TkA05G437430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G437430

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 109234036-109234963 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

453 bp · TkA05G437430|TK1151|cDNA

ATGCCTCCCAAACAATCGAAATCCGAGGCACTTCAGCAGAATGTTGTACCCAAACCCGATGCGTCCAACTCGCTGCTAAGGAAAAAGAAGGACGAAGAAAAAGCTAGAGAGAAGGAATTGAATGAGTTGTTTAAGATTGCTGTCGTTCAACCTAAAGTACCTCCCGGTGTGGATCCAAAGTCTATTCTGTGCGAGTTTTTCAAGGCTGGCCAGTGTGCAAAAGGTTTCAAATGCAAGTTCTCTCATGACCTAAATGTACA...

CDS

下载 CDS FASTA

453 bp · TkA05G437430|TK1151|CDS

ATGCCTCCCAAACAATCGAAATCCGAGGCACTTCAGCAGAATGTTGTACCCAAACCCGATGCGTCCAACTCGCTGCTAAGGAAAAAGAAGGACGAAGAAAAAGCTAGAGAGAAGGAATTGAATGAGTTGTTTAAGATTGCTGTCGTTCAACCTAAAGTACCTCCCGGTGTGGATCCAAAGTCTATTCTGTGCGAGTTTTTCAAGGCTGGCCAGTGTGCAAAAGGTTTCAAATGCAAGTTCTCTCATGACCTAAATGTACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

150 aa · TkA05G437430|TK1151|PROTEIN

MPPKQSKSEALQQNVVPKPDASNSLLRKKKDEEKAREKELNELFKIAVVQPKVPPGVDPKSILCEFFKAGQCAKGFKCKFSHDLNVQRKGEKIDIFSDKRDGEDTMEEWDQEMLEKVIESKGKEYNQNKPTDIVCFLNFKPHISIKYMFI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G437430`
TK1151 ID	TkA05G437430
OH-1004 ID	LXL04_021987
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	79.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.000 / OH-1004 44.809 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G437430

位置 Chr05:109234036-109234963 (-)

描述 Similar to Os01g0834700: Zinc finger CCCH domain-containing protein 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g20280`	含锌指CCCH结构域的蛋白21。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0834700`	含锌指CCCH结构域的蛋白11。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021987 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G20280

cel:CELE_F27D4.4

ddi:DDB_G0292410

dosa:Os01g0834700

sce:YOR091W

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.738

排名 1 · TkA05G437430 · TK1151

细胞质0.325

排名 2 · TkA05G437430 · TK1151

线粒体0.023

排名 3 · TkA05G437430 · TK1151

细胞膜0.016

排名 4 · TkA05G437430 · TK1151

内质网0.014

排名 5 · TkA05G437430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16131Torus58-96 aa

PF00642zf-CCCH60-83 aa

PF22623zf-CCCH_962-83 aa

PF25585zf-CCCH_DUS3L63-85 aa

PF18044zf-CCCH_463-83 aa

PF25261zf-CCCH_PARP1263-86 aa

PF18345zf_CCCH_464-82 aa

PF14608zf-CCCH_264-82 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G437430	`PF16131`	Torus	58	96	2e-05	25.8
TkA05G437430	`PF00642`	zf-CCCH	60	83	0.00026	21.5
TkA05G437430	`PF22623`	zf-CCCH_9	62	83	0.028	14.9
TkA05G437430	`PF25585`	zf-CCCH_DUS3L	63	85	1.6e-05	25.5
TkA05G437430	`PF18044`	zf-CCCH_4	63	83	0.003	18.0
TkA05G437430	`PF25261`	zf-CCCH_PARP12	63	86	0.0067	17.3
TkA05G437430	`PF18345`	zf_CCCH_4	64	82	0.0063	17.3
TkA05G437430	`PF14608`	zf-CCCH_2	64	82	0.042	15.1
TkA05G437430	`PF16131`	Torus	89	112	2e-05	25.8
TkA05G437430	`PF22623`	zf-CCCH_9	104	117	0.028	14.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SK74`	拟南芥	sp\|Q9SK74\|C3H21_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 21	72.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q0JHZ2`	水稻	sp\|Q0JHZ2\|C3H11_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 11	71.700%	Swiss-Prot	高置信

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