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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G398620
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 99099200-99103304 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3028 bp · TkA05G398620|TK1151|cDNA

CAAGTCATGTCGGGATTCAAAACTCGAAGACTGACAAACAATCTTAAAAGCTCCTAAAAACCCTTGTAATTACGTTACCACCTTCCACTCCAACCCCTTAACTTACTCCCTTTTCATTTACTCTCTCTCACTAAATCTTCTCCTTCTTTCTCTCTCTTTATCACAAACTCAAACTTATATGTGTATATATCTGCAAATCACCGGCCGTTACCCATGCGTTTCTCGTCGGAAAGTCAAACTATTCATGTCTATTCCCGTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2181 bp · TkA05G398620|TK1151|CDS

ATGGAGTACGGCGGTGCTGATCCCTCCGGCGCCAGTGGCAGCCACCATGATTCCTCTGATAAGAAGAAACGTTACCACCGTCATACCGCTCTTCAGATTCAGATTCTTGAATCAACTTTTAAAGATTGCCCACACCCAGATGAGAAAACAAGAATGCAGTTAAGCAGAGAGTTGGGTTTGGCTCCTCGACAGATAAAGTTTTGGTTTCAAAACAGAAGAACTCAGATGAAGGCGCAACATGAACGAGCAGACAATTGTGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

726 aa · TkA05G398620|TK1151|PROTEIN

MEYGGADPSGASGSHHDSSDKKKRYHRHTALQIQILESTFKDCPHPDEKTRMQLSRELGLAPRQIKFWFQNRRTQMKAQHERADNCALRAENDKIRCENIVIREALKNLVCPTCGGPPIGEDCYFDEQKLRFENAQLKEELDRVSSMAAKYIGRPMLQLPSVQPIHMSSLDLSMASYGGGSMNRMAIMNTSGPSLDLDLLTGSTIGASSSTINPDPPFHNSVHLSDMDKSLMADIASNAMDELMKLVQTNEPLWTKSQME...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G398620
TK1151 IDTkA05G398620
OH-1004 IDLXL04_014959
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)54.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.072 / OH-1004 98.184
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G398620
位置Chr05:99099200-99103304 (-)
描述Similar to HDG11: Homeobox-leucine zipper protein HDG11
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g73360 转录因子，作为干旱胁迫耐受性的正调节剂。
Characterization of the class IV homeodomain-Leucine Zipper gene family in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.077388
Cell cycle regulates cell type in the Arabidopsis sepal.2012 · DOI: 10.1242/dev.082925
HDG11 upregulates cell-wall-loosening protein genes to promote root elongation in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/jxb/eru202
HD-Zip Proteins GL2 and HDG11 Have Redundant Functions in Arabidopsis Trichomes, and GL2 Activates a Positive Feedback Loop via MYB23.2014 · DOI: 10.1105/tpc.113.120360
Activated expression of AtEDT1/HDG11 promotes lateral root formation in Arabidopsis mutant edt1 by upregulating jasmonate biosynthesis.2015 · DOI: 10.1111/jipb.12347
At1g17920 可能与HDG11共同负向调控表皮毛分枝的转录因子。
Characterization of the class IV homeodomain-Leucine Zipper gene family in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.077388
Mutations in epidermis-specific HD-ZIP IV genes affect floral organ identity in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12211
At4g04890 可能结合L1盒DNA序列5′-TAAATG[CT]A-3′的转录因子。
Regulation of shoot epidermal cell differentiation by a pair of homeodomain proteins in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1242/dev.00292
Mutations in epidermis-specific HD-ZIP IV genes affect floral organ identity in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12211
Arabidopsis DELLA and two HD-ZIP transcription factors regulate GA signaling in the epidermis through the L1 box cis-element.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127647
At4g21750 可能参与胚胎发生过程中细胞规格和模式形成的转录因子。
Identification of a cis-regulatory element for L1 layer-specific gene expression, which is targeted by an L1-specific homeodomain protein.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01047.x
Regulation of shoot epidermal cell differentiation by a pair of homeodomain proteins in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1242/dev.00292
Arabidopsis DELLA and two HD-ZIP transcription factors regulate GA signaling in the epidermis through the L1 box cis-element.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127647

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0208100 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014959 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009828 plant-type cell wall loosening 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程
GO:0010091 trichome branching 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0048497 maintenance of floral organ identity 生物过程
GO:0048825 cotyledon development 生物过程
GO:0090627 plant epidermal cell differentiation 生物过程
GO:2000033 regulation of seed dormancy process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G17920
ath:AT1G73360
ath:AT4G04890
dosa:Os06g0208100
dosa:Os08g0187500
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.874
排名 1 · TkA05G398620 · TK1151
细胞质0.163
排名 2 · TkA05G398620 · TK1151
细胞膜0.052
排名 3 · TkA05G398620 · TK1151
内质网0.024
排名 4 · TkA05G398620 · TK1151
质体0.022
排名 5 · TkA05G398620 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00046Homeodomain22-77 aa
PF05920Homeobox_KN42-74 aa
PF21924XRCC4_CC79-110 aa
PF21924XRCC4_CC127-152 aa
PF21924XRCC4_CC223-255 aa
PF01852START235-458 aa
PF25797PDF2_C480-720 aa
PF01852START637-656 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G398620PF00046Homeodomain22771.6e-1867.0
TkA05G398620PF05920Homeobox_KN42744.8e-0523.8
TkA05G398620PF21924XRCC4_CC791100.810.6
TkA05G398620PF21924XRCC4_CC1271520.810.6
TkA05G398620PF21924XRCC4_CC2232550.810.6
TkA05G398620PF01852START2354582.2e-42145.5
TkA05G398620PF25797PDF2_C4807209.8e-100333.3
TkA05G398620PF01852START6376562.2e-42145.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FX31拟南芥sp|Q9FX31|HDG11_ARATH Homeobox-leucine zipper protein HDG1159.700%Swiss-Prot高置信
Q9LMT8拟南芥sp|Q9LMT8|HDG12_ARATH Homeobox-leucine zipper protein HDG1257.600%Swiss-Prot高置信
Q93V99拟南芥sp|Q93V99|PDF2_ARATH Homeobox-leucine zipper protein PROTODERMAL FACTOR 248.900%Swiss-Prot中等置信
Q8RWU4拟南芥sp|Q8RWU4|ATML1_ARATH Homeobox-leucine zipper protein MERISTEM L146.600%Swiss-Prot中等置信
Q69T58水稻sp|Q69T58|ROC8_ORYSJ Homeobox-leucine zipper protein ROC857.100%Swiss-Prot高置信

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