TkA05G450110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G450110

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 112533329-112534791 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1290 bp · TkA05G450110|TK1151|cDNA

GGTGTCACCGTTTTATACTAATAAAAAAATAAAAAGAATATGTTACTTTATTCTTTAAGAGGCCACCTGCGCTTAAAAACAAACGAATACTTGCATTTGGATCCATCATTTTTTGTCGAGCTGCCACGTTAACCTTCGTCGTACAACCACCTTTTTCTTCACTGTACACGTGTCTCCTCGTTCTCTTCATACGCGTGTATCGGAGATCCTGCTGACACCATCATATATAAACACCGGCAACGACCATGCAACAATAGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

795 bp · TkA05G450110|TK1151|CDS

ATGAGTCAGGAACAACCAAAACGTCACCTGCAGGAAGTTCAAGGGCAGCAAAAAGAGCCTATAAGATACGGGGACGTATTTCCAGTTTCCGGCGAGCTAGCTAGTAAACCGGTGGCTCCACAAGATGCAGCCATGATTCAAACAGCTGAAGCAACGGTGTTTGGACAAACCCAGAAGGGTGGCACCGCTGCCGCTATGCAGGCAGCTGCTACAATCAACGAGAGAGCTGGGTTGGTCAGCCATGAAGATCTGACCGTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

264 aa · TkA05G450110|TK1151|PROTEIN

MSQEQPKRHLQEVQGQQKEPIRYGDVFPVSGELASKPVAPQDAAMIQTAEATVFGQTQKGGTAAAMQAAATINERAGLVSHEDLTVTGDQGVTVTATEIPGARVVTETVAGEVVGRYVEATPVLQQESGVGDMHQQGFITIGEALEATSRTTGNKPVEQSDAAAIQAAEVRATGSTLVIPGGLAAQAQSAATLNTSTREEDKVRLREVLTDATVKLPADKVATREDAEGVLSAERRNNPNLTAHPAGVAAAIAAAANLNE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G450110`
TK1151 ID	TkA05G450110
OH-1004 ID	LXL04_022198
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G450110

位置 Chr05:112533329-112534791 (-)

描述 Similar to Late embryogenesis abundant protein D-34

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g22490`	LEA蛋白是晚期胚胎蛋白，在高等植物种子胚中丰富。	Arabidopsis thaliana atrab28: a nuclear targeted protein related to germination and toxic cation tolerance.2002 · DOI: 10.1023/a:1016084615014
`At3g22500`	LEA蛋白是晚期胚胎蛋白，在高等植物种子胚中丰富。	暂无已核实直接文献
`At5g27980`	LEA蛋白是晚期胚胎蛋白，在高等植物种子胚中丰富。	暂无已核实直接文献
`At1g03120`	LEA蛋白是晚期胚胎蛋白，在高等植物种子胚中丰富。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022198 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006873 intracellular monoatomic ion homeostasis 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0010226 response to lithium ion 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03120

ath:AT3G22490

ath:AT3G22500

ath:AT5G27980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.770

排名 1 · TkA05G450110 · TK1151

细胞核0.324

排名 2 · TkA05G450110 · TK1151

细胞膜0.136

排名 3 · TkA05G450110 · TK1151

线粒体0.092

排名 4 · TkA05G450110 · TK1151

内质网0.048

排名 5 · TkA05G450110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29674Kk1D_mid7-52 aa

PF07896DUF167411-25 aa

PF04927SMP21-76 aa

PF04927SMP100-133 aa

PF29674Kk1D_mid135-185 aa

PF04927SMP139-196 aa

PF04927SMP203-261 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G450110	`PF29674`	Kk1D_mid	7	52	0.02	16.3
TkA05G450110	`PF07896`	DUF1674	11	25	0.27	12.4
TkA05G450110	`PF04927`	SMP	21	76	1e-59	199.4
TkA05G450110	`PF04927`	SMP	100	133	1e-59	199.4
TkA05G450110	`PF29674`	Kk1D_mid	135	185	0.02	16.3
TkA05G450110	`PF04927`	SMP	139	196	1e-59	199.4
TkA05G450110	`PF04927`	SMP	203	261	1e-59	199.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LJ97`	拟南芥	sp\|Q9LJ97\|LEA31_ARATH Late embryogenesis abundant protein 31	61.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LJ95`	拟南芥	sp\|Q9LJ95\|LEA32_ARATH Late embryogenesis abundant protein 32	56.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q8GWT7`	拟南芥	sp\|Q8GWT7\|LEA47_ARATH Late embryogenesis abundant protein 47	58.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SA57`	拟南芥	sp\|Q9SA57\|LEA3_ARATH Late embryogenesis abundant protein 3	49.400%	Swiss-Prot	中等置信

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