TkA05G456880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G456880

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 114457068-114458804 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

967 bp · TkA05G456880|TK1151|cDNA

GTTTCGTGCTTTCTTCTCTCTGCCTTCCAAGACAAATCCCTTTCTTATTCTATATAAAACACAAAAATTTTATTTCAACAAATCATTTTACAATCGATCATAACACGTGCTTGCCCTCCATCGAATTCCACCATGGTTTCTTCGTTTCTAAGAACTCCGTTTCATTATGGTGAGAAGATGAGAGAGGTTTGCACCACCATGTTTTCGCTGGTTTTCTTCCAAGTCCTCCTTCTCATATTCGGCTTCCAATTTGGTGTATT...

CDS

下载 CDS FASTA

612 bp · TkA05G456880|TK1151|CDS

ATGGTTTCTTCGTTTCTAAGAACTCCGTTTCATTATGGTGAGAAGATGAGAGAGGTTTGCACCACCATGTTTTCGCTGGTTTTCTTCCAAGTCCTCCTTCTCATATTCGGCTTCCAATTTGGTGTATTTGGGGGTACAATCGGAGCTTTAGGAGGAGCATTGATCGGATTTAAGAACAAAAAGAACTTCTTCCAAGATGTGATCGTGGGGGCAGCATCTGGGGCAGTTTTATCACAGAAAATTACTACGGCTACCTTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

203 aa · TkA05G456880|TK1151|PROTEIN

MVSSFLRTPFHYGEKMREVCTTMFSLVFFQVLLLIFGFQFGVFGGTIGALGGALIGFKNKKNFFQDVIVGAASGAVLSQKITTATFEQFLYSDHDDEHGCFLHLVDIVASALEPKLLRDENHIFLITKVASCEKLIKLPKIAIIKDHVFDASGNATCCSICLQDFEVEDAAAMFPKCEHKFHPECISQWLLAHNSCPVCRRSI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G456880`
TK1151 ID	TkA05G456880
OH-1004 ID	LXL04_022296
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G456880

位置 Chr05:114457068-114458804 (-)

描述 Similar to NIP2: NEP1-interacting protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g66070`	可能参与植物防御信号通路的早期阶段。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0667700`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022296 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034137 positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0046330 positive regulation of JNK cascade 生物过程

GO:0141163 positive regulation of cAMP/PKA signal transduction 生物过程

GO:1900745 positive regulation of p38MAPK cascade 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17730

ath:AT4G35840

ath:AT5G66070

mmu:224938

rno:192256

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.338

排名 1 · TkA05G456880 · TK1151

细胞质0.258

排名 2 · TkA05G456880 · TK1151

细胞核0.203

排名 3 · TkA05G456880 · TK1151

高尔基体0.140

排名 4 · TkA05G456880 · TK1151

细胞膜0.133

排名 5 · TkA05G456880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23413zf_RING_Vps8_fungal23-30 aa

PF13441Gly-zipper_YMGG43-77 aa

PF13488Gly-zipper_Omp43-56 aa

PF05433Rick_17kDa_Anti44-56 aa

PF13488Gly-zipper_Omp68-81 aa

PF05433Rick_17kDa_Anti68-80 aa

PF17123zf-RING_11128-139 aa

PF14835zf-RING_6132-164 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G456880	`PF23413`	zf_RING_Vps8_fungal	23	30	0.69	10.0
TkA05G456880	`PF13441`	Gly-zipper_YMGG	43	77	0.0013	19.4
TkA05G456880	`PF13488`	Gly-zipper_Omp	43	56	0.062	13.9
TkA05G456880	`PF05433`	Rick_17kDa_Anti	44	56	0.15	12.7
TkA05G456880	`PF13488`	Gly-zipper_Omp	68	81	0.062	13.9
TkA05G456880	`PF05433`	Rick_17kDa_Anti	68	80	0.15	12.7
TkA05G456880	`PF17123`	zf-RING_11	128	139	3.7e-08	33.6
TkA05G456880	`PF14835`	zf-RING_6	132	164	1.3	9.7
TkA05G456880	`PF14447`	Prok-RING_4	147	164	3.2	8.4
TkA05G456880	`PF04423`	Rad50_zn_hook	154	169	1.6	9.3
TkA05G456880	`PF25143`	Zn_ribbon_IFT122_C	156	169	0.00059	20.4
TkA05G456880	`PF13920`	zf-C3HC4_3	156	203	0.0028	18.1
TkA05G456880	`PF13639`	zf-RING_2	157	200	1.2e-12	48.6
TkA05G456880	`PF12678`	zf-rbx1	157	200	1.7e-07	32.1
TkA05G456880	`PF12861`	zf-ANAPC11	157	202	0.00012	22.8
TkA05G456880	`PF17120`	zf-RING_16	157	198	0.22	11.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKX5`	拟南芥	sp\|Q9FKX5\|NIPL1_ARATH NEP1-interacting protein-like 1	33.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5QLR5`	水稻	sp\|Q5QLR5\|ZFP1_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase ZFP1	28.600%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情