TkA05G469860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G469860

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 117741814-117745828 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1942 bp · TkA05G469860|TK1151|cDNA

GAAAGATGCTTCAAAGTGATACTATGTAGAGTTTACGATAAAATCTACCTGATATCAAATTTGATAAAAGATTTGCAGTGATACTGATACGGTTTGAAAGGAGAAAATATATTATCTTTTTACGGCGGGTAAAAGGAAATTTTTAGCAGATTACATCTCAAGAAACCGAGGACACTGCGGCAGGAGGGCTTGGGGGTTTCGAGTGTAGCTGCCTATTTCTGCTCCTTGATTGACACTTGACCGACCAAAAGAAGAATCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1344 bp · TkA05G469860|TK1151|CDS

ATGGAGGGTGGCGGTGTGCTGTCTGCTACAGACCAGCAACAAATGGTCTCTTCCTTTCTGGAAATTGCGGTTGGCCAGACCGCCGATACGGCCAGGCAGTTCTTGCAGGCTACAAGCTGGAAGCTTGAAGAAGCCATTCAACTTTTTTACATCGGAAATGAGGCAGGTGCCGCCTCATTACCACCAGATGTCCCGCCTCAAAATGAAGCAGCCATGTCCGACCAAACAAGGGGAGTGTCTGAATTTGAAAATATTAAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

447 aa · TkA05G469860|TK1151|PROTEIN

MEGGGVLSATDQQQMVSSFLEIAVGQTADTARQFLQATSWKLEEAIQLFYIGNEAGAASLPPDVPPQNEAAMSDQTRGVSEFENIKENDGSEIRAPLPVKRDVLYDTPMLYGASRMGVSPHATVPFRNFDEELKRAGVWESDQGSTSTAESSRDNLASLYRPPFNLMYHGPFEKAKEAANTQDRWLLVNVQSTREFSSHMLNRDTWANEALAQTITSNFIFWQIYDDTEEGRKISTYYKLDSVPVTLVIDPITGQKMRLW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G469860`
TK1151 ID	TkA05G469860
OH-1004 ID	LXL04_022453
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G469860

位置 Chr05:117741814-117745828 (-)

描述 Similar to PUX7: Plant UBX domain-containing protein 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g14570`	作为 CDC48A 和泛素之间的桥梁，表明在靶向蛋白质降解中发挥作用。	Functional characterization of the plant ubiquitin regulatory X (UBX) domain-containing protein AtPUX7 in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1016/j.gene.2013.05.056
`At4g14250`	推测的植物UBX结构域含蛋白14。	暂无已核实直接文献
`At4g14245`	植物UBX结构域含蛋白16。	暂无已核实直接文献
`At1g59550`	推定的植物 UBX 域含量蛋白 15。	暂无已核实直接文献
`At3g23605`	含UBX结构域的植物蛋白12。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022453 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0030674 protein-macromolecule adaptor activity 分子功能

GO:0043130 ubiquitin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14570

ath:AT1G59550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.572

排名 1 · TkA05G469860 · TK1151

细胞核0.477

排名 2 · TkA05G469860 · TK1151

细胞膜0.075

排名 3 · TkA05G469860 · TK1151

内质网0.074

排名 4 · TkA05G469860 · TK1151

高尔基体0.057

排名 5 · TkA05G469860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22566UBA_811-53 aa

PF14555UBA_413-53 aa

PF29089Protamine-383-104 aa

PF13899Thioredoxin_7172-251 aa

PF03190Thioredox_DsbH173-238 aa

PF13098Thioredoxin_2174-275 aa

PF04696Pinin_SDK_memA268-363 aa

PF02459Adeno_terminal273-324 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G469860	`PF22566`	UBA_8	11	53	2.8e-06	27.8
TkA05G469860	`PF14555`	UBA_4	13	53	4.4e-11	43.1
TkA05G469860	`PF29089`	Protamine-3	83	104	0.088	13.7
TkA05G469860	`PF13899`	Thioredoxin_7	172	251	1.1e-13	51.8
TkA05G469860	`PF03190`	Thioredox_DsbH	173	238	0.14	12.8
TkA05G469860	`PF13098`	Thioredoxin_2	174	275	5.4e-08	33.9
TkA05G469860	`PF04696`	Pinin_SDK_memA	268	363	0.32	11.8
TkA05G469860	`PF02459`	Adeno_terminal	273	324	0.34	10.1
TkA05G469860	`PF26777`	NCAPD3_N	286	328	9.9	6.6
TkA05G469860	`PF29089`	Protamine-3	294	351	0.088	13.7
TkA05G469860	`PF14851`	FAM176	297	327	6.4	7.3
TkA05G469860	`PF00789`	UBX	330	348	5.3e-08	33.7
TkA05G469860	`PF00789`	UBX	369	418	5.3e-08	33.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94JZ8`	拟南芥	sp\|Q94JZ8\|PUX7_ARATH Plant UBX domain-containing protein 7	57.000%	Swiss-Prot	高置信
`P0DKI4`	拟南芥	sp\|P0DKI4\|PUX14_ARATH Putative plant UBX domain-containing protein 14	41.400%	Swiss-Prot	中等置信
`P0DKI5`	拟南芥	sp\|P0DKI5\|PUX16_ARATH Plant UBX domain-containing protein 16	33.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q94HV8`	拟南芥	sp\|Q94HV8\|PUX15_ARATH Putative plant UBX domain-containing protein 15	39.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LUG7`	拟南芥	sp\|Q9LUG7\|PUX12_ARATH Plant UBX domain-containing protein 12	51.500%	Swiss-Prot	低置信

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