RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G408500
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 101583928-101587733 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2263 bp · TkA05G408500|TK1151|cDNA

CTACAAACATCTAGATTACTTGAACATAATGAGAAGTAAAATCGACATCACTCTGTTTGTATCTTGAATCCGATAGCGACCCATTCAGATATTCAGCTCCGTCATCCTCTTCCTCAACTAATCTATTCAGACCTCAAAAACTCCCAAATTTCCCTCGAATAATTCAGTCCTTTTGTGTTTCTTGTTTCTATTCCTCAAAATATCTCACAGATTTCCAACAATCGCCGATCTTTGTTACTATCGTGTTAGAATTTGATGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1044 bp · TkA05G408500|TK1151|CDS

ATGGGGCCAACTGGTTCAGGGAAGACGCTTCTTGCAAAAACATTGGCGCGATTAGTGAACGTTCCTTTTGTGATTGCAGATGCTACTACACTCACCCAGGCAGGGTATGTTGGAGAAGATGTGGAATCAATTCTATACAAGCTCTTGACTGTGGCTGATTATAATGTTGCAGCTGCACAACAGGGGATTGTGTATATAGACGAAGTCGACAAGATTACAAAGAAGGCTGAAAGCGTTAACATTAGTAGAGATGTTTCTGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

347 aa · TkA05G408500|TK1151|PROTEIN

MGPTGSGKTLLAKTLARLVNVPFVIADATTLTQAGYVGEDVESILYKLLTVADYNVAAAQQGIVYIDEVDKITKKAESVNISRDVSGEGVQQALLKMLEGTIVNVPEKGARKHPRGDNIQIDTKDILFICGGAFIDLEKTISERRQDSSIGFGAPVRANMRTGGVTTAAVTSSLLETVESSDLIAYGLIPEFVGRFPVLVNLLALTENQLVQVLTEPKNALGKQYKKLFQMNEVNLHYTESALRLIAKKAITKNTGARGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G408500
TK1151 IDTkA05G408500
OH-1004 IDLXL04_031787
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)82.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 91.643 / OH-1004 46.165
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G408500
位置Chr05:101583928-101587733 (+)
描述Similar to CLPX3: CLP protease regulatory subunit CLPX3, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g53350 线粒体Clp蛋白酶的ATP依赖性特异性组分。 暂无已核实直接文献
At1g33360 线粒体Clp蛋白酶的ATP依赖性特异性组分。 暂无已核实直接文献
At5g49840 线粒体Clp蛋白酶的ATP依赖性特异性组分。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031787 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:0051603 proteolysis involved in protein catabolic process 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分
GO:0009376 HslUV protease complex 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0008233 peptidase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能
GO:0046983 protein dimerization activity 分子功能
GO:0051082 unfolded protein binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
aae:aq_1337
ath:AT1G33360
ath:AT5G49840
ath:AT5G53350
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.577
排名 1 · TkA05G408500 · TK1151
细胞核0.381
排名 2 · TkA05G408500 · TK1151
线粒体0.088
排名 3 · TkA05G408500 · TK1151
细胞膜0.053
排名 4 · TkA05G408500 · TK1151
内质网0.044
排名 5 · TkA05G408500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07724AAA_21-198 aa
PF13401AAA_221-72 aa
PF13173AAA_141-84 aa
PF01078Mg_chelatase1-19 aa
PF13238AAA_181-67 aa
PF05496RuvB_N1-79 aa
PF00005ABC_tran1-21 aa
PF00004AAA2-104 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G408500PF07724AAA_211986.4e-2898.6
TkA05G408500PF13401AAA_221720.0009820.2
TkA05G408500PF13173AAA_141840.009816.6
TkA05G408500PF01078Mg_chelatase1190.01515.4
TkA05G408500PF13238AAA_181670.04714.9
TkA05G408500PF05496RuvB_N1790.06213.8
TkA05G408500PF00005ABC_tran1210.1413.5
TkA05G408500PF00004AAA21042.1e-1351.6
TkA05G408500PF07728AAA_52750.0005520.7
TkA05G408500PF00493MCM2770.05713.2
TkA05G408500PF01078Mg_chelatase55760.01515.4
TkA05G408500PF07579DUF1548881080.2112.7
TkA05G408500PF10431ClpB_D2-small2052766.2e-1142.9
TkA05G408500PF07579DUF15482232930.2112.7
TkA05G408500PF13173AAA_142272560.009816.6
TkA05G408500PF13401AAA_222622710.0009820.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FK07拟南芥sp|Q9FK07|CLPX1_ARATH CLP protease regulatory subunit CLPX1, mitochondrial84.800%Swiss-Prot高置信
Q66GN9拟南芥sp|Q66GN9|CLPX3_ARATH CLP protease regulatory subunit CLPX3, mitochondrial80.300%Swiss-Prot高置信
F4K7F6拟南芥sp|F4K7F6|CLPX2_ARATH CLP protease regulatory subunit CLPX2, mitochondrial71.700%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看