TkA05G434900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G434900

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 108553745-108557573 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2161 bp · TkA05G434900|TK1151|cDNA

TAATGACATTTACATGTATTTCATTACTACAAAAAGCTACGGTCTTTATTCATAATCTCAATGGAATCTGTAAACCCTAAATTCAAGATTTGGCATCTCTGTTACATCAGCACCCAAAAACCAGATCATGTGTGAGAGAATCAGGCAGGCGGCAGGCCATTTGACCGCTTTCTTTCCCCCACCCTTTCCCGCGTTCCATTAATGCCCCAACACTCCTCACATACTTTTCTTCACCGCCGCAACAAAACCCTTCTTTCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1425 bp · TkA05G434900|TK1151|CDS

ATGAACTCCAATTATTCATTATCACGTACCCTTACAGACATTCTTTTTGTGGTCAACCCCACACACGATGATTGGTCAAAGAGGTTTCAAATCATTAATGATCTTCGGTCCGTTATTGAAAGTTTGGAAATTCTTAGAGGGGCAACCGTGGAACCTTTCGGATCATTTGTCTCTAATCTTTTCACAAAATGGGGCGATTTAGACATTTCCATTGAATTACCAAATGGTTCTTATATCTCATCCGTGGGTAAAAAGTACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

474 aa · TkA05G434900|TK1151|PROTEIN

MNSNYSLSRTLTDILFVVNPTHDDWSKRFQIINDLRSVIESLEILRGATVEPFGSFVSNLFTKWGDLDISIELPNGSYISSVGKKYKQSLLLDVLKALKRRGGFHGIKYISHARVPILKCDSNKDNISCDISINNLTGQMKSKMLFWVNEIDGRFRDMVLLVKEWAKAHGINDPKTGTLNSYSLSLLIIFHFQTCEPPILPPLSEVYPRNMAGDLFGVRAAAEKNIEETCNLSITRIKSDKSRRANTSPLADLFLSFLEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G434900`
TK1151 ID	TkA05G434900
OH-1004 ID	LXL04_021915
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 92.231 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G434900

位置 Chr05:108553745-108557573 (+)

描述 Similar to HESO1: Protein HESO1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39740`	将小RNA尿苷化以触发其降解。	Uridylation of miRNAs by hen1 suppressor1 in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1016/j.cub.2012.02.052 The Arabidopsis nucleotidyl transferase HESO1 uridylates unmethylated small RNAs to trigger their degradation.2012 · DOI: 10.1016/j.cub.2012.02.051 Methylation protects microRNAs from an AGO1-associated activity that uridylates 5' RNA fragments generated by AGO1 cleavage.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1405083111 Synergistic and independent actions of multiple terminal nucleotidyl transferases in the 3' tailing of small RNAs in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005091 Distinct and cooperative activities of HESO1 and URT1 nucleotidyl transferases in microRNA turnover in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005119

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021915 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0000965 mitochondrial RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010587 miRNA catabolic process 生物过程

GO:0010605 negative regulation of macromolecule metabolic process 生物过程

GO:0031123 RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0071044 histone mRNA catabolic process 生物过程

GO:0097222 mitochondrial mRNA polyadenylation 生物过程

GO:1900369 negative regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39740

ath:AT2G45620

dme:Dmel_CG5732

hsa:55149

spo:2539762

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.533

排名 1 · TkA05G434900 · TK1151

细胞质0.462

排名 2 · TkA05G434900 · TK1151

细胞膜0.060

排名 3 · TkA05G434900 · TK1151

内质网0.048

排名 4 · TkA05G434900 · TK1151

溶酶体／液泡0.037

排名 5 · TkA05G434900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22600MTPAP-like_central7-145 aa

PF19088TUTase21-132 aa

PF01909NTP_transf_242-85 aa

PF10421OAS1_C148-192 aa

PF26180PAP-OAS1155-206 aa

PF26180PAP-OAS1295-332 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G434900	`PF22600`	MTPAP-like_central	7	145	6.2e-24	85.4
TkA05G434900	`PF19088`	TUTase	21	132	3.6e-06	27.5
TkA05G434900	`PF01909`	NTP_transf_2	42	85	0.00023	22.2
TkA05G434900	`PF10421`	OAS1_C	148	192	0.19	12.0
TkA05G434900	`PF26180`	PAP-OAS1	155	206	0.041	14.3
TkA05G434900	`PF26180`	PAP-OAS1	295	332	0.041	14.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5XET5`	拟南芥	sp\|Q5XET5\|HESO1_ARATH Protein HESO1	56.500%	Swiss-Prot	高置信

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