TkA05G438410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G438410

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 109448812-109454105 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

975 bp · TkA05G438410|TK1151|cDNA

ATGGATCGGCCGGCGAGTTTACTCGACGAAGCTCTAGGTTTCGAAGACGGCGACTCGAAAAGCCGGCAGCCACGGGAAGGACGCGTTGTTCTACTGGAGGACTGCGTCGAAACTAGCGGCGCGTTTGTGCTACACCACCTTATAAAACGGTTTCTCTCTCCTAATCATTCGTCCTCCGACAGTGTCGTCATTTTTGTAGCATTCGCTCAACCTTTTTCTCACTACGACCGTATCCTGCGTAAGATGGGTTGCAACTTAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

975 bp · TkA05G438410|TK1151|CDS

ATGGATCGGCCGGCGAGTTTACTCGACGAAGCTCTAGGTTTCGAAGACGGCGACTCGAAAAGCCGGCAGCCACGGGAAGGACGCGTTGTTCTACTGGAGGACTGCGTCGAAACTAGCGGCGCGTTTGTGCTACACCACCTTATAAAACGGTTTCTCTCTCCTAATCATTCGTCCTCCGACAGTGTCGTCATTTTTGTAGCATTCGCTCAACCTTTTTCTCACTACGACCGTATCCTGCGTAAGATGGGTTGCAACTTAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

324 aa · TkA05G438410|TK1151|PROTEIN

MDRPASLLDEALGFEDGDSKSRQPREGRVVLLEDCVETSGAFVLHHLIKRFLSPNHSSSDSVVIFVAFAQPFSHYDRILRKMGCNLAVQRENKRLIFFDMLMLECPDDDGTEGGLLALYGNIHKAVEFNSLNKNITIIIDDISLLEVAANGSTKDVLNFMHYCHTLTTQFGCTIITVIHDDIYSSEDGFTLPTQLEYLADITIKAEPLVTGLAADIHGQLTVLNKGLGRWKGKIRNFHYRVPSASNGDLSNYLKTIVALQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G438410`
TK1151 ID	TkA05G438410
OH-1004 ID	LXL04_021998
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.691 / OH-1004 74.041 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G438410

位置 Chr05:109448812-109454105 (-)

描述 Similar to ELP6: Elongator complex protein 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10090`	延伸子复合物的组分，是mcm5U（5-甲氧羰基甲基尿苷）、mcm5s2U（5-甲氧羰基甲基-2-硫代尿苷）及ncm5U（5-氨甲酰甲基尿苷）等多种tRNA修饰所必需的（基于相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g58440`	可能催化角鲨烯立体特异性氧化为 (S)-2,3-环氧角鲨烯，参与甾醇生物合成。	Arabidopsis thaliana squalene epoxidase 1 is essential for root and seed development.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m611831200 Identification of the Arabidopsis dry2/sqe1-5 mutant reveals a central role for sterols in drought tolerance and regulation of reactive oxygen species.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03849.x Analysis of the arabidopsis dry2/sqe1-5 mutant suggests a role for sterols in signaling.2009 · DOI: 10.4161/psb.4.9.9425
`At4g37760`	可能催化角鲨烯立体特异性氧化为 (S)-2,3-环氧角鲨烯，参与甾醇生物合成。	Arabidopsis thaliana squalene epoxidase 1 is essential for root and seed development.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m611831200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021998 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002098 tRNA wobble uridine modification 生物过程

GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009725 response to hormone 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0010015 root morphogenesis 生物过程

GO:0010016 shoot system morphogenesis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G58440

ath:AT2G22830

ath:AT4G10090

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.559

排名 1 · TkA05G438410 · TK1151

细胞核0.304

排名 2 · TkA05G438410 · TK1151

过氧化物酶体0.171

排名 3 · TkA05G438410 · TK1151

线粒体0.086

排名 4 · TkA05G438410 · TK1151

内质网0.059

排名 5 · TkA05G438410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09807ELP622-241 aa

PF10483Elong_Iki129-210 aa

PF06745ATPase50-204 aa

PF16836PSY3129-179 aa

PF08491SE239-323 aa

PF01494FAD_binding_3274-322 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G438410	`PF09807`	ELP6	22	241	8.6e-30	104.7
TkA05G438410	`PF10483`	Elong_Iki1	29	210	1.1e-05	25.8
TkA05G438410	`PF06745`	ATPase	50	204	0.0017	18.5
TkA05G438410	`PF16836`	PSY3	129	179	0.015	15.6
TkA05G438410	`PF08491`	SE	239	323	2.5e-30	106.2
TkA05G438410	`PF01494`	FAD_binding_3	274	322	0.19	11.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L9Y2`	拟南芥	sp\|Q8L9Y2\|ELP6_ARATH Elongator complex protein 6	53.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SM02`	拟南芥	sp\|Q9SM02\|ERG14_ARATH Squalene epoxidase 1	70.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q8VYH2`	拟南芥	sp\|Q8VYH2\|ERG16_ARATH Squalene epoxidase 3	61.900%	Swiss-Prot	低置信

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