TkA05G412140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G412140

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 102519180-102522037 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1020 bp · TkA05G412140|TK1151|cDNA

AAAAAAATCAGCAAACCGGAGGACTATTTTGCAACTTTTTAAATATTAAAATCTAGTGACCTGACTACTTGTTGGGTTCGGCCCTTTTCCTTTCTACACATCCAGGGCCCGTCCAGCTAGCTTCCGATTAACCGCCGGTGGAAACACCGTGCCTTACTCGCTGTCAGCCTACTCGCATCCACCACCATGTCTGGTTCGCTAGGGCGGAAAGTACAAGTCGAGGTTAACTCCTCCGATGCAGGAGACGATGATGATACGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

660 bp · TkA05G412140|TK1151|CDS

ATGTCTGGTTCGCTAGGGCGGAAAGTACAAGTCGAGGTTAACTCCTCCGATGCAGGAGACGATGATGATACGGCGAAAGCAGATCTCGGCAACGATGAACCCACACCGTCCGACGGCAGCGTCGCAGAAGATCACGATCCTTTCTCCGGGGGTAAAGTCCGTAGGAGAGCATCAATTGCCAGAAGTTTCAAAGGTGATTATGTTGATGTTCGTTCCAAGCCCTATCTCATGAAAATTCTCGAAAAACAAGGTGACAGGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

219 aa · TkA05G412140|TK1151|PROTEIN

MSGSLGRKVQVEVNSSDAGDDDDTAKADLGNDEPTPSDGSVAEDHDPFSGGKVRRRASIARSFKGDYVDVRSKPYLMKILEKQGDRGVIFADKVLKFTGSGKMKRRILIITDSALYVVDSETYTLKRRIALAAVEKLCLSELSDNFISVIVPTEYDLLMASTHKTEIVSLLVESMKTTSNYELEVHLSNRFEYHATAEIIKEIQFEEVEGGIRTRIVNK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G412140`
TK1151 ID	TkA05G412140
OH-1004 ID	LXL04_021621
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G412140`
位置	Chr05:102519180-102522037 (+)
描述	Similar to myoB: Myosin IB heavy chain
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_021621` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006887 exocytosis 生物过程 GO:0006897 endocytosis 生物过程 GO:0006907 pinocytosis 生物过程 GO:0006909 phagocytosis 生物过程 GO:0006911 phagocytosis, engulfment 生物过程 GO:0006935 chemotaxis 生物过程 GO:0007015 actin filament organization 生物过程 GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程 GO:0016197 endosomal transport 生物过程 GO:0030036 actin cytoskeleton organization 生物过程 GO:0030041 actin filament polymerization 生物过程 GO:0031270 pseudopodium retraction 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0275447 ddi:DDB_G0276617 ddi:DDB_G0289117 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.600

排名 1 · TkA05G412140 · TK1151

细胞膜0.365

排名 2 · TkA05G412140 · TK1151

细胞核0.188

排名 3 · TkA05G412140 · TK1151

高尔基体0.092

排名 4 · TkA05G412140 · TK1151

溶酶体／液泡0.057

排名 5 · TkA05G412140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06017Myosin_TH154-207 aa

PF16203ERCC3_RAD25_C72-148 aa

PF14593PH_386-163 aa

PF26659PH_DUOX101-185 aa

PF12456hSac2101-139 aa

PF12456hSac2129-192 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G412140	`PF06017`	Myosin_TH1	54	207	4.9e-36	124.9
TkA05G412140	`PF16203`	ERCC3_RAD25_C	72	148	0.17	11.9
TkA05G412140	`PF14593`	PH_3	86	163	0.022	15.5
TkA05G412140	`PF26659`	PH_DUOX	101	185	0.0066	16.7
TkA05G412140	`PF12456`	hSac2	101	139	0.079	13.2
TkA05G412140	`PF12456`	hSac2	129	192	0.079	13.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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