RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G408490
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 101576910-101583358 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3657 bp · TkA05G408490|TK1151|cDNA

ATTTCACTCATTTAAAAGATCAAGAAACCACTTAGGTTTTTGTAAACTGTCAGTAGTCAGTGATCACCGTATAAGTCTGTACTACACACCCGTTTGTTGTTCAATTTGAGCTGCAAACTCTTAGTTTTTGAAAAAAAGATACATTCTTTAGAAGATAAAGATTCTGTCTTTTTGTATTATCAAGAATCGTATACCCAACCCAATCAATGCGGCTTCCTCAATCAGATTATTAACGGAAATGGAAGAAATTGCTGCTAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

3222 bp · TkA05G408490|TK1151|CDS

ATGGAAGAAATTGCTGCTAATGAACAAGATTGTGTTAGAAATGTCGATGTGGTGATTGAAAATGTAATTACTGAAGCTGAAACGGATAAACCCCTCTCCGACGATGTAAAATTGGAAGTTGTAAGTGAAGAAAATGGTGTTCTTATTGAGATGAAAGACGTGGTTCATGTTGAGAAGAATAAGAGGCAACGCTGCGGGTCCGGTGATCGATCAGGTTCAGAAAACAGGGTGATAGTTGTTGGTCTTCGTTGTGCTAAACT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1073 aa · TkA05G408490|TK1151|PROTEIN

MEEIAANEQDCVRNVDVVIENVITEAETDKPLSDDVKLEVVSEENGVLIEMKDVVHVEKNKRQRCGSGDRSGSENRVIVVGLRCAKLNYEKFTKRCRPRGLTRKRKFPGNEACEQIRVDDIPVVNEKKKKKKAKKKRMKLILDAKGVGIKIRDKVRPKGSKSEKKKLAIGGDDEIPIVAIKTGHRGRPFGAKDKKKRHRTCLRKSVTDVNEHENNGEKEDQSGVGDCKGKNIRKPRLIVAGEILPCSDVKIVKKLDPSIR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G408490
TK1151 IDTkA05G408490
OH-1004 IDLXL04_003825
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)46.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 70.550 / OH-1004 63.460
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G408490
位置Chr05:101576910-101583358 (+)
描述Similar to JMJ25: Lysine-specific demethylase JMJ25
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g00990 组蛋白去甲基酶，可去甲基化组蛋白H3的'Lys-9'(H3K9me)，对H3K9me1和H3K9me2具有特异性活性。
JMJ27, an Arabidopsis H3K9 histone demethylase, modulates defense against Pseudomonas syringae and flowering time.2017 · DOI: 10.1111/tpj.13623
JMJ27-mediated histone H3K9 demethylation positively regulates drought-stress responses in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1111/nph.17593
At1g62310 可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。 暂无已核实直接文献
At1g11950 可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。 暂无已核实直接文献
At3g07610 组蛋白去甲基酶，去甲基化组蛋白 H3 的 'Lys-9' (H3K9me)，特别针对 H3K9me2 和 H3K9me1。
Control of genic DNA methylation by a jmjC domain-containing protein in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1126/science.1150987
An Arabidopsis jmjC domain protein protects transcribed genes from DNA methylation at CHG sites.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2009.59
Autocatalytic differentiation of epigenetic modifications within the Arabidopsis genome.2010 · DOI: 10.1038/emboj.2010.227
DNA methylation in an intron of the IBM1 histone demethylase gene stabilizes chromatin modification patterns.2012 · DOI: 10.1038/emboj.2012.141
IBM1, a JmjC domain-containing histone demethylase, is involved in the regulation of RNA-directed DNA methylation through the epigenetic control of RDR2 and DCL3 expression in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks647
SHOOT GROWTH1 maintains Arabidopsis epigenomes by regulating IBM1.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0084687
Demethylation of ERECTA receptor genes by IBM1 histone demethylase affects stomatal development.2016 · DOI: 10.1242/dev.129932
Contrasting epigenetic control of transgenes and endogenous genes promotes post-transcriptional transgene silencing in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1038/s41467-021-22995-3
The arabidopsis GyraseB3 contributes to transposon silencing by promoting histone deacetylation.2025 · DOI: 10.1093/nar/gkaf985
At1g09060 可能结合组蛋白 H3，但因无法结合 Fe²⁺ 而丧失去甲基化酶活性。
JMJ24 binds to RDR2 and is required for the basal level transcription of silenced loci in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12924
JMJ24 targets CHROMOMETHYLASE3 for proteasomal degradation in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1101/gad.274647.115
A JUMONJI Protein with E3 Ligase and Histone H3 Binding Activities Affects Transposon Silencing in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01688

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003825 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11950
ath:AT1G62310
ath:AT3G07610
ath:AT4G00990
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.936
排名 1 · TkA05G408490 · TK1151
细胞质0.114
排名 2 · TkA05G408490 · TK1151
细胞膜0.029
排名 3 · TkA05G408490 · TK1151
线粒体0.015
排名 4 · TkA05G408490 · TK1151
内质网0.012
排名 5 · TkA05G408490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22038PRC2_EED_ins193-219 aa
PF10497zf-4CXXC_R1296-355 aa
PF10497zf-4CXXC_R1421-455 aa
PF27580EVI5573-621 aa
PF22038PRC2_EED_ins576-603 aa
PF10497zf-4CXXC_R1665-683 aa
PF02373JmjC888-985 aa
PF07883Cupin_2959-976 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G408490PF22038PRC2_EED_ins1932190.1512.8
TkA05G408490PF10497zf-4CXXC_R12963550.0001123.1
TkA05G408490PF10497zf-4CXXC_R14214550.0001123.1
TkA05G408490PF27580EVI55736210.1312.6
TkA05G408490PF22038PRC2_EED_ins5766030.1512.8
TkA05G408490PF10497zf-4CXXC_R16656830.0001123.1
TkA05G408490PF02373JmjC8889853.2e-1557.3
TkA05G408490PF07883Cupin_29599760.1812.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VYB9拟南芥sp|Q8VYB9|JMJ27_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ2749.600%Swiss-Prot中等置信
C0SV12拟南芥sp|C0SV12|JMJ29_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ2944.100%Swiss-Prot中等置信
C0SUU8拟南芥sp|C0SUU8|JMJ26_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ2642.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SSE9拟南芥sp|Q9SSE9|JMJ25_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ2539.400%Swiss-Prot中等置信
F4HZD1拟南芥sp|F4HZD1|JMJ24_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase JMJ2436.100%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看