TkA05G441600 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G441600

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 110274264-110274824 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

561 bp · TkA05G441600|TK1151|cDNA

ATGGCAGTAAGCAACAACATAATAGCCACCATAAACTTCATAGCACTCATGTGTTCAATCCCAATAATTGTCACCGGCATCTGGCTCGCTTCCAAACCCGACAACCAATGCATCCGCTCCCTCCCGTGGCCGATCATCTTCCTCGGGGTTCTCTTCCTCCTCCTCGCCCTCACAGGCTTCATCGGAGATCACTGGAACAACCAGGTGTTATTGTCCTTTTACCTCTTCTGCAACGCCGCACTCATAGTCACCGGAATCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

561 bp · TkA05G441600|TK1151|CDS

ATGGCAGTAAGCAACAACATAATAGCCACCATAAACTTCATAGCACTCATGTGTTCAATCCCAATAATTGTCACCGGCATCTGGCTCGCTTCCAAACCCGACAACCAATGCATCCGCTCCCTCCCGTGGCCGATCATCTTCCTCGGGGTTCTCTTCCTCCTCCTCGCCCTCACAGGCTTCATCGGAGATCACTGGAACAACCAGGTGTTATTGTCCTTTTACCTCTTCTGCAACGCCGCACTCATAGTCACCGGAATCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

186 aa · TkA05G441600|TK1151|PROTEIN

MAVSNNIIATINFIALMCSIPIIVTGIWLASKPDNQCIRSLPWPIIFLGVLFLLLALTGFIGDHWNNQVLLSFYLFCNAALIVTGIILLILAFIVVHPSGEYSVPGREYDEYRYMGYSEWLQEHISDPENWRSIRVCLASSSICTKWFAILILHRPEFFAARISSLQSGCCKPPKVCGYQYVNPIT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G441600`
TK1151 ID	TkA05G441600
OH-1004 ID	LXL04_018612
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	90.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 70.881 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G441600

位置 Chr05:110274264-110274824 (+)

描述 Similar to TET2: Tetraspanin-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19580`	可能参与细胞分化的调控。	暂无已核实直接文献
`At3g12090`	可能参与细胞分化的调控。	暂无已核实直接文献
`At1g18520`	可能参与细胞分化的调控。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018612 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009554 megasporogenesis 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009933 meristem structural organization 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0009956 radial pattern formation 生物过程

GO:0010015 root morphogenesis 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G19580

ath:AT3G45600

ath:AT4G28050

ath:AT4G30430

ath:AT5G46700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.497

排名 1 · TkA05G441600 · TK1151

溶酶体／液泡0.245

排名 2 · TkA05G441600 · TK1151

细胞质0.160

排名 3 · TkA05G441600 · TK1151

内质网0.122

排名 4 · TkA05G441600 · TK1151

高尔基体0.070

排名 5 · TkA05G441600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00335Tetraspanin6-181 aa

PF18967PycTM7-57 aa

PF04103CD2016-152 aa

PF01757Acyl_transf_316-95 aa

PF11384DUF318817-29 aa

PF17555TssN20-91 aa

PF20990DUF2207_C46-122 aa

PF18967PycTM48-127 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G441600	`PF00335`	Tetraspanin	6	181	2.7e-21	77.0
TkA05G441600	`PF18967`	PycTM	7	57	0.54	10.8
TkA05G441600	`PF04103`	CD20	16	152	6.9e-06	26.9
TkA05G441600	`PF01757`	Acyl_transf_3	16	95	0.0014	18.5
TkA05G441600	`PF11384`	DUF3188	17	29	8.1	7.0
TkA05G441600	`PF17555`	TssN	20	91	0.065	13.4
TkA05G441600	`PF20990`	DUF2207_C	46	122	0.072	13.5
TkA05G441600	`PF18967`	PycTM	48	127	0.54	10.8
TkA05G441600	`PF11384`	DUF3188	48	57	8.1	7.0
TkA05G441600	`PF11384`	DUF3188	81	96	8.1	7.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZUN5`	拟南芥	sp\|Q9ZUN5\|TET2_ARATH Tetraspanin-2	50.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C7C1`	拟南芥	sp\|Q9C7C1\|TET6_ARATH Tetraspanin-6	39.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LPR6`	拟南芥	sp\|Q9LPR6\|TET11_ARATH Tetraspanin-11	27.900%	Swiss-Prot	低置信

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