TkA05G399200 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G399200

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 99274707-99276759 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

963 bp · TkA05G399200|TK1151|cDNA

ATGGCTGATTCACAAGAAAGATGGTGTCTTGTGACCGGTGGAAGAGGCTTTGCAGCAAGACATTTAGTGGAAATGCTCATCCTTTATGATATATATGCAGTCAGAATTGCAGATTTAGGTCCTGAAATCAAGCTACAAACCCATGAAGAAAAGGGCGGTCTTGGAAAAGCATTATCATCAGGTCGTGCCCAATATCATAATGATTCATATTCTTCAACTAAAGCTGAAGGAGAGGCATTAGTTATAAAAGCAAATGGTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

810 bp · TkA05G399200|TK1151|CDS

ATGGCTGATTCACAAGAAAGATGGTGTCTTGTGACCGGTGGAAGAGGCTTTGCAGCAAGACATTTAGTGGAAATGCTCATCCTTTATGATATATATGCAGTCAGAATTGCAGATTTAGGTCCTGAAATCAAGCTACAAACCCATGAAGAAAAGGGCGGTCTTGGAAAAGCATTATCATCAGGTCGTGCCCAATATCATAATGATTCATATTCTTCAACTAAAGCTGAAGGAGAGGCATTAGTTATAAAAGCAAATGGTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

269 aa · TkA05G399200|TK1151|PROTEIN

MADSQERWCLVTGGRGFAARHLVEMLILYDIYAVRIADLGPEIKLQTHEEKGGLGKALSSGRAQYHNDSYSSTKAEGEALVIKANGINGLLTCCIRPSSIFGTSDKLLVPSLVSAARAGKSKFIIGNGMNMYDFTYVENVAHAHVCAERALASGGTVSKRAAGQAYFITNMEPIKFWEFMSLILAGLGYDRPQIKIPAFLSSSDDDVIDGGVAILKAIIFGTNHIAFGENFTDSKQMYEIVLYKMLFGRLTADEALSVVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G399200`
TK1151 ID	TkA05G399200
OH-1004 ID	LXL04_031197
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	67.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 73.978 / OH-1004 50.796 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G399200

位置 Chr05:99274707-99276759 (+)

描述 Similar to 3BETAHSD/D2: 3beta-hydroxysteroid-dehydrogenase/decarboxylase isoform 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g47290`	参与甾醇合成的3β-羟基类固醇脱氢酶/脱羧酶。	Molecular and enzymatic characterizations of novel bifunctional 3beta-hydroxysteroid dehydrogenases/C-4 decarboxylases from Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m604431200 Overexpression of 3β-hydroxysteroid dehydrogenases/C-4 decarboxylases causes growth defects possibly due to abnormal auxin transport in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1007/s10059-012-0102-6
`At2g26260`	3β-羟基类固醇脱氢酶/脱羧酶参与甾醇合成。	Molecular and enzymatic characterizations of novel bifunctional 3beta-hydroxysteroid dehydrogenases/C-4 decarboxylases from Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m604431200 Overexpression of 3β-hydroxysteroid dehydrogenases/C-4 decarboxylases causes growth defects possibly due to abnormal auxin transport in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1007/s10059-012-0102-6
`At2g43420`	3β-羟基类固醇脱氢酶/脱羧酶同工型3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031197 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007224 smoothened signaling pathway 生物过程

GO:0008203 cholesterol metabolic process 生物过程

GO:0016126 sterol biosynthetic process 生物过程

GO:0033489 cholesterol biosynthetic process via desmosterol 生物过程

GO:0033490 cholesterol biosynthetic process via lathosterol 生物过程

GO:0036197 zymosterol biosynthetic process 生物过程

GO:0060918 auxin transport 生物过程

GO:0099402 plant organ development 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005811 lipid droplet 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G47290

ath:AT2G26260

ath:AT2G43420

mmu:18194

rno:309262

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.437

排名 1 · TkA05G399200 · TK1151

细胞质0.174

排名 2 · TkA05G399200 · TK1151

高尔基体0.118

排名 3 · TkA05G399200 · TK1151

细胞核0.087

排名 4 · TkA05G399200 · TK1151

溶酶体／液泡0.086

排名 5 · TkA05G399200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF010733Beta_HSD10-46 aa

PF01370Epimerase10-30 aa

PF16363GDP_Man_Dehyd10-29 aa

PF07993NAD_binding_411-27 aa

PF07993NAD_binding_457-137 aa

PF010733Beta_HSD63-196 aa

PF01370Epimerase65-153 aa

PF16363GDP_Man_Dehyd65-146 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G399200	`PF01073`	3Beta_HSD	10	46	2.3e-42	145.7
TkA05G399200	`PF01370`	Epimerase	10	30	4.2e-15	56.5
TkA05G399200	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	10	29	6.1e-05	23.4
TkA05G399200	`PF07993`	NAD_binding_4	11	27	8.7e-06	25.8
TkA05G399200	`PF07993`	NAD_binding_4	57	137	8.7e-06	25.8
TkA05G399200	`PF01073`	3Beta_HSD	63	196	2.3e-42	145.7
TkA05G399200	`PF01370`	Epimerase	65	153	4.2e-15	56.5
TkA05G399200	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	65	146	6.1e-05	23.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FX01`	拟南芥	sp\|Q9FX01\|HSDD1_ARATH 3beta-hydroxysteroid-dehydrogenase/decarboxylase isoform 1	54.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q67ZE1`	拟南芥	sp\|Q67ZE1\|HSDD2_ARATH 3beta-hydroxysteroid-dehydrogenase/decarboxylase isoform 2	53.700%	Swiss-Prot	高置信
`A9X4U2`	拟南芥	sp\|A9X4U2\|HSDD3_ARATH 3beta-hydroxysteroid-dehydrogenase/decarboxylase isoform 3	52.000%	Swiss-Prot	低置信

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