TkA06G010520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G010520

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 2716770-2719170 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2001 bp · TkA06G010520|TK1151|cDNA

TCTTAAAATTTTATTTATCGTAACGATTCCGTCCGATTCTACGATATAAAGTCTCCTTGTTCCTTCCCGCCAACTAGCCAAGTCGCCAAGTCACCAACCTCCACAAAACCCTAGCCTCATTTATATCTTAAACCCTTCACCCCTATTTCTCAGTTACATCAACAGAACCATCTCTAATGGAACCCCAAGCCGTAAAATCGAACATAGTTCTGATCCTAGATTACGGTTCCCAGTACACTCACCTCATTACTCGTCGAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1608 bp · TkA06G010520|TK1151|CDS

ATGGAACCCCAAGCCGTAAAATCGAACATAGTTCTGATCCTAGATTACGGTTCCCAGTACACTCACCTCATTACTCGTCGAATCCGGAGCCTAAACATCTTCTCCCTCTGCCTTTCCGGCACCTCATCACTCAAATCCATCACCGATTTAAACCCATCTGTAATAATCCTCTCCGGTGGACCTCATTCTGTCCACTCGCCCGATGCACCTTCTTTCCCAGATGGATTTGTGGACTATGTTGAAAAAAACGGTGTTTTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

535 aa · TkA06G010520|TK1151|PROTEIN

MEPQAVKSNIVLILDYGSQYTHLITRRIRSLNIFSLCLSGTSSLKSITDLNPSVIILSGGPHSVHSPDAPSFPDGFVDYVEKNGVFVLGICYGLQLIVQKLGGEVAIGEKQEYGKMVVEVVEDCGGLFEGKKIGDKQVVWMSHGDEAVKLPDGFKVVARSEQGAVAAVENPNKRFYGLQYHPEVTHSPEGMKTLRHFLLKICGVEAGWKMEDVMEEEIKVIRGMVGPQDHVICALSGGVDSTVAATLVHKAIGDRLHCVF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G010520`
TK1151 ID	TkA06G010520
OH-1004 ID	LXL04_002681
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	66.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 28.037 / OH-1004 54.464 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G010520`
位置	Chr06:2716770-2719170 (+)
描述	Similar to guaA: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] (Thermosipho melanesiensis (strain DSM 12029 / CIP 104789 / BI429)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_002681` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006177 GMP biosynthetic process 生物过程 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0003921 GMP synthase activity 分子功能 GO:0005524 ATP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	dra:DR_1874 pmc:P9515_00361 pmm:PMM0037 taf:THA_1090 tme:Tmel_0718 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.761

排名 1 · TkA06G010520 · TK1151

细胞核0.301

排名 2 · TkA06G010520 · TK1151

线粒体0.097

排名 3 · TkA06G010520 · TK1151

过氧化物酶体0.069

排名 4 · TkA06G010520 · TK1151

细胞膜0.039

排名 5 · TkA06G010520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00117GATase12-200 aa

PF13507GATase_574-99 aa

PF07722Peptidase_C2682-183 aa

PF13507GATase_5162-184 aa

PF02568ThiI227-278 aa

PF01171ATP_bind_3227-285 aa

PF02540NAD_synthase229-258 aa

PF03054tRNA_Me_trans230-265 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G010520	`PF00117`	GATase	12	200	1.5e-37	129.8
TkA06G010520	`PF13507`	GATase_5	74	99	0.058	13.2
TkA06G010520	`PF07722`	Peptidase_C26	82	183	5.7e-09	36.8
TkA06G010520	`PF13507`	GATase_5	162	184	0.058	13.2
TkA06G010520	`PF02568`	ThiI	227	278	0.00076	19.8
TkA06G010520	`PF01171`	ATP_bind_3	227	285	0.047	13.8
TkA06G010520	`PF02540`	NAD_synthase	229	258	1.3e-07	31.7
TkA06G010520	`PF03054`	tRNA_Me_trans	230	265	0.00024	21.6
TkA06G010520	`PF06508`	QueC	231	301	0.00084	19.6
TkA06G010520	`PF01507`	PAPS_reduct	231	296	0.04	14.6
TkA06G010520	`PF06508`	QueC	368	404	0.00084	19.6
TkA06G010520	`PF03054`	tRNA_Me_trans	381	400	0.00024	21.6
TkA06G010520	`PF02540`	NAD_synthase	382	411	1.3e-07	31.7
TkA06G010520	`PF00958`	GMP_synt_C	444	534	1.1e-40	138.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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