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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G395370
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 98288193-98291846 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2841 bp · TkA05G395370|TK1151|cDNA

ATGACAGAAAACGAGAATTTCATCAAAGTAGGATGCTTTTTTTACCGTGTTTCTTCCATCATCATTGAGTTGGAATCTTCAAAGAATACACCAACAAATGCACCAGAGACCTTACTCTCCTTATCAGAATGCATATATATAGCAAAACAAATTTTGTCAATATGCAACAATACGGATATCAATTTGATCACACAAAACCCCGAAGCAGAAAGCATCATAAAACAGATCAAAAGTGTAATCGAACACATGGGTGAAGTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2841 bp · TkA05G395370|TK1151|CDS

ATGACAGAAAACGAGAATTTCATCAAAGTAGGATGCTTTTTTTACCGTGTTTCTTCCATCATCATTGAGTTGGAATCTTCAAAGAATACACCAACAAATGCACCAGAGACCTTACTCTCCTTATCAGAATGCATATATATAGCAAAACAAATTTTGTCAATATGCAACAATACGGATATCAATTTGATCACACAAAACCCCGAAGCAGAAAGCATCATAAAACAGATCAAAAGTGTAATCGAACACATGGGTGAAGTTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

946 aa · TkA05G395370|TK1151|PROTEIN

MTENENFIKVGCFFYRVSSIIIELESSKNTPTNAPETLLSLSECIYIAKQILSICNNTDINLITQNPEAESIIKQIKSVIEHMGEVLNSIKSSSGEYFHYAIQSIVKDIKSFHLEMDTIDDVYVHNEKDLYAINDLEGSMDHESNDQMIDVFMEPLYESFFCPLTNKIMDDPVTIETGITYEREAITEWYKKFSDPADIICPKTRVKITSQVFNRNIALMETIKKWEERNEQAVIRAAKSTLSLASNTTMILEALRNLHT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G395370
TK1151 IDTkA05G395370
OH-1004 IDLXL04_035767
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)32.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 83.192 / OH-1004 96.168
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G395370
位置Chr05:98288193-98291846 (+)
描述Similar to PUB43: U-box domain-containing protein 43
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g68940 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At1g20780 充当 E3 泛素蛋白连接酶。
Identification of a novel E3 ubiquitin ligase that is required for suppression of premature senescence in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03846.x
At1g76390 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0657100 E3 泛素蛋白连接酶，作为油菜素甾醇 信号传导的负调节因子。
OsBZR1 turnover mediated by OsSK22-regulated U-box E3 ligase OsPUB24 in rice BR response.2019 · DOI: 10.1111/tpj.14332
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035767 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0010271 regulation of chlorophyll catabolic process 生物过程
GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0090359 negative regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20780
ath:AT1G76390
ath:AT5G42340
dosa:Os03g0657100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.475
排名 1 · TkA05G395370 · TK1151
细胞核0.331
排名 2 · TkA05G395370 · TK1151
细胞膜0.227
排名 3 · TkA05G395370 · TK1151
内质网0.069
排名 4 · TkA05G395370 · TK1151
高尔基体0.066
排名 5 · TkA05G395370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25368PUB10_N31-91 aa
PF10398DUF244339-68 aa
PF30422AbpB_N42-90 aa
PF26585STX17_N51-111 aa
PF01320Colicin_Pyocin66-77 aa
PF11841ELMO_ARM87-121 aa
PF04564U-box158-231 aa
PF11789zf-Nse158-190 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G395370PF25368PUB10_N31910.001719.7
TkA05G395370PF10398DUF244339682.78.8
TkA05G395370PF30422AbpB_N42903.68.5
TkA05G395370PF26585STX17_N511110.3311.8
TkA05G395370PF01320Colicin_Pyocin66770.9910.2
TkA05G395370PF11841ELMO_ARM871211.8e-0525.4
TkA05G395370PF04564U-box1582313.7e-1350.1
TkA05G395370PF11789zf-Nse1581900.03214.8
TkA05G395370PF26585STX17_N2142470.3311.8
TkA05G395370PF11841ELMO_ARM2173251.8e-0525.4
TkA05G395370PF25368PUB10_N2192640.001719.7
TkA05G395370PF24768ARM_ARMC52313661.5e-0731.8
TkA05G395370PF30701ARMC62463080.0005619.3
TkA05G395370PF08216CTNNBL2533240.0008618.5
TkA05G395370PF23227HEAT_MROH2B_C2543490.01115.8
TkA05G395370PF00514Arm2763043.6e-1452.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9CAA7拟南芥sp|Q9CAA7|PUB42_ARATH Putative U-box domain-containing protein 4248.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LM76拟南芥sp|Q9LM76|PUB44_ARATH U-box domain-containing protein 4431.400%Swiss-Prot中等置信
Q9SFX2拟南芥sp|Q9SFX2|PUB43_ARATH U-box domain-containing protein 4330.300%Swiss-Prot中等置信
Q10FT0水稻sp|Q10FT0|PUB24_ORYSJ U-box domain-containing protein 2429.700%Swiss-Prot低置信

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