TkA05G472550 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G472550

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 118587781-118590655 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1702 bp · TkA05G472550|TK1151|cDNA

ATATAGTTTCCTTTACATGTCCCAATTAAATGGATGTTAAAGGTGAAGGTTTCTCAGTGAAGGTCATAAAGACAGAAGTGGTTGCACCAAAACAACTATGGCATGACCACTGGTTACCCCTCACGAACCTAGATTTGCTGGTGCCACCATTTGATGTGGGTTCGTTCTTCTGTTACAAAAAATCCCATGAGAGTGACGATATCACCACCATACTTGATGCTCTCAAGACATCCTTATCACAAGCACTGGCCTTGTTCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1395 bp · TkA05G472550|TK1151|CDS

ATGGATGTTAAAGGTGAAGGTTTCTCAGTGAAGGTCATAAAGACAGAAGTGGTTGCACCAAAACAACTATGGCATGACCACTGGTTACCCCTCACGAACCTAGATTTGCTGGTGCCACCATTTGATGTGGGTTCGTTCTTCTGTTACAAAAAATCCCATGAGAGTGACGATATCACCACCATACTTGATGCTCTCAAGACATCCTTATCACAAGCACTGGCCTTGTTCTATCCACTCGCCGGAGAGATTGTCCGCACCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

464 aa · TkA05G472550|TK1151|PROTEIN

MDVKGEGFSVKVIKTEVVAPKQLWHDHWLPLTNLDLLVPPFDVGSFFCYKKSHESDDITTILDALKTSLSQALALFYPLAGEIVRTTAGEPEIHCNNKGVDFTEASADVELWDLNFYNPNECMEGKLMPKRHHGVLAIQVTMLKCGGMVIACMFDHRVADGYSANMFVSSWADMTRSDPPSFLPSFRRSILNARRPTVYSTSVSNVFLPLSHLPSLDIDPTTESELNQDSLLNRIYYVEGDQLKRLQVLASENGCRRSKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G472550`
TK1151 ID	TkA05G472550
OH-1004 ID	LXL04_022505
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G472550

位置 Chr05:118587781-118590655 (+)

描述 Similar to HST: Shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47980`	可能参与脱饱和硫酮二醇的修饰。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0185500`	羟基肉桂酰转移酶，可在体外催化从对香豆酰辅酶A向甘油或莽草酸转移酰基，分别生成2-O-对香豆酰甘油或对香豆酰莽草酸。	Characterization of hydroxycinnamoyltransferase from rice and its application for biological synthesis of hydroxycinnamoyl glycerols.2012 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2011.12.015
`Os06g0185300`	羟桂酰转移酶，催化乙酰基从对香豆酰辅酶A转移到腐胺，生成香豆酰腐胺。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022505 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009699 phenylpropanoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0009820 alkaloid metabolic process 生物过程

GO:0009963 positive regulation of flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程

GO:0052325 cell wall pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ag:ABG75942

ath:AT5G41040

ath:AT5G48930

nta:107796658

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.602

排名 1 · TkA05G472550 · TK1151

细胞核0.310

排名 2 · TkA05G472550 · TK1151

内质网0.110

排名 3 · TkA05G472550 · TK1151

细胞膜0.093

排名 4 · TkA05G472550 · TK1151

质体0.062

排名 5 · TkA05G472550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02458Transferase9-452 aa

PF22664TRI-like_N47-90 aa

PF001982-oxoacid_dh148-174 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G472550	`PF02458`	Transferase	9	452	5e-91	306.3
TkA05G472550	`PF22664`	TRI-like_N	47	90	0.0035	17.8
TkA05G472550	`PF00198`	2-oxoacid_dh	148	174	0.12	12.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FI40`	拟南芥	sp\|Q9FI40\|BAHD1_ARATH BAHD acyltransferase At5g47980	24.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q5SMM6`	水稻	sp\|Q5SMM6\|HCT4_ORYSJ Hydroxycinnamoyltransferase 4	32.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q5SMQ0`	水稻	sp\|Q5SMQ0\|PHT2_ORYSJ Putrescine hydroxycinnamoyltransferase 2	31.700%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情