TkA06G010730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G010730

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 2767964-2776650 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6004 bp · TkA06G010730|TK1151|cDNA

GTAAATTGTTTCAACTTCAGGTCTTGAAGTAACAAAGTCTTCGTTTACCGCAAACCTAAAACCAACGAGCAAACTGCCGATCACGAGAGAAAGAAAACGAAGCGAAAACCACACAACACTCTTCGACCCGCACCTTTTTCTTTGTCTTCAGCCATCTTCTCACTCTAAAGTTGCTCAATTTGAAGCATGCACAGAGGCATAAACTGACTTCGGCATTGAACAAAGAAAAGAATCTTATGGTTTGAAGATTGATTAAATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

5508 bp · TkA06G010730|TK1151|CDS

ATGGGTAAAAGTAGACCTAGGGCTGCAGAAAAGAGGGTTTTAGGGCAAGGGTCAATTGTGTTAACATCAGCCTCATCGTTAGCTATACCACCTGCACCTGTTTACACTCCTACCGAAGAGGAGTTTAAGGACCCATTAGCATATATTTATAAAATCAGACCAGAAGCTGAGTCATATGGGATCTGTAAAATAATTCCTCCAAAGAATTGGAAACCCCCTTTTGCCCTAGATTTGAATACGTTTACATTTCCCACAAAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1835 aa · TkA06G010730|TK1151|PROTEIN

MGKSRPRAAEKRVLGQGSIVLTSASSLAIPPAPVYTPTEEEFKDPLAYIYKIRPEAESYGICKIIPPKNWKPPFALDLNTFTFPTKTQAIHQLQARPPACNSKTFELEYNRFLEDQCGKKAVKKKVVFEGKELDLCKLFNGVKRFGGYDNVVKEKKWGEVFRFVRSGGKISACSKYVLCQLYKEHLYDYENYYSKLDQVKEKSSKRGLQSDKKTGNQSSKRSRINEAGENIKKVKEEEYDQICEQCRSGLHAEVMLLCDR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G010730`
TK1151 ID	TkA06G010730
OH-1004 ID	LXL04_026451
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G010730

位置 Chr06:2767964-2776650 (+)

描述 Similar to Kdm5a: Lysine-specific demethylase 5A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g63490`	作为组蛋白 H3 'Lys-4' 去甲基酶发挥作用，参与基因表达的调节。	Arabidopsis histone H3K4 demethylase JMJ17 functions in dehydration stress response.2019 · DOI: 10.1111/nph.15874

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026451 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0008340 determination of adult lifespan 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G63490

cel:CELE_ZK593.4

hsa:5927

mmu:214899

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.858

排名 1 · TkA06G010730 · TK1151

细胞质0.183

排名 2 · TkA06G010730 · TK1151

细胞膜0.033

排名 3 · TkA06G010730 · TK1151

线粒体0.020

排名 4 · TkA06G010730 · TK1151

内质网0.017

排名 5 · TkA06G010730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02375JmjN33-66 aa

PF01388ARID103-190 aa

PF13771zf-HC5HC2H221-270 aa

PF13832zf-HC5HC2H_2229-270 aa

PF23011PHD-1st_NSD240-287 aa

PF00628PHD243-287 aa

PF23004PHDvar_NSD243-277 aa

PF30811PHD_UBR7-like252-290 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G010730	`PF02375`	JmjN	33	66	7.7e-17	61.5
TkA06G010730	`PF01388`	ARID	103	190	1e-12	49.0
TkA06G010730	`PF13771`	zf-HC5HC2H	221	270	0.39	11.6
TkA06G010730	`PF13832`	zf-HC5HC2H_2	229	270	2.0	9.4
TkA06G010730	`PF23011`	PHD-1st_NSD	240	287	0.0092	16.8
TkA06G010730	`PF00628`	PHD	243	287	1.5e-16	60.9
TkA06G010730	`PF23004`	PHDvar_NSD	243	277	6.3	7.6
TkA06G010730	`PF30811`	PHD_UBR7-like	252	290	0.0013	19.4
TkA06G010730	`PF13467`	RHH_4	328	339	0.13	13.0
TkA06G010730	`PF02373`	JmjC	413	529	2.6e-43	147.8
TkA06G010730	`PF21323`	KDM5_C-hel	533	566	0.00093	19.7
TkA06G010730	`PF13832`	zf-HC5HC2H_2	601	656	2.0	9.4
TkA06G010730	`PF30811`	PHD_UBR7-like	617	642	0.0013	19.4
TkA06G010730	`PF02928`	zf-C5HC2	622	674	1.3e-16	61.3
TkA06G010730	`PF08429`	PLU-1	757	1033	3.9e-37	128.9
TkA06G010730	`PF08429`	PLU-1	893	1202	3.9e-37	128.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I240`	拟南芥	sp\|F4I240\|JMJ17_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ17	38.700%	Swiss-Prot	中等置信

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