TkA05G418710 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G418710

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 104311836-104312974 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

675 bp · TkA05G418710|TK1151|cDNA

ATGACGAGGCAAACATCCTGTTTGTGTGCATTCAGTCACCATAGCTCAAAAACTTTTTCTTTTGAGCTTAATGGCGAGAAGATTGACCCAAACCTAATAAGTCAAAGTAATGGGAAAGAGAAAGAAGACGATCATCTTGAGCGTCTGAATAGCAATTGCTCTTCATCCAGACCATGCAACAAGAGCTCTAGAAGAACTATTAGTTTTAAGCTTAATGGCGAGAAGATTGATCCAAACCTAGTTGATCAAAGTGATGATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

675 bp · TkA05G418710|TK1151|CDS

ATGACGAGGCAAACATCCTGTTTGTGTGCATTCAGTCACCATAGCTCAAAAACTTTTTCTTTTGAGCTTAATGGCGAGAAGATTGACCCAAACCTAATAAGTCAAAGTAATGGGAAAGAGAAAGAAGACGATCATCTTGAGCGTCTGAATAGCAATTGCTCTTCATCCAGACCATGCAACAAGAGCTCTAGAAGAACTATTAGTTTTAAGCTTAATGGCGAGAAGATTGATCCAAACCTAGTTGATCAAAGTGATGATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

224 aa · TkA05G418710|TK1151|PROTEIN

MTRQTSCLCAFSHHSSKTFSFELNGEKIDPNLISQSNGKEKEDDHLERLNSNCSSSRPCNKSSRRTISFKLNGEKIDPNLVDQSDDQKEKVDDHVNIGNSLSLYNYMEDLDAFNNEPDFMDSGYLSDGHVNGSRHYIHDKNKGSPWTIDEHKSFLMGLEKLGKGRWRGISEKYVKSRTATQVASHAQKYFNRIKAPDKGRRRSSLFDMSNESVKDLGLLCATIK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G418710`
TK1151 ID	TkA05G418710
OH-1004 ID	LXL04_021757
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G418710

位置 Chr05:104311836-104312974 (+)

描述 Similar to At5g61620: Probable transcription factor At5g61620

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61620`	可能参与体细胞胚胎发生的转录因子。	Stress-related function of bHLH109 in somatic embryo induction in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1016/j.jplph.2016.02.012
`At5g47390`	转录阻遏蛋白。	A novel Arabidopsis MYB-like transcription factor, MYBH, regulates hypocotyl elongation by enhancing auxin accumulation.2013 · DOI: 10.1093/jxb/ert223 Transcriptional control of ROS homeostasis by KUODA1 regulates cell expansion during leaf development.2014 · DOI: 10.1038/ncomms4767 A single-repeat MYB transcription repressor, MYBH, participates in regulation of leaf senescence in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1007/s11103-015-0321-2

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0561400`	与基因启动子中的 5'-TATCCA-3' 元件结合的转录阻遏蛋白。	Three novel MYB proteins with one DNA binding repeat mediate sugar and hormone regulation of alpha-amylase gene expression.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001735 A novel MYBS3-dependent pathway confers cold tolerance in rice.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.153015
`UniProt: B8BI93`	与基因启动子中的 5'-TATCCA-3' 元件结合的转录激活剂。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021757 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0030307 positive regulation of cell growth 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G47390

ath:AT5G61620

dosa:Os10g0562100

osa:4349391

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.929

排名 1 · TkA05G418710 · TK1151

细胞质0.136

排名 2 · TkA05G418710 · TK1151

细胞膜0.032

排名 3 · TkA05G418710 · TK1151

内质网0.015

排名 4 · TkA05G418710 · TK1151

线粒体0.012

排名 5 · TkA05G418710 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30085Elba3_N18-50 aa

PF30085Elba3_N59-88 aa

PF30085Elba3_N120-136 aa

PF00249Myb_DNA-binding145-190 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G418710	`PF30085`	Elba3_N	18	50	0.053	14.8
TkA05G418710	`PF30085`	Elba3_N	59	88	0.053	14.8
TkA05G418710	`PF30085`	Elba3_N	120	136	0.053	14.8
TkA05G418710	`PF00249`	Myb_DNA-binding	145	190	2e-10	41.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKF9`	拟南芥	sp\|Q9FKF9\|M5162_ARATH Probable transcription factor At5g61620	56.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LVS0`	拟南芥	sp\|Q9LVS0\|KUA1_ARATH Transcription factor KUA1	56.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q7XC57`	水稻	sp\|Q7XC57\|MYBS3_ORYSJ Transcription factor MYBS3	58.500%	Swiss-Prot	低置信
`B8BI93`	水稻	sp\|B8BI93\|MYBS2_ORYSI Transcription factor MYBS2	60.800%	Swiss-Prot	低置信

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