TkA05G400640 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G400640

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 99656467-99658789 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1088 bp · TkA05G400640|TK1151|cDNA

AAGGAAGGGGATAAACAACAAGAAACACGTCATCTCTGCCATTAAAAATTCATCCCATTTTTGTTCATACCAATCAAAATCAATTGCTTAATCCGAACGTGGTGGTGTGCTTCAATTTCAAGGTGTAATCAAACCCCAATTTTCTATCCGCCGAGAAATCAATCACCGTCATCAGGTGTAATCTGTATCTGTAATTCTAGTGTTTATCCCAAAAAGCTGTGATCCTTAATACAATAGATCCTTTTCCAATGGCCAAAGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

837 bp · TkA05G400640|TK1151|CDS

ATGGCCAAAGGCGACGCCGCCGGAGAAATCATGCTGACTTCAGGAGCCAGTGGGCGTGTAACCGCGCTCCTCTCTATGCAAGTTTTGAAGAGCTTTTTGATGCTCGTGAACGCCTTTCTTCTGTTGCTATTTTGCCCGTTTCGGGGACGGAAGCGGTGTCATTCGGGGCAATTGCCGATGTCGGATAAGGGTGGGAAGGATGAGAAACAGGAGGTGGGATTGGTGAATGGTAATAATACCAACAATCGGAAGGGGGGAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

278 aa · TkA05G400640|TK1151|PROTEIN

MAKGDAAGEIMLTSGASGRVTALLSMQVLKSFLMLVNAFLLLLFCPFRGRKRCHSGQLPMSDKGGKDEKQEVGLVNGNNTNNRKGGVPVMRVPSTIVSWKSSASAAVAVDHEVAIRRALAIRKVTDGGDVCRREFSLFVTPRGETMFTQSWTPISVNSRAVVVVLHGLNEHSGRYDEFAKQLNGHGYKVYGMDWVGHGGSDGLHAYVHSLDDAVTDVKAFIKHVLADNPGLPCFCFGHSTGGAIILKAALDPKVEKSVSG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G400640`
TK1151 ID	TkA05G400640
OH-1004 ID	LXL04_032436
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	45.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 60.432 / OH-1004 25.674 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G400640`
位置	Chr05:99656467-99658789 (-)
描述	Similar to SHR: Protein SHORT-ROOT
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032436` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0008356 asymmetric cell division 生物过程 GO:0009956 radial pattern formation 生物过程 GO:0032350 regulation of hormone metabolic process 生物过程 GO:0045930 negative regulation of mitotic cell cycle 生物过程 GO:0048366 leaf development 生物过程 GO:0060586 multicellular organismal-level iron ion homeostasis 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005769 early endosome 细胞组分 GO:0005770 late endosome 细胞组分 GO:0055037 recycling endosome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G37650 dosa:Os03g0433200 dosa:Os07g0586900 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.249

排名 1 · TkA05G400640 · TK1151

高尔基体0.242

排名 2 · TkA05G400640 · TK1151

质体0.157

排名 3 · TkA05G400640 · TK1151

细胞核0.140

排名 4 · TkA05G400640 · TK1151

细胞膜0.100

排名 5 · TkA05G400640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12146Hydrolase_4158-273 aa

PF00561Abhydrolase_1161-271 aa

PF12697Abhydrolase_6162-269 aa

PF01083Cutinase178-263 aa

PF01764Lipase_3206-256 aa

PF07859Abhydrolase_3208-270 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G400640	`PF12146`	Hydrolase_4	158	273	3.1e-41	142.0
TkA05G400640	`PF00561`	Abhydrolase_1	161	271	8.4e-14	52.5
TkA05G400640	`PF12697`	Abhydrolase_6	162	269	1e-09	40.1
TkA05G400640	`PF01083`	Cutinase	178	263	0.27	11.9
TkA05G400640	`PF01764`	Lipase_3	206	256	0.055	14.1
TkA05G400640	`PF07859`	Abhydrolase_3	208	270	0.087	13.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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