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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G447270
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 111840738-111843137 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1519 bp · TkA05G447270|TK1151|cDNA

AAAACCCCCAAAACATATGAAATCCTTAAATCCTAATGCCTAATGGCATCATCCATGGTGCCCGCTCTATCTTCATCCCTCTGCACAACTCCTCAGAAGCCATCAATAATATTCATCCCTTTCTTACCCTCATTTCAGAAGTCCATTTCCCTCCAATTTAACTTCAAATTCCGAAAACCCATATTCAAATTCAATCAGAAGAACACCGTCACCCTAACGGCAATCACCTGTTTGAAATCACGAAGTACATATGAAGCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1176 bp · TkA05G447270|TK1151|CDS

ATGGCATCATCCATGGTGCCCGCTCTATCTTCATCCCTCTGCACAACTCCTCAGAAGCCATCAATAATATTCATCCCTTTCTTACCCTCATTTCAGAAGTCCATTTCCCTCCAATTTAACTTCAAATTCCGAAAACCCATATTCAAATTCAATCAGAAGAACACCGTCACCCTAACGGCAATCACCTGTTTGAAATCACGAAGTACATATGAAGCACCAGCAACGAATTCAAGTTACGCTGTCACTGCTCCATCATTGTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

391 aa · TkA05G447270|TK1151|PROTEIN

MASSMVPALSSSLCTTPQKPSIIFIPFLPSFQKSISLQFNFKFRKPIFKFNQKNTVTLTAITCLKSRSTYEAPATNSSYAVTAPSLSESNGHRNWIVVVKAPPPQHAVSKPDIIDYYVKILERVLGSEKEAQGCIYNASYDTHFGFCCDIDEETSQKLAGLPEVLSINPDPDFNSIQKDYTNEKTESLSSNKLKNWLVRVEMPPLAVITRAQLVDYYTQILTKVLGNEKDAQKCIYHISSQSNYGFCCEVNDEHANELSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G447270
TK1151 IDTkA05G447270
OH-1004 IDLXL04_022138
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G447270
位置Chr05:111840738-111843137 (-)
描述Similar to ORRM1: Organelle RRM domain-containing protein 1, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g20930 参与叶绿体 RNA 的 C 到 U 编辑。
An RNA recognition motif-containing protein is required for plastid RNA editing in Arabidopsis and maize.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1220162110
At1g73530 参与叶绿体 RNA 的 C 到 U 编辑。
An Organelle RNA Recognition Motif Protein Is Required for Photosystem II Subunit psbF Transcript Editing.2017 · DOI: 10.1104/pp.16.01623
At1g32580 参与细胞器RNA编辑。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0730800 参与叶绿体 RNA 的 C 到 U 编辑。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022138 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900871 chloroplast mRNA modification 生物过程
GO:1901002 positive regulation of response to salt stress 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G73530
ath:AT3G20930
ath:AT5G06210
dosa:Os02g0730800
osa:4330618
zma:100304402
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.947
排名 1 · TkA05G447270 · TK1151
线粒体0.064
排名 2 · TkA05G447270 · TK1151
细胞质0.045
排名 3 · TkA05G447270 · TK1151
细胞核0.035
排名 4 · TkA05G447270 · TK1151
过氧化物酶体0.023
排名 5 · TkA05G447270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21864MORF_dom93-184 aa
PF05922Inhibitor_I9109-170 aa
PF23045DUF7037142-154 aa
PF21864MORF_dom194-282 aa
PF05922Inhibitor_I9217-272 aa
PF00076RRM_1227-237 aa
PF23045DUF7037244-254 aa
PF16367RRM_7300-361 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G447270PF21864MORF_dom931844.5e-70232.3
TkA05G447270PF05922Inhibitor_I91091703e-0731.7
TkA05G447270PF23045DUF70371421540.001319.4
TkA05G447270PF21864MORF_dom1942824.5e-70232.3
TkA05G447270PF05922Inhibitor_I92172723e-0731.7
TkA05G447270PF00076RRM_12272375.9e-2071.6
TkA05G447270PF23045DUF70372442540.001319.4
TkA05G447270PF16367RRM_73003610.03314.9
TkA05G447270PF00076RRM_13023685.9e-2071.6
TkA05G447270PF28976RRM_ACIN13133640.1113.4
TkA05G447270PF21864MORF_dom3683794.5e-70232.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L440拟南芥sp|Q8L440|ORRM1_ARATH Organelle RRM domain-containing protein 1, chloroplastic56.200%Swiss-Prot高置信
Q9FX45拟南芥sp|Q9FX45|ORRM6_ARATH Organelle RRM domain-containing protein 6, chloroplastic50.600%Swiss-Prot低置信
Q9C7Y2拟南芥sp|Q9C7Y2|MORF5_ARATH Multiple organellar RNA editing factor 5, chloroplastic/mitochondrial47.200%Swiss-Prot低置信
Q6YWP9水稻sp|Q6YWP9|ORRM1_ORYSJ Organelle RRM domain-containing protein 1, chloroplastic55.400%Swiss-Prot高置信

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