RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G449360
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 112340217-112346931 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1794 bp · TkA05G449360|TK1151|cDNA

AGTGGTAGTGGGAGAAACAAAACACTCTTTCACTACATGCTGACCTGCTCTATTGGTTGTCTGATGATGAAGACTATTGCTGTTGCCGCTTCCAATCTTACTACTAATTTCAGCAAATTCCGCTGTGCATTCTACTCTAATCTTCTTCCTTCCGCAAGAAATTTTGAAGGATGTTCAAAAAAGTTTAGTTCCCTACGTGGTGACCTAGCTGTAGGTGATGCATGGTTGGTGTTCGATAAAATGCTTCAAAGACGACCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

795 bp · TkA05G449360|TK1151|CDS

ATGCTGACCTGCTCTATTGGTTGTCTGATGATGAAGACTATTGCTGTTGCCGCTTCCAATCTTACTACTAATTTCAGCAAATTCCGCTGTGCATTCTACTCTAATCTTCTTCCTTCCGCAAGAAATTTTGAAGGATGTTCAAAAAAGTTTAGTTCCCTACGTGGTGACCTAGCTGTAGGTGATGCATGGTTGGTGTTCGATAAAATGCTTCAAAGACGACCTCTACCTTCAATTGAAAATTTTACCAAATTGTTATCATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

264 aa · TkA05G449360|TK1151|PROTEIN

MLTCSIGCLMMKTIAVAASNLTTNFSKFRCAFYSNLLPSARNFEGCSKKFSSLRGDLAVGDAWLVFDKMLQRRPLPSIENFTKLLSSLVKSKHYSTAISMIRRLGMLGLNPLVKPDMYAFHIAINCFCHSHRVCFGFSVLGNLMKLGYDPNCHVLSTLIRGLCNDGKLYQAVSFFDQLVKDGFKPNVVTYSILINGLCKSGNTSSAMILLKKMERSRDCKPDIVAYNTVIDGLCKNEQVCVTLNYGTKPRDFWKTCLLKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G449360
TK1151 IDTkA05G449360
OH-1004 IDLXL04_022181
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 83.333 / OH-1004 32.023
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G449360
位置Chr05:112340217-112346931 (-)
描述Similar to At1g12700: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g12700 推测的含五三螺旋重复蛋白 At1g12700，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g62680 含五肽重复序列的蛋白 At1g62680，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g64583 含五聚重复序列蛋白 At1g64583，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g16710 推定含五肽重复序列的蛋白质 At3g16710，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g62720 含五聚肽重复的蛋白At1g62720。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022181 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12700
ath:AT3G22470
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.858
排名 1 · TkA05G449360 · TK1151
质体0.064
排名 2 · TkA05G449360 · TK1151
细胞核0.043
排名 3 · TkA05G449360 · TK1151
细胞质0.034
排名 4 · TkA05G449360 · TK1151
细胞膜0.012
排名 5 · TkA05G449360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177PPR_long56-144 aa
PF12854PPR_159-69 aa
PF13041PPR_259-90 aa
PF01535PPR61-72 aa
PF13812PPR_367-103 aa
PF12921ATP1374-103 aa
PF08579RPM275-92 aa
PF13041PPR_276-129 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G449360PF17177PPR_long561448.2e-0626.1
TkA05G449360PF12854PPR_159694.3e-33113.4
TkA05G449360PF13041PPR_259901.5e-29102.5
TkA05G449360PF01535PPR61722.7e-2175.0
TkA05G449360PF13812PPR_3671031.2e-1558.0
TkA05G449360PF12921ATP13741030.0314.9
TkA05G449360PF08579RPM275920.01216.8
TkA05G449360PF13041PPR_2761291.5e-29102.5
TkA05G449360PF29070MSC6_N78980.001218.8
TkA05G449360PF01535PPR811062.7e-2175.0
TkA05G449360PF12854PPR_11131284.3e-33113.4
TkA05G449360PF23276TPR_241182121.4e-0732.2
TkA05G449360PF01535PPR1201302.7e-2175.0
TkA05G449360PF23276TPR_241372391.4e-0732.2
TkA05G449360PF13812PPR_31391951.2e-1558.0
TkA05G449360PF29070MSC6_N1412110.001218.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0C7Q7拟南芥sp|P0C7Q7|PPR38_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial32.800%Swiss-Prot低置信
Q3ECK2拟南芥sp|Q3ECK2|PPR92_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62680, mitochondrial41.000%Swiss-Prot低置信
P0C7R3拟南芥sp|P0C7R3|PP106_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g64583, mitochondrial32.800%Swiss-Prot低置信
Q9LUR2拟南芥sp|Q9LUR2|PP238_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g16710, mitochondrial36.700%Swiss-Prot低置信
Q9SI78拟南芥sp|Q9SI78|PPR93_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g6272035.600%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看