Transporter BOR1 in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1093/pcp/pcw121 SH3 Domain-Containing Protein 2 Plays a Crucial Role at the Step of Membrane Tubulation during Cell Plate Formation.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00108
`At3g61760`	微管相关的产生力蛋白，在细胞分裂期间定位于新形成细胞板的前沿。	暂无已核实直接文献
`At3g60190`	微管相关的产生力蛋白，在细胞分裂过程中定位于形成中的细胞板的管-泡网络。	Members of the Arabidopsis dynamin-like gene family, ADL1, are essential for plant cytokinesis and polarized cell growth.2003 · DOI: 10.1105/tpc.009670 Phragmoplastin dynamics: multiple forms, microtubule association and their roles in cell plate formation in plants.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000006936.50532.3a

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026321 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009920 cell plate formation involved in plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010036 response to boron-containing substance 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0030100 regulation of endocytosis 生物过程

GO:0048480 stigma development 生物过程

GO:0048766 root hair initiation 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G60190

ath:AT3G61760

ath:AT5G42080

gmx:100037461

gmx:547855

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.543

排名 1 · TkA06G014730 · TK1151

细胞核0.418

排名 2 · TkA06G014730 · TK1151

细胞外0.076

排名 3 · TkA06G014730 · TK1151

细胞膜0.067

排名 4 · TkA06G014730 · TK1151

内质网0.063

排名 5 · TkA06G014730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20693YobI-ATPase35-55 aa

PF00350Dynamin_N37-151 aa

PF01926MMR_HSR137-146 aa

PF25683URGCP_GTPase37-79 aa

PF13521AAA_2837-53 aa

PF13304AAA_2138-97 aa

PF00009GTP_EFTU77-144 aa

PF13521AAA_2882-110 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G014730	`PF20693`	YobI-ATPase	35	55	0.26	11.5
TkA06G014730	`PF00350`	Dynamin_N	37	151	5.4e-37	128.1
TkA06G014730	`PF01926`	MMR_HSR1	37	146	0.00024	21.9
TkA06G014730	`PF25683`	URGCP_GTPase	37	79	0.075	12.5
TkA06G014730	`PF13521`	AAA_28	37	53	0.32	11.9
TkA06G014730	`PF13304`	AAA_21	38	97	0.13	12.9
TkA06G014730	`PF00009`	GTP_EFTU	77	144	0.19	12.0
TkA06G014730	`PF13521`	AAA_28	82	110	0.32	11.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P42697`	拟南芥	sp\|P42697\|DRP1A_ARATH Phragmoplastin DRP1A	88.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q84XF3`	拟南芥	sp\|Q84XF3\|DRP1B_ARATH Phragmoplastin DRP1B	85.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FNX5`	拟南芥	sp\|Q9FNX5\|DRP1E_ARATH Phragmoplastin DRP1E	76.000%	Swiss-Prot	高置信

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