TkA05G444050 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G444050

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 111013327-111021378 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6213 bp · TkA05G444050|TK1151|cDNA

GGACCCGTTATACAGATATACCCACTCCTCTCTCTCTCTCCTCCTCCCAAAAACAAAACTCCTCCCAGTAACGAGTTTCAGCTTGTTAAGAGTTCTTCTCTCTCTTCCAGAAATTAGGGTTCTTTGTCATGCTGTATGATTTGAAGATTCATGAAATTGGGTATGATTTAAAACTCATTTGATCTTCTGTTTGAAGAACCACCCTCTAATTTCCTTCTGTGGGGAAGGAAATTACGCATTTCTATATGAGATCAACTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1095 bp · TkA05G444050|TK1151|CDS

ATGGGAGGAGGTGGTCTAGCTTACGCCGCTGCTATTTGTGTGCTAACTTGCGCAATTCACGCCGTTCATGCAACACCCGACGACCCTGTAATAGTTCAAGTCACAGAGAATCCGAGCAACCACCTCCTCGGGACTCCGACGGAACACAAGTTCACGGCGTTTGTACAAGAACACGGGAAGAAATACTCTACGAGAGAGGAGTACCTGCACCGCCTCGGTGTATTTTCCAAGAATCTTCTTAGAGCTGCCGAACACCAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

364 aa · TkA05G444050|TK1151|PROTEIN

MGGGGLAYAAAICVLTCAIHAVHATPDDPVIVQVTENPSNHLLGTPTEHKFTAFVQEHGKKYSTREEYLHRLGVFSKNLLRAAEHQLLDPTAVHGVTPFSDLSAEEFESMYLGMKGGGLDRKNSVVGTAPPLEVDGLPEDFDWREKGAVTEVKMQGTCGSCWAFSTTGVIEGANFIATGNLRNLSEQQLVDCDHTCDSSEKDACDSGCSGGLMTNAYNYLMQAGGIQTEETYPYTGKAGECKFDPAKVAVKVANFSNIPT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G444050`
TK1151 ID	TkA05G444050
OH-1004 ID	LXL04_022083
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G444050

位置 Chr05:111013327-111021378 (-)

描述 Similar to RD19D: Probable cysteine protease RD19D

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54940`	可能的硫醇蛋白酶。	暂无已核实直接文献
`At4g39090`	推测硫酰蛋白酶（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At2g21430`	可能的硫醇蛋白酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022083 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0051603 proteolysis involved in protein catabolic process 生物过程

GO:0000323 lytic vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005764 lysosome 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G21430

ath:AT3G54940

ath:AT4G39090

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.703

排名 1 · TkA05G444050 · TK1151

细胞外0.186

排名 2 · TkA05G444050 · TK1151

细胞质0.181

排名 3 · TkA05G444050 · TK1151

细胞膜0.115

排名 4 · TkA05G444050 · TK1151

内质网0.111

排名 5 · TkA05G444050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13292DXP_synthase_N3-67 aa

PF08246Inhibitor_I2951-107 aa

PF00112Peptidase_C1137-361 aa

PF03051Peptidase_C1_2151-171 aa

PF03051Peptidase_C1_2316-344 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G444050	`PF13292`	DXP_synthase_N	3	67	0.11	12.5
TkA05G444050	`PF08246`	Inhibitor_I29	51	107	5.1e-13	49.9
TkA05G444050	`PF00112`	Peptidase_C1	137	361	2e-74	251.1
TkA05G444050	`PF03051`	Peptidase_C1_2	151	171	0.00066	19.3
TkA05G444050	`PF03051`	Peptidase_C1_2	316	344	0.00066	19.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VYS0`	拟南芥	sp\|Q8VYS0\|RD19D_ARATH Probable cysteine protease RD19D	67.000%	Swiss-Prot	高置信
`P43296`	拟南芥	sp\|P43296\|RD19A_ARATH Cysteine protease RD19A	56.000%	Swiss-Prot	高置信
`P43295`	拟南芥	sp\|P43295\|RD19B_ARATH Probable cysteine protease RD19B	54.800%	Swiss-Prot	高置信

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