TkA06G006310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G006310

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 1582268-1585339 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2452 bp · TkA06G006310|TK1151|cDNA

ATCCTATAGAGGTGGAAGGATGCAATGCGGTTTTTTGGTAGAAATACAGTACAGTTGACATCATCTATACGCAATCAGAAAAGAAAGTCATATCGGATCTAACGGTAAATGATTGACTATGTACAGAAATTGGTCCAGCAAAAAGCACACTTTTCTATTACTTCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCAGTCCATCACTCCCTCTGTCCCTCACACTGTCCTTCTTTGACATTTCTCCTTTTGTTCATACCTCCAAATTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1383 bp · TkA06G006310|TK1151|CDS

ATGCTTCATCTTTCCTCCCTCTTTCTGGCTGTAATATTCTGTTTATACCCAATTTTCTGTTATGGAAATGCAGAGGTTAGTGTTCTTATGGAGATCAAGGCTTCCCTGGACCCCGAAAACAAGCACCTTACTTCATGGACGGAAACCGGCGATCCTTGCAGCGGTTCATTTCTCGGTGTCGCTTGTAACCAGTATCTGAAAGTAGCTAACATCTCCTTACAAGGCAAAGGGCTCACCGGAAAACTCTCTCCAGCCATTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

460 aa · TkA06G006310|TK1151|PROTEIN

MLHLSSLFLAVIFCLYPIFCYGNAEVSVLMEIKASLDPENKHLTSWTETGDPCSGSFLGVACNQYLKVANISLQGKGLTGKLSPAISGLKCLSGLYLHYNFLTGEIPAEISSLNELSELYLNVNNLTGEIPQEIGSMTGLQVMELCCNKLTGTIPPELGNLKKLNVVALQHNRLTGQIPRTLGDLAVLERLDLSFNRLLGTIPINIARVTQLEFFDVQNNTLSGFVPTGLKRLNSGFNYNNNQDLCGAAFSSLRPCTDLD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G006310`
TK1151 ID	TkA06G006310
OH-1004 ID	LXL04_026543
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.913 / OH-1004 68.012 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G006310

位置 Chr06:1582268-1585339 (+)

描述 Similar to IRK: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase IRK

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g11050`	可能的受体样蛋白激酶At1g11050。	暂无已核实直接文献
`At5g63710`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At5g63710。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0637800`	受体蛋白激酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026543 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048638 regulation of developmental growth 生物过程

GO:0051302 regulation of cell division 生物过程

GO:0090511 periclinal cell division 生物过程

GO:1901653 cellular response to peptide 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004675 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G25560

ath:AT3G56370

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.849

排名 1 · TkA06G006310 · TK1151

内质网0.084

排名 2 · TkA06G006310 · TK1151

细胞质0.074

排名 3 · TkA06G006310 · TK1151

细胞核0.051

排名 4 · TkA06G006310 · TK1151

溶酶体／液泡0.026

排名 5 · TkA06G006310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21314TM_ErbB16-15 aa

PF08263LRRNT_223-63 aa

PF00560LRR_171-89 aa

PF23598LRR_1480-171 aa

PF13855LRR_885-126 aa

PF00560LRR_192-113 aa

PF12799LRR_494-128 aa

PF29252LRR_NLRC4104-176 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G006310	`PF21314`	TM_ErbB1	6	15	2.2	8.8
TkA06G006310	`PF08263`	LRRNT_2	23	63	1.5e-08	35.4
TkA06G006310	`PF00560`	LRR_1	71	89	9.6e-18	61.2
TkA06G006310	`PF23598`	LRR_14	80	171	1e-12	48.3
TkA06G006310	`PF13855`	LRR_8	85	126	1.5e-13	51.0
TkA06G006310	`PF00560`	LRR_1	92	113	9.6e-18	61.2
TkA06G006310	`PF12799`	LRR_4	94	128	2.7e-09	37.7
TkA06G006310	`PF29252`	LRR_NLRC4	104	176	0.12	12.3
TkA06G006310	`PF00560`	LRR_1	116	137	9.6e-18	61.2
TkA06G006310	`PF24141`	LRR_ComC	122	203	0.0074	16.7
TkA06G006310	`PF13855`	LRR_8	139	198	1.5e-13	51.0
TkA06G006310	`PF12799`	LRR_4	139	174	2.7e-09	37.7
TkA06G006310	`PF00560`	LRR_1	140	161	9.6e-18	61.2
TkA06G006310	`PF00560`	LRR_1	164	185	9.6e-18	61.2
TkA06G006310	`PF23598`	LRR_14	176	235	1e-12	48.3
TkA06G006310	`PF00560`	LRR_1	188	207	9.6e-18	61.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04086`	拟南芥	sp\|O04086\|Y1105_ARATH Probable receptor-like protein kinase At1g11050	47.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q8W4S5`	拟南芥	sp\|Q8W4S5\|Y5371_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g63710	36.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q75J39`	水稻	sp\|Q75J39\|CKI4_ORYSJ Serine/threonine-protein kinase-like protein CR4	45.700%	Swiss-Prot	低置信

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