TkA05G449840 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G449840

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 112468377-112474278 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3006 bp · TkA05G449840|TK1151|cDNA

GATTCGAGAATGAATTCTAACTGATGGAGAAGAGAGGAAGGGTCGGTGTAATCGGATGGAACTGTTTCAGTCATGATTTGAACGAGAATTGTCAGACGAGAATGTTCGTCTGTTATCAAGAATTCATTTTTCCAATATTAGCAGCGACAACAAGAGCACAAAGGAATGCTTTAAAATTTGGGAAAACAGCCAAAGCAGCAGGAAGGACATGATTTCAACCTAATCTGGGATGAATCAAAACAAGAATCTAGGATATCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1620 bp · TkA05G449840|TK1151|CDS

ATGGATATGGATTATAATGCGGATGCGGGTATTCTCGACCCTGAATTGTTACAGCTGAATGAAGTCTCGCCGTTGGCTCTTAAGTCAAATCCTTATGTTGCCGAGAAGCTCTACGAGCAATGGCTTTCCCTTCCGGAAACTACTCTTCTGGTGAAATCATTGTTCGACAATGCGAAAGCAGGTGTACCATTGAACGTGAGCGGATCAGTTTCAAGTCCAAAAGCATCTTCCATGAACTCAATACCTTCCATGTTTCCAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

539 aa · TkA05G449840|TK1151|PROTEIN

MDMDYNADAGILDPELLQLNEVSPLALKSNPYVAEKLYEQWLSLPETTLLVKSLFDNAKAGVPLNVSGSVSSPKASSMNSIPSMFPAGSAPPLSPRSSSGSPRITKHRAGPSVLGSPLKVLSEPVKELIPQFYFQNGRPPPNELKERCLYRTNQFFYGHTDGLQLHEFKLLTKEICKLPSFFSTALFKKIDVDGSGVVTRDAFVDYWVNGNMLIKDVATQIYTILKQPDLRYLTQEDFKPILRELLATHPGLEFLQSTPE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G449840`
TK1151 ID	TkA05G449840
OH-1004 ID	LXL04_022190
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G449840

位置 Chr05:112468377-112474278 (+)

描述 Similar to B''GAMMA: Probable serine/threonine protein phosphatase 2A regulatory subunit B''gamma

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g28850`	2A型蛋白磷酸酶的调节亚基。	暂无已核实直接文献
`At5g28900`	可能是 2A 型蛋白磷酸酶的调节亚基。	暂无已核实直接文献
`At1g54450`	可能是 2A 型蛋白磷酸酶的调节亚基。	暂无已核实直接文献
`At5g44090`	2A型蛋白磷酸酶的调节亚基。	暂无已核实直接文献
`At1g03960`	可能是 2A 型蛋白磷酸酶的调节亚基。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022190 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000159 protein phosphatase type 2A complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0019888 protein phosphatase regulator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03960

ath:AT1G54450

ath:AT5G28850

ath:AT5G28900

ath:AT5G44090

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.641

排名 1 · TkA05G449840 · TK1151

细胞核0.251

排名 2 · TkA05G449840 · TK1151

细胞膜0.168

排名 3 · TkA05G449840 · TK1151

高尔基体0.065

排名 4 · TkA05G449840 · TK1151

线粒体0.061

排名 5 · TkA05G449840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21161P2R3B_EF-hand165-207 aa

PF29176Allatotropin-like_C171-199 aa

PF10591SPARC_Ca_bdg183-200 aa

PF13499EF-hand_7184-206 aa

PF13833EF-hand_8184-209 aa

PF13202EF-hand_5185-201 aa

PF00036EF-hand_1186-207 aa

PF13405EF-hand_6186-204 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G449840	`PF21161`	P2R3B_EF-hand	165	207	0.21	12.2
TkA05G449840	`PF29176`	Allatotropin-like_C	171	199	0.0081	16.4
TkA05G449840	`PF10591`	SPARC_Ca_bdg	183	200	0.81	10.7
TkA05G449840	`PF13499`	EF-hand_7	184	206	6.5e-18	65.6
TkA05G449840	`PF13833`	EF-hand_8	184	209	8.6e-08	32.5
TkA05G449840	`PF13202`	EF-hand_5	185	201	1.1e-08	34.8
TkA05G449840	`PF00036`	EF-hand_1	186	207	3.2e-09	36.4
TkA05G449840	`PF13405`	EF-hand_6	186	204	3.3e-09	36.4
TkA05G449840	`PF17958`	EF-hand_13	216	305	2.3e-32	111.3
TkA05G449840	`PF24408`	wHTH-Calcineurin_assc	228	246	0.16	12.6
TkA05G449840	`PF13499`	EF-hand_7	231	249	6.5e-18	65.6
TkA05G449840	`PF00036`	EF-hand_1	232	244	3.2e-09	36.4
TkA05G449840	`PF13405`	EF-hand_6	232	244	3.3e-09	36.4
TkA05G449840	`PF13833`	EF-hand_8	232	246	8.6e-08	32.5
TkA05G449840	`PF13499`	EF-hand_7	267	315	6.5e-18	65.6
TkA05G449840	`PF13405`	EF-hand_6	270	292	3.3e-09	36.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5QIT3`	拟南芥	sp\|Q5QIT3\|2AB2B_ARATH Serine/threonine protein phosphatase 2A regulatory subunit B''beta	77.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q8VZQ4`	拟南芥	sp\|Q8VZQ4\|2AB2C_ARATH Probable serine/threonine protein phosphatase 2A regulatory subunit B''gamma	77.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SLI8`	拟南芥	sp\|Q9SLI8\|2AB2D_ARATH Probable serine/threonine protein phosphatase 2A regulatory subunit B''delta	76.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9XGR4`	拟南芥	sp\|Q9XGR4\|2AB2A_ARATH Serine/threonine protein phosphatase 2A regulatory subunit B''alpha	71.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q84JI6`	拟南芥	sp\|Q84JI6\|2AB2E_ARATH Probable serine/threonine protein phosphatase 2A regulatory subunit B''epsilon	69.800%	Swiss-Prot	高置信

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