TkA05G456640 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G456640

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 114395131-114407113 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

10032 bp · TkA05G456640|TK1151|cDNA

AAACGAAAGAACATGGCTTCGTGAGATAAAAAAAGCTAAACAAAAACGAGGAAAAGGATAAAAGTTGCAAAAAAAAACGGAGAAATAGCGGAGACTTTACCTTGACTTCATCACTAATTTATTATTCTCGATTCCTCTGTTTTTGTTCAAAACCCCGCCCCTTTTGATTTTGCCTTTAATGTACGGAGAAACTTTAGAAAAGCAATCGTCGAATTTTGATTCCTGACACTGCTACTGGATCTCTACCCACCAGGCCACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3405 bp · TkA05G456640|TK1151|CDS

ATGTTTGTTGTTTTCCTGATGAATATAACAACCCAGAAAAGAATCTGGAATTCATTGCACAAGCATGCAAATCTTGATATTATCAAAGAGATTCTTTACCCTGATTCTATGGTTAAAGAGCAGTGTGATGAGTGTTCATTAGGCTGCAATAATCCTATCCAGAGATTTGATCCAAATCTTGTTTCTAAGCTGAATGAATCCCAGAAAGCGGCTATTATGGCTGCAATTCATAAAATGGAATGTTCCCATAAATCTTCTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1134 aa · TkA05G456640|TK1151|PROTEIN

MFVVFLMNITTQKRIWNSLHKHANLDIIKEILYPDSMVKEQCDECSLGCNNPIQRFDPNLVSKLNESQKAAIMAAIHKMECSHKSSVEQIWGPPGTGKTMTVSVMLSIFLQMKCRTLTCAPTNVAIVAVASRVLSLVKESSKTITANGDSFYSVGDLLLFGNKDRLKIGTNIEEIYLDHRVEKLIECLGSLTGWKHCIKSMIDLLEDCVSQYHVFVENEKFQEEQLANEKKSKTKNLKVKSFMEFLRERFNSFVQPLRRC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G456640`
TK1151 ID	TkA05G456640
OH-1004 ID	LXL04_022441
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 37.168 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G456640

位置 Chr05:114395131-114407113 (-)

描述 Similar to TRANK1: TPR and ankyrin repeat-containing protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47010`	通过与核外显子连接复合物关联并充当 EJC 核心和 NMD 机制之间的连接，参与包含过早终止密码子的 mRNA 的无义介导的衰变。	Genome-wide suppression of aberrant mRNA-like noncoding RNAs by NMD in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0808902106 Nonsense-mediated mRNA decay factors, UPF1 and UPF3, contribute to plant defense.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr144 Alternative splicing and nonsense-mediated decay modulate expression of important regulatory genes in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1093/nar/gkr932 Arabidopsis plants having defects in nonsense-mediated mRNA decay factors UPF1, UPF2, and UPF3 show photoperiod-dependent phenotypes in development and stress responses.2012 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2012.01093.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022441 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006369 termination of RNA polymerase II transcription 生物过程

GO:0006386 termination of RNA polymerase III transcription 生物过程

GO:0006399 tRNA metabolic process 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0008033 tRNA processing 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009875 pollen-pistil interaction 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G15570

hsa:9881

mmu:320429

sce:YLR430W

spo:2540523

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.678

排名 1 · TkA05G456640 · TK1151

细胞质0.288

排名 2 · TkA05G456640 · TK1151

细胞膜0.034

排名 3 · TkA05G456640 · TK1151

线粒体0.033

排名 4 · TkA05G456640 · TK1151

内质网0.030

排名 5 · TkA05G456640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20073DUF64691-39 aa

PF13086AAA_1163-266 aa

PF04851ResIII63-123 aa

PF13604AAA_3064-128 aa

PF25199nSTAND_NTPase571-101 aa

PF02562PhoH74-108 aa

PF13555AAA_2976-101 aa

PF01637ATPase_281-107 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G456640	`PF20073`	DUF6469	1	39	3.4e-10	40.5
TkA05G456640	`PF13086`	AAA_11	63	266	7.7e-39	134.7
TkA05G456640	`PF04851`	ResIII	63	123	0.0056	17.3
TkA05G456640	`PF13604`	AAA_30	64	128	2.7e-09	37.8
TkA05G456640	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	71	101	0.23	12.0
TkA05G456640	`PF02562`	PhoH	74	108	0.079	13.1
TkA05G456640	`PF13555`	AAA_29	76	101	0.27	11.7
TkA05G456640	`PF01637`	ATPase_2	81	107	0.0068	17.0
TkA05G456640	`PF13245`	AAA_19	84	426	1.1e-11	45.7
TkA05G456640	`PF20720`	nSTAND3	84	113	0.0081	16.6
TkA05G456640	`PF00580`	UvrD-helicase	85	246	0.0011	19.5
TkA05G456640	`PF00005`	ABC_tran	86	107	0.16	13.3
TkA05G456640	`PF13191`	AAA_16	89	118	0.0076	17.5
TkA05G456640	`PF02492`	cobW	89	106	0.056	13.8
TkA05G456640	`PF13481`	AAA_25	89	110	0.27	11.5
TkA05G456640	`PF13401`	AAA_22	90	112	1.9e-06	28.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJR0`	拟南芥	sp\|Q9FJR0\|RENT1_ARATH Regulator of nonsense transcripts 1 homolog	33.500%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情