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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G425810
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 106187957-106190425 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2203 bp · TkA05G425810|TK1151|cDNA

GGTAAAGTTCGGTGGCTATTTTAAGCATTTCACCAAAACAATGACTTCAAACGTTCAACGTCAATAGTCGCCGTCAAACGCCGTGTTAACATGCAGTGCCGGCAGTGATATCTATCACTCCGCCATCGTTCGTCTACACTACACTCAAACTCGAACCCCATTGTTTTAATCGTATTTCTTCAGGATAAGATTCCGATAACATACCTCCAAATCACTTCAAATCCTGTACATTCTCTCAAATCAGTTCGCGAATTAGATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1566 bp · TkA05G425810|TK1151|CDS

ATGATGGCATATGAGAATCAGGACATGGAATCCCTTGTTCTTCACGACGACGGTAATAACAATCAGTTGTCGAAATCCAACGGTAGAGATGATAATCAACGCCGCTATCCTCGCTCATCACCTGTACCGTTTGCAGAAATTTTGACCTATGATGACGGCGACGATCCTGTACATTCATTATCTGCTCACAACTCGTTCAATTCGTTCCTCGAGCCTCCTTCTTACGCGGAGGCAGTATTCAGATCGTTCGATGGACATCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

521 aa · TkA05G425810|TK1151|PROTEIN

MMAYENQDMESLVLHDDGNNNQLSKSNGRDDNQRRYPRSSPVPFAEILTYDDGDDPVHSLSAHNSFNSFLEPPSYAEAVFRSFDGHHFKQINDHGAVSTSISSDYLKILVTDPREEEDLVAGGKTYVTYLITTWTNLPEFNGTEFSLRRRFKDIVTLSDRLSDSYRGYFIPIRPDKSVVGKQVMNKQEFVEQRKTALEKYLRKLAAHPVIRRSEELRVFLQVHGKLPLIVTTSKMFDAAVKLPKQLFGESLESAKGGGDL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G425810
TK1151 IDTkA05G425810
OH-1004 IDLXL04_012188
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)74.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 92.898 / OH-1004 89.912
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G425810
位置Chr05:106187957-106190425 (-)
描述Similar to SNX2A: Sorting nexin 2A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g58440 在囊泡蛋白筛选中发挥作用（由相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At5g07120 在囊泡蛋白分选中发挥作用。
Overexpression of Arabidopsis sorting nexin AtSNX2b inhibits endocytic trafficking to the vacuole.2008 · DOI: 10.1093/mp/ssn057
At5g06140 在囊泡蛋白分选中发挥作用。
AtSNX1 defines an endosome for auxin-carrier trafficking in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1038/nature05046
Evidence for a sorting endosome in Arabidopsis root cells.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03338.x
Differential degradation of PIN2 auxin efflux carrier by retromer-dependent vacuolar targeting.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0808073105
BLOS1, a putative BLOC-1 subunit, interacts with SNX1 and modulates root growth in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1242/jcs.069732
Analyses of sorting nexins reveal distinct retromer-subcomplex functions in development and protein sorting in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.078451

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012188 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程
GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程
GO:0009958 positive gravitropism 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0031623 receptor internalization 生物过程
GO:0032502 developmental process 生物过程
GO:0034498 early endosome to Golgi transport 生物过程
GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程
GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G06140
ath:AT5G07120
ath:AT5G58440
hsa:6642
mmu:56440
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.466
排名 1 · TkA05G425810 · TK1151
细胞膜0.238
排名 2 · TkA05G425810 · TK1151
高尔基体0.207
排名 3 · TkA05G425810 · TK1151
细胞核0.160
排名 4 · TkA05G425810 · TK1151
溶酶体／液泡0.130
排名 5 · TkA05G425810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08898DUF184390-102 aa
PF00787PX139-222 aa
PF30974DUF8772157-206 aa
PF09325Vps5181-203 aa
PF08898DUF1843246-262 aa
PF14834GST_C_4259-349 aa
PF30974DUF8772260-318 aa
PF09325Vps5279-509 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G425810PF08898DUF1843901020.1813.2
TkA05G425810PF00787PX1392221.1e-1765.1
TkA05G425810PF30974DUF87721572060.113.3
TkA05G425810PF09325Vps51812035.2e-1453.1
TkA05G425810PF08898DUF18432462620.1813.2
TkA05G425810PF14834GST_C_42593490.1413.0
TkA05G425810PF30974DUF87722603180.113.3
TkA05G425810PF09325Vps52795095.2e-1453.1
TkA05G425810PF14712Snapin_Pallidin2973480.2212.7
TkA05G425810PF28396SepQ_C3023440.2112.3
TkA05G425810PF08898DUF18433053340.1813.2
TkA05G425810PF30974DUF87723713950.113.3
TkA05G425810PF28396SepQ_C3714280.2112.3
TkA05G425810PF14712Snapin_Pallidin3794280.2212.7
TkA05G425810PF08898DUF18434084250.1813.2
TkA05G425810PF14712Snapin_Pallidin4084540.2212.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L5Z7拟南芥sp|Q8L5Z7|SNX2A_ARATH Sorting nexin 2A55.200%Swiss-Prot高置信
B9DFS6拟南芥sp|B9DFS6|SNX2B_ARATH Sorting nexin 2B55.000%Swiss-Prot高置信
Q9FG38拟南芥sp|Q9FG38|SNX1_ARATH Sorting nexin 126.300%Swiss-Prot低置信

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