RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G468580
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 117370575-117375417 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3508 bp · TkA05G468580|TK1151|cDNA

AACGAAACGAAGAACATGGGTAGCTTCATGAGATAAACAAAAGCTAAAGAAAAACGAAAGAACATGGGTAGCTTCATGAGAAGCTAAAGAAAAACGAGGAAAAGGATAAAAGCTACATAACGAAACGAAGAAATATCGGAGACTTTAACTTGACTTCATTGCTAATTTACTATCCTTGATTCCTCTGTTTTTGTTCAAAACCCCTCCCTTTTGATTTTGCCTTTAATGTAAGGACAAACTTTAGAAAAGCAATCGCGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2850 bp · TkA05G468580|TK1151|CDS

ATGAAAGGAGGTTCTTCTGGAAAGAAAAAAGGAGCTTCCCGGAGTCAAGATCATGGCTTTGCAGAGTTGATCTTCTCATGGTCTTTCGACGACATAGTCAACGACGGCCTTTACGAACACCAGGTGGAGAAAATACCACTTACTTTCCAGTCTGAAGAACACTATTTCCGTTCTTTTGTTTATCCATTGCTAGAGGAAACACGTACTGAATTAGCTTCCACTATGAAGATGATGTACAGAGCTCCATTTGCAGATATTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

949 aa · TkA05G468580|TK1151|PROTEIN

MKGGSSGKKKGASRSQDHGFAELIFSWSFDDIVNDGLYEHQVEKIPLTFQSEEHYFRSFVYPLLEETRTELASTMKMMYRAPFADISSLRKAKGKEKLMYDVTVGDWRNSECRKELYRTLPGDLLILANGEPGSVSDLQSSKWAFLLVNNTEDDDGTPVQFKVTASQEIEIHDGMFVVFLMNITTQKRIWNSLHKHANLDIIKEILYPDSMVKEQCDECSLGCNNPIQRFDPSLVSKLNESQKAAIMAAIHKMECSHKSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G468580
TK1151 IDTkA05G468580
OH-1004 IDLXL04_022439
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 91.781 / OH-1004 91.781
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G468580
位置Chr05:117370575-117375417 (-)
描述Similar to MAA3: Probable helicase MAGATAMA 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g47010 通过与核外显子连接复合物 关联并充当 EJC 核心和 NMD 机制之间的连接，参与包含过早终止密码子的 mRNA 的无义介导的衰变。
Genome-wide suppression of aberrant mRNA-like noncoding RNAs by NMD in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0808902106
Nonsense-mediated mRNA decay factors, UPF1 and UPF3, contribute to plant defense.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr144
Alternative splicing and nonsense-mediated decay modulate expression of important regulatory genes in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1093/nar/gkr932
Arabidopsis plants having defects in nonsense-mediated mRNA decay factors UPF1, UPF2, and UPF3 show photoperiod-dependent phenotypes in development and stress responses.2012 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2012.01093.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022439 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程
GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程
GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006364 rRNA processing 生物过程
GO:0006369 termination of RNA polymerase II transcription 生物过程
GO:0006386 termination of RNA polymerase III transcription 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006399 tRNA metabolic process 生物过程
GO:0006974 DNA damage response 生物过程
GO:0008033 tRNA processing 生物过程
GO:0009553 embryo sac development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G15570
ddi:DDB_G0288923
sce:YLR430W
spo:2540523
spo:2541556
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.661
排名 1 · TkA05G468580 · TK1151
细胞质0.337
排名 2 · TkA05G468580 · TK1151
细胞膜0.049
排名 3 · TkA05G468580 · TK1151
内质网0.037
排名 4 · TkA05G468580 · TK1151
线粒体0.036
排名 5 · TkA05G468580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20073DUF646917-213 aa
PF13086AAA_11237-440 aa
PF13604AAA_30238-303 aa
PF13245AAA_19258-600 aa
PF00004AAA264-282 aa
PF13401AAA_22264-286 aa
PF03831YjdM312-361 aa
PF19269Anticodon_2372-427 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G468580PF20073DUF6469172137.1e-70235.5
TkA05G468580PF13086AAA_112374403.1e-34119.6
TkA05G468580PF13604AAA_302383032.4e-0731.4
TkA05G468580PF13245AAA_192586002.6e-0938.1
TkA05G468580PF00004AAA2642820.02415.8
TkA05G468580PF13401AAA_222642860.1213.4
TkA05G468580PF03831YjdM3123610.00716.9
TkA05G468580PF19269Anticodon_23724270.1513.2
TkA05G468580PF13087AAA_123944353.1e-59200.5
TkA05G468580PF07346DUF14774024840.008717.0
TkA05G468580PF13086AAA_115296053.1e-34119.6
TkA05G468580PF13604AAA_305406032.4e-0731.4
TkA05G468580PF01443Viral_helicase15496030.000222.0
TkA05G468580PF13401AAA_225585730.1213.4
TkA05G468580PF13087AAA_126128083.1e-59200.5
TkA05G468580PF01443Viral_helicase17418050.000222.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FJR0拟南芥sp|Q9FJR0|RENT1_ARATH Regulator of nonsense transcripts 1 homolog33.200%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看